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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>I guess what I’m interested in is how I
can get a list of all notes without having to click on every term to see if
someone added a note to it. How do I do that?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Thanks,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Eric<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p> </o:p></span></font></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Tahoma;font-weight:bold'>From:</span></font></b><font size=2
face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'> Trish Whetzel
[mailto:whetzel@stanford.edu] <br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Wednesday, June 17, 2009
7:09 AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> Eric Deutsch<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> support@bioontology.org<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [bioontology-support]
MS ontology</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Yes, these are stored in a database backend and the table is
self-referential so the note entries are nested and ordered as displayed in the
Web interface. They are also date stamped and marked by the user who entered
the note.  Alerts of new Notes or new threads to an existing Note is
currently via RSS, with email alerts to be added in the future. <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>There is also discussion of exposing access to the Notes via a web
service so that if someone using an annotation application, for example, wanted
to add a note or propose a new term they could do that at the time of
annotation via the web service. <o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Trish<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>On Jun 16, 2009, at 11:02 PM, Eric Deutsch wrote:<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<span style='orphans: 2;text-align:auto;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
-webkit-border-vertical-spacing: 0px;-webkit-text-decorations-in-effect: none;
-webkit-text-size-adjust: auto;-webkit-text-stroke-width: 0px;word-spacing:
0px'><u1:smarttagtype namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="PlaceName"><u1:smarttagtype namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="PlaceType"><u1:smarttagtype namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="place">

<div link=blue vlink=blue style='word-wrap: break-word;-webkit-nbsp-mode: space;
-webkit-line-break: after-white-space'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Hmm, no, I did not know this existed,
although now I see it. Assuming a number of people write in notes, is there a
way to extract and collate notes? Or collect notes newer than date X for review?<u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u1:p> </u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Thanks,<u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Eric<u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u1:p> </u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u1:p> </u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;
border-width:initial;border-color:initial'>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:black'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;font-weight:bold'>From:</span></font></b><span
class=apple-converted-space><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> </span></font></span><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'>Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>]<span
class=apple-converted-space> </span><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Tuesday, June 16, 2009 10:47 PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Eric Deutsch<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Re: [bioontology-support] MS ontology</span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

<u1:p></u1:p></div>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u1:p> </u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>Sure, no problem. BTW, have you considered
using the Notes feature for dialog on terms or term proposals?<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u1:p> </u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>Trish<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u1:p> </u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u1:p> </u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'>On Jun 16, 2009, at 9:33 PM, Eric Deutsch
wrote:<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<u1:p></u1:p><span style='orphans: 2;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
-webkit-border-vertical-spacing: 0px;-webkit-text-decorations-in-effect: none;
-webkit-text-size-adjust: auto;-webkit-text-stroke-width: 0px;word-spacing:
0px'>

<div link=blue vlink="#606420">

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Great, thank you!<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div style='border:none;border-left:solid windowtext 3.0pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:black'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;font-weight:bold'>From:</span></font></b><span
class=apple-converted-space><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> </span></font></span><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'>Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>]<span
class=apple-converted-space> </span><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Tuesday, June 16, 2009 1:24 PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>'Eric Deutsch';<span
class=apple-converted-space> </span><a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>RE: [bioontology-support] MS ontology</span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

<div><u2:p></u2:p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u2:p> </u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'>Thanks. The newest
file is in the queue for loading.<u2:p></u2:p></span></font><font color=black><span
style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'>Trish<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div style='border:none;border-left:solid windowtext 3.0pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;font-weight:bold'>From:</span></font></b><span
class=apple-converted-space><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> </span></font></span><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'>Eric Deutsch [<a href="mailto:edeutsch@systemsbiology.org">mailto:edeutsch@systemsbiology.org</a>]<span
class=apple-converted-space> </span><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Tuesday, June 16, 2009 1:01 PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>'Trish Whetzel';<span
class=apple-converted-space> </span><a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>'Eric Deutsch'<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>RE: [bioontology-support] MS ontology<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u2:p> </u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Hi Trish, it’s all there in the header:<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>.<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>.<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<pre><font size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;
color:black'>remark: namespace: MS<u2:p></u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;color:black'>remark: version: 2.13.0<u2:p></u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;color:black'>remark: release date: 2009-06-11<u2:p></u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>.<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>.<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Thanks!<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Eric<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div style='border:none;border-left:solid windowtext 3.0pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:black'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;font-weight:bold'>From:</span></font></b><span
class=apple-converted-space><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> </span></font></span><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'>Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>]<span
class=apple-converted-space> </span><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Tuesday, June 16, 2009 11:57 AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>'Eric Deutsch';<span
class=apple-converted-space> </span><a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>RE: [bioontology-support] MS ontology</span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

