<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi all,<div><br></div><div><div>I sent an email to Trish, but she still hasn't replied yet (i think she is on holiday anyway??) and I'm in a bit of a rush in terms of getting something implemented for the use case i have identified below. i'd be very grateful if you could help with this matter!</div><div><br></div><div><div>We want to be able to not only specify recommended ontologies via the configuration tool, but also where in the ontology tree the terms should come from. For example in EFO you would have the following path in the ontology:</div><div><br></div><div>- experimental factor</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">        </span>- information entity<br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">            </span>- protocol</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                   </span>| clinical treatment<br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                    </span>| extraction protocol<br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                   </span>+ study design<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "></span></div><div><br></div><div>(where - denotes an expanded tree and + denotes a branch which is not expanded :o) )<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "></span></div><div><br></div><div>how could i go about performing a query say on EFO, but only on terms appearing in the 'protocol' branch within BioPortal.<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "></span></div><div><br></div><div>The thing is, i know i can do this programmatically by getting all the terms under protocol branch<span class="Apple-style-span" style="font-family: -webkit-sans-serif; font-size: 19px; line-height: 19px; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; line-height: normal; "> and then filtering the data out through a simple algorithm, but i wanted to ask you if there was a mechanism which i've missed which could be used to perform such a query just on your side?!</span></span></div><div><br></div><div>many thanks,</div><div><br></div><div>Eamonn Maguire</div><div><br></div></div><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Wingdings; font-size: 10px; ">+</span><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">       </span>EMBL Outstation - Hinxton, <br><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">       </span>European Bioinformatics Institute, <br><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">       </span>Wellcome Trust Genome Campus, <br><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">    </span>Hinxton, <br><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "> </span>Cambridge, CB10 1SD, <br><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">     </span>United Kingdom </div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Wingdings; font-size: 10px; ">(<span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; "> <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "> </span>01223 492682<span class="Apple-style-span" style="font-family: Wingdings; font-size: 10px; "> </span></span></span></div><div><font class="Apple-style-span" face="Wingdings" size="2"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 10px; ">*</span></font> <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">     </span><a href="mailto:maguire@ebi.ac.uk">maguire@ebi.ac.uk</a></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Wingdings; font-size: 10px; ">:</span> <span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">     </span><a href="http://www.ebi.ac.uk/~maguire">http://www.ebi.ac.uk/~maguire</a></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Wingdings; font-size: 10px; ">:</span>     <a href="http://www.ebi.ac.uk/net-project">http://www.ebi.ac.uk/net-project</a></div></div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span> </div><br></div></body></html>