<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<!--[if !mso]>
<style>
v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Verdana;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Hi Satya, <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>I have uploaded the file that you sent and can take care of
removing the 2 previous versions. <o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Trish<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Satya Sahoo
[mailto:satya_sanket@hotmail.com] <br>
<b>Sent:</b> Monday, August 03, 2009 2:15 PM<br>
<b>To:</b> whetzel@stanford.edu<br>
<b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] Feedback Parasite Experiment ontology<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><span style='font-size:10.0pt;
font-family:"Verdana","sans-serif"'>Hi Trish,<br>
You are correct, we made a mistake, "cell_culture_agent" is a
instance value of a deleted class. <br>
<br>
I am not sure why an instance value with "rdf:Description" element
tag was interpreted by both Protege 3.4.1 (Build 537) and BioPortal as a class
- which uses "owl:Class" element tag. I checked this using the new
Protege 4.0 (build 113), it did not show "cell_culture_agent" as a
class.<br>
<br>
How do we delete the two "versions" of the Parasite Experiment
ontology (Ontology Id:1335) currently listed on BioPortal? Once these incorrect
files are deleted, we can upload the correct OWL file. <br>
<br>
I have also attached the correct OWL file for Parasite Experiment ontology with
this mail.<br>
<br>
Thank you for your help in resolving this issue.<br>
<br>
With Best Regards,<br>
Satya<br>
<br>
> CC: support@bioontology.org<br>
> From: whetzel@stanford.edu<br>
> To: satyasahoo@ieee.org<br>
> Subject: Re: [bioontology-support] Feedback<br>
> Date: Mon, 3 Aug 2009 09:54:28 -0700<br>
> <br>
> Hi Satya,<br>
> <br>
> In the OWL file, the information that I see for this term is:<br>
> <rdf:Description rdf:ID="cell_culture_agent"><br>
> <rdfs:comment rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/ <br>
> XMLSchema#string"<br>
> >A cell_culture_agent is and machine, instrument, or device that <br>
> is responsible for maintaining samples.</rdfs:comment><br>
> </rdf:Description><br>
> <br>
> Is this intended to be a class? In Protege 3.4.1 (Build 537), the <br>
> first level of the hierarchy is displayed as in BioPortal.<br>
> <br>
> Trish<br>
> <br>
> <br>
> On Jul 27, 2009, at 2:01 PM, admin@bioontology.org wrote:<br>
> <br>
> > Name : satya sahoo<br>
> ><br>
> > Email : satyasahoo@ieee.org<br>
> ><br>
> > Comment:<br>
> > Parasite Experiment Ontology<br>
> ><br>
> > We submitted the parasite experiment ontology to NCBO today <br>
> > (07/27/09). We uploaded the OWL file <br>
> > (ParasiteExperimentOntology.owl) as part of the submission process.<br>
> ><br>
> > We noticed that "Visualize" tool is not parsing the file
correctly - <br>
> > the concept "cell_culture_agent" is displayed as a
top-level class <br>
> > along with "process", "data", and
"agent".<br>
> ><br>
> > This is incorrect and does not match with the concept hierarchy <br>
> > displayed in Protege-OWL editor, version 3.3.1 (Build 430), which <br>
> > correctly lists "process", "data" and
"agent" as the three top level <br>
> > concepts.<br>
> ><br>
> > We tried to replace the OWL file by re-uploading the file, but it is <br>
> > now listed as "new version" of the ontology. Hence, please
clarify/ <br>
> > help:<br>
> > 1. Why the "Visualize" shows the incorrect concept
hierarchy?<br>
> > 2. How to delete the one of the two ontology versions?<br>
> ><br>
> > Thank you.<br>
> ><br>
> > With Regards,<br>
> > Satya<br>
> > _______________________________________________<br>
> > bioontology-support mailing list<br>
> > bioontology-support@lists.stanford.edu<br>
> > https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br>
> <o:p></o:p></span></p>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif"'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif"'>Windows
Live™: Keep your life in sync. <a
href="http://windowslive.com/explore?ocid=PID23384::T:WLMTAGL:ON:WL:en-US:NF_BR_sync:082009"
target="_new">Check it out.</a><o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

</body>

</html>