<div><u2:p></u2:p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u2:p> </u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'>Sounds good.<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<pre><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span style='font-size:11.0pt;
font-family:Calibri;color:#1F497D'>One question on the ontology metadata, I see that the release date is specified here “</span></font><font
color=black><span style='color:black'>remark: release date: 2009-06-11</span></font><font
size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span style='font-size:11.0pt;font-family:
Calibri;color:#1F497D'>”, however where is the ontology version stated?<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span style='font-size:11.0pt;font-family:
Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font color=black><span
style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span style='font-size:11.0pt;font-family:
Calibri;color:#1F497D'>Trish<u2:p></u2:p></span></font><font color=black><span
style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div style='border:none;border-left:solid windowtext 3.0pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;font-weight:bold'>From:</span></font></b><span
class=apple-converted-space><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> </span></font></span><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'>Eric Deutsch [<a href="mailto:edeutsch@systemsbiology.org">mailto:edeutsch@systemsbiology.org</a>]<span
class=apple-converted-space> </span><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Tuesday, June 16, 2009 11:29 AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>'Trish Whetzel';<span
class=apple-converted-space> </span><a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>'Eric Deutsch'<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>RE: [bioontology-support] MS ontology<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u2:p> </u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Hi Trish, thanks. If you’re happy to do
so, why don’t we email<span class=apple-converted-space> </span><a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><span
class=apple-converted-space> </span>whenever there’s a new version and
have you take care of it. Later we’ll try to come up with an easier solution.<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Thank you!<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Eric<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div style='border:none;border-left:solid windowtext 3.0pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:black'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;font-weight:bold'>From:</span></font></b><span
class=apple-converted-space><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> </span></font></span><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'>Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>]<span
class=apple-converted-space> </span><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Tuesday, June 16, 2009 10:31 AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>'Eric Deutsch';<span
class=apple-converted-space> </span><a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>RE: [bioontology-support] MS ontology</span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

<div><u2:p></u2:p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u2:p> </u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'>Hi Eric,<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'>Thanks for the
pointer to the new file. Currently there are 2 ways that the file can be
updated for ontologies that are not within the obo sourceforge cvs
directory.  The ways to update the file in BioPortal are either for us to
load the file when there is a new version given some sort of alert of the new
file (email, RSS, etc) or someone from PSI can load the file. It is very easy
to load a new version and takes only ~5 minutes from downloading the file from
the source location to uploading into BioPortal.  Do you have a preference
on how the file is updated; we are happy to load the file given notice of a new
version.<u2:p></u2:p></span></font><font color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'>Trish<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color="#1f497d" face=Calibri><span
style='font-size:11.0pt;font-family:Calibri;color:#1F497D'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div style='border:none;border-left:solid windowtext 3.0pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;
border-width:initial;border-color:initial;border-width:initial;border-color:
initial'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black;font-weight:bold'>From:</span></font></b><span
class=apple-converted-space><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:black'> </span></font></span><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:black'><a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a><span
class=apple-converted-space> </span>[<a
href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>]<span
class=apple-converted-space> </span><b><span style='font-weight:bold'>On
Behalf Of<span class=apple-converted-space> </span></span></b>Eric Deutsch<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Monday, June 15, 2009 1:49 PM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span><a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>Eric Deutsch<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b><span
class=apple-converted-space> </span>[bioontology-support] MS ontology<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u2:p> </u2:p><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'>Hi, I notice that the MS ontology:<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><a
href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/39281">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/39281</a><u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'>is quite out of date. The latest is much
newer an available from our CVS:<u2:p></u2:p></span></font><font color=black><span
style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><a
href="http://psidev.cvs.sourceforge.net/*checkout*/psidev/psi/psi-ms/mzML/controlledVocabulary/psi-ms.obo">http://psidev.cvs.sourceforge.net/*checkout*/psidev/psi/psi-ms/mzML/controlledVocabulary/psi-ms.obo</a><u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'>Can we get the BioPortal site updated?<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'>What needs to happen for our ontology to
get automatically updated whenever we can a new version?<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'>Thanks!<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'>Eric<u2:p></u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=2 color=black face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:black'><u2:p> </u2:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'></span><u1:p> </u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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<span style='orphans: 2;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
-webkit-border-vertical-spacing: 0px;-webkit-text-decorations-in-effect: none;
-webkit-text-size-adjust: auto;-webkit-text-stroke-width: 0px;word-spacing:
0px'>

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<div style='word-wrap: break-word;-webkit-nbsp-mode: space;-webkit-line-break: after-white-space'>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Trish Whetzel, PhD<u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Outreach Coordinator<u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>The<span
class=apple-converted-space> <st1:place u3:st="on"><st1:placename u3:st="on"></span><st1:place
w:st="on"><st1:PlaceName w:st="on">National</st1:placename></st1:PlaceName><span
 class=apple-converted-space> <st1:placetype u3:st="on"></span><st1:PlaceType
 w:st="on">Center</st1:placetype></st1:place></st1:PlaceType></st1:place><span
class=apple-converted-space> </span>for Biomedical Ontology<u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Ph: 650-721-2378<u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'><a
href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a><u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'><a
href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a><u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'><u1:p> </u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'> <u1:p></u1:p></span></font><font
color=black><span style='color:black'><o:p></o:p></span></font></p>

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<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt;color:black'><u1:p> </u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

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</span></u1:smarttagtype></u1:smarttagtype></u1:smarttagtype>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

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