<html><body bgcolor="#FFFFFF"><div>Loading to stage showed some Protege errors, checking in with others however they are at the Protege conference so responses are delayed.  <br><br>Sent from my iPhone</div><div><br>On Jun 25, 2009, at 6:32 PM, "Yongqun He" <<a href="mailto:yongqunh@med.umich.edu">yongqunh@med.umich.edu</a>> wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>
<div>Hi Trish,</div>
<div>Thanks for the message. Have you got any results? </div>
<div>Best,</div>
<div>--Oliver<br><br>>>> Trish Whetzel <<a href="mailto:plwhetzel@gmail.com">plwhetzel@gmail.com</a>> 6/24/2009 12:31 PM >>><br>Sure, I've downloaded 1.0.55 and it opened fine in Protege 3.4 and have loaded it to the stage database as a test. I'll check back later this afternoon.<br><br>Trish<br><br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Wed, Jun 24, 2009 at 3:55 AM, Yongqun He <span dir="ltr"><<a href="mailto:yongqunh@med.umich.edu"><a href="mailto:yongqunh@med.umich.edu">yongqunh@med.umich.edu</a></a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div style="MARGIN: 4px 4px 1px; FONT: 10pt Tahoma; font-size-adjust: none; font-stretch: normal">
<div>Hi Trish,</div>
<div></div>
<div>I have updated VO again. See:</div>
<div><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/40188" target="_blank"><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/40188">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/40188</a></a></div>
<div>We usually use Protege 4 for VO development. This updated VO is confirmed to be saved as a RDF/XML file. I can open it using Protégé 3.4 although some Java bugs were displayed. </div>
<div></div>
<div>Can you download this VO version and test it again?</div>
<div></div>
<div>Thanks!</div>
<div></div>
<div>--Oliver <br><br>>>> Trish Whetzel <<a href="mailto:plwhetzel@gmail.com" target="_blank"><a href="mailto:plwhetzel@gmail.com">plwhetzel@gmail.com</a></a>> 6/23/2009 12:52 PM >>>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br>Hi Oliver, <br><br>Apologies for the delay - I was out of town. Are you able to open the file in Protege 3.4? Last I tried to open the file in p4 to save as RDF/XML (to open in Protege 3.4) there were errors.<br><br>Trish <br><br><br></div></div></div>
<div>
<div></div>
<div class="h5">
<div class="gmail_quote">On Wed, Jun 10, 2009 at 5:03 AM, Yongqun He <span dir="ltr"><<a href="mailto:yongqunh@med.umich.edu" target="_blank"><a href="mailto:yongqunh@med.umich.edu">yongqunh@med.umich.edu</a></a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; PADDING-LEFT: 1ex" class="gmail_quote">
<div style="MARGIN: 4px 4px 1px; FONT: 10pt Tahoma; font-size-adjust: none; font-stretch: normal">
<div>Hi Trish,</div>
<div></div>
<div>I uploaded Vaccine Ontology (VO) in BioPortal yesterday:</div>
<div><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/40116" target="_blank"><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/40116">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/40116</a></a></div>
<div>However, the current VO cannot now be visualized in BioPortal. </div>
<div></div>
<div>Could you help to find out the potential reason(s)? One change we made is in the "Synonym Slot (Owl Only) (e.g. SKOS:altLabel)", we changed pervious 'synonym' to 'oboInOwl:Synonym'. We made this change in VO because it is used in OBO. </div>
<div></div>
<div>Thanks!</div>
<div></div>
<div>Oliver</div>
<div></div>
<div>
<div>Yongqun "Oliver" He, DVM, PhD<br>Assistant Professor<br>Unit for Laboratory Animal Medicine<br>Department of Microbiology and Immunology<br>and Center for Computational Medicine and Biology </div>
<div>University of Michigan Medical School<br>Office: Room 105, Animal Research Facility (ARF)</div>
<div>Mailing: 018 ARF, 1150 W. Medical Center Dr.<br>Ann Arbor, MI 48109<br>Email: <a href="mailto:yongqunh@med.umich.edu" target="_blank"><a href="mailto:yongqunh@med.umich.edu">yongqunh@med.umich.edu</a></a><br>Tel: 734-615-8231 (O); 734-615-2455 (L)<br>Fax: 734-936-3235<br><a href="http://www.ulam.umich.edu/academic/he.htm" target="_blank"><a href="http://www.ulam.umich.edu/academic/he.htm">http://www.ulam.umich.edu/academic/he.htm</a></a> <br><a href="http://www.med.umich.edu/microbio/bio/he.htm" target="_blank"><a href="http://www.med.umich.edu/microbio/bio/he.htm">http://www.med.umich.edu/microbio/bio/he.htm</a></a> </div>
<div><a href="http://www.hegroup.org/" target="_blank"><a href="http://www.hegroup.org/">http://www.hegroup.org/</a></a> </div>
<div></div></div><br>
<div>**********************************************************<br>Electronic Mail is not secure, may not be read every day, and should not be used for urgent or sensitive issues </div></div></blockquote></div><br><br>
<div>**********************************************************<br>Electronic Mail is not secure, may not be read every day, and should not be used for urgent or sensitive issues </div></div></div></div></blockquote></div><br><br>

    <div>
      <!--StartFragment-->
      **********************************************************<br>Electronic 
      Mail is not secure, may not be read every day, and should not be used 
      for urgent or sensitive issues<!--EndFragment-->

    </div>
  
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>bioontology-support mailing list</span><br><span><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a></span><br><span><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a></span><br></div></blockquote></body></html>