<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Usha,</div><div><br></div><div>Regarding not being able to explore the ontology, I looked into a few things but was not able to resolve the issue and will submit a bug report to have a developer investigate further.</div><div><br></div><div>The mappings included in the ontology file can be represented in BioPortal by submitting a tab-delimited file containing the the information below:</div><div><br></div><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">-term_id, e.g. GO:100043</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">-ontology_mapped_to, please include the full name of the ontology since BioPortal does not require unique namespaces </div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">-ontology_term_mapped_to, e.g. GO:100043</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">-mapping_type (optional), e.g. equivalent, related, dbxref</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; ">-bi_directional(optional). The default is that mappings are in one direction, however if the mapping is bi-directional then we will create the reciprocal mapping.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; "><br></div></div><div>Trish</div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On May 8, 2009, at 5:58 AM, usha wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"> <div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009">Early this week we submitted a cell line ontology in Bioportal.  It is posted in the browse library.  We have two queries regarding this.</span></font></div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009"></span></font> </div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009">1.  We are unable to use the explore option.</span></font></div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009">2.  We would like to know the process for depicting mappings.</span></font></div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009"></span></font> </div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009"></span></font> </div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009">Kindly clarify these queries</span></font></div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009"></span></font> </div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009">Thanks,</span></font></div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009">Usha Mahadevan</span></font></div> <div><font face="Arial" size="2"><span class="338295212-08052009">  </span></font></div></div><br>-- <br>This message has been scanned for viruses and <br>dangerous content by <a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is <br>believed to be clean.  _______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>Trish Whetzel, PhD</div><div>Outreach Coordinator</div><div>The National Center for Biomedical Ontology</div><div>Ph: 650-721-2378</div><div><a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a></div><div><a href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a></div><div><br></div><div> </div></div></div></span> </div><br></body></html>