<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Michael,<div><br></div><div>This is very useful. </div><div><br></div><div>Coming back to the original feature request of adding an extra parameter to the search query to specify a branch to search under, how long do you think it will take before this feature is implemented? By the way, I'm happy to contribute with the effort of doing it since any implementation I do now will simply be replaced by whatever is created by you guys when the actual ability to query under a branch is realised. </div><div><br></div><div>Any code i write now will essentially take the result of the hierarchy function and then filter for terms containing the string searched for by the user.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Eamonn</div><div><br><div><div>On 20 Aug 2009, at 19:42, Michael Dorf wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Verdana; font-size: 11px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div class="Section1"><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Hi Eamonn,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">This is the correct URL to use:<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><a href="http://rest.bioontology.org/obs_hibernate/ontologies" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/obs_hibernate/ontologies</a><o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">The complete list of OBS services is available here:<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><a href="http://rest.bioontology.org/test_obs.html" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/test_obs.html</a><o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">The Hierarchy Services subsection of this page is the one you are referencing from BioPortal. For example, the service<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Verdana, sans-serif; "><a href="http://rest.bioontology.org/obs_hibernate/parents/MSH/C0025202" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/obs_hibernate/parents/MSH/C0025202</a></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">is also available as<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Verdana, sans-serif; "><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/parents/MSH/C0025202%20" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/parents/MSH/C0025202<span class="Apple-converted-space"> </span></a><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">in a slightly different (more BioPortal-centric) XML format.<o:p></o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Verdana, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Verdana, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Verdana, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Hope this helps.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Verdana, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Verdana, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Misha</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div><div style="border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding-top: 3pt; padding-right: 0in; padding-bottom: 0in; padding-left: 0in; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; "><span class="Apple-converted-space"> </span>Eamonn Maguire [<a href="mailto:maguire@ebi.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline; ">mailto:maguire@ebi.ac.uk</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br><b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Thursday, August 20, 2009 9:39 AM<br><b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Trish Whetzel<br><b>Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Michael Dorf;<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: Query to get children.<o:p></o:p></span></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">I can't access it no. <o:p></o:p></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Eamonn<o:p></o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">On 20 Aug 2009, at 17:35, Trish Whetzel wrote:<o:p></o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><br><br><o:p></o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">The hierarchy services are currently geared towards certain versions of an ontology, so 39885 is the version that has been processed to generate data for the ontology hierarchy services. This version also includes the 'efo:' prefix for the term while the version 40394 does not. <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">There is a service to call to get the list of ontologies that are used in the ontology hierarchy service, however I have been having difficulty accessing this from outside Stanford and trying to sort out the reason. The URL is: <a href="http://ncbo/" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://ncbo</a>-obs-prod1:8080/obs_hibernate/ontologies. Are you able to access this? <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Trish<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">On Aug 20, 2009, at 9:13 AM, Eamonn Maguire wrote:<o:p></o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><br><br><o:p></o:p></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Hi trish et al :o)<o:p></o:p></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">now, this is closer to what i need :o) i didn't realise this service was available! if anything there is too much metadata associated with this query though. We'd only really metadata similar to that returned in bioportals search function. For a large hierarchy, this file could be massive particularly in an ontology with a hierarchy containing large numbers of axioms. You'd essentially be returning a subset of the OWL file in a differing XML format. <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">however i see that the version of EFO you are making me query with is old. Whenever i attempt to query with the latest version i get the same error that i got yesterday when i reported the problems with the children query returning a 'No child in hierarchy found' message.<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/40394/efo:EFO_0000352" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/40394/efo:EFO_0000352</a><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">or <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40394/efo:EFO_0001456?email=example@example.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40394/efo:EFO_0001456?email=example@example.org</a><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Thanks,<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Eamonn<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">On 20 Aug 2009, at 16:49, Trish Whetzel wrote:<o:p></o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><br><br><o:p></o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; ">Hi Eamonn,<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; ">The last I talked to the developers on the design of the bean from the hierarchy services the information I received is that the hierarchy service needs to be used with the concept service, e.g. <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/39885/efo:EFO_0000352?email=example@example.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/39885/efo:EFO_0000352?email=example@example.org</a>, to generate the additional term information. <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; ">Misha, can you add more on this design decision and whether the preferred term field can be added to the bean from the ontology hierarchy service?<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; ">Thanks,<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16.5pt; ">Trish<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">On Aug 20, 2009, at 3:58 AM, Eamonn Maguire wrote:<o:p></o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><br><br><o:p></o:p></span></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">Thanks trish,<o:p></o:p></span></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">So now my next question relates to the metadata. In the result from <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/39885/efo:EFO_0000352" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/39885/efo:EFO_0000352</a><span class="Apple-converted-space"> </span>we have a result which looks like this:<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><classBean><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">    <ontologyVersionId>39885</ontologyVersionId><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">    <id>efo:EFO_0000493</id><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">    <relations><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">        <entry><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">            <string>Level</string><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">            <int>1</int><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">        </entry><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">    </relations><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "></classBean><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">now, this doesn't give me much in terms of anything i can use straight away. can i request the addition of the concept name and concept short name like you have in the main search result to avoid making many additional queries to find out what EFO_0000493 actually is. <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">For those of you in this email who don't know the use-case we want to implement, i'll give you a quick overview.<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">inside isacreator we offer people the choice of querying either a recommended ontology (provided through a configuration tool) or to search the whole ontology. the latter case is already fulfilled by BioPortal obviously :o) in the case of querying a recommended ontology(ies) you also have what we would need if we just wanted to query for terms matching 'protocol' for example in OBI or EFO through supplying ontology ids. However, what if i wanted to restrict the search space as well as the ontology, meaning restricting the search to a certain part of one or more ontologies. e.g., in EFO <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/40394" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://bioportal.bioontology.org/visualize/40394</a><span class="Apple-converted-space"> </span>when a search is made, only the terms under 'process (EFO_0001433)' should be searched for. <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">I have already requested via trish an extra parameter in BioPortals search query to allow one to provide an ontology term id or unique name (dependent on the ontology being used) to restrict the search space to a particular part of the ontology. <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">the query would look like this:<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/search/protocol/?ontologyids=39885&searchBranch=" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/search/protocol/?ontologyids=39885&searchBranch=</a>EFO_0001433<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">not only would such a search be greatly advantageous to us, but it could also speed up searches made by others on bioportal since the search space is restricted! <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">i hope this is clear,<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">thanks for all your great efforts thus far!!<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">Eamonn<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div></div><div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">On 19 Aug 2009, at 17:26, Trish Whetzel wrote:<o:p></o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><br><br><o:p></o:p></span></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">There was a change in the identifiers for EFO a few versions back. The change is that there was an extra 'efo' in the fully qualified term name. <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">The term id in version 39885 is: <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/39885/efo:EFO_0000001" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://bioportal.bioontology.org/visualize/39885/efo:EFO_0000001</a><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">The term id in version 40394 is: <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/40394/EFO_0000001" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://bioportal.bioontology.org/visualize/40394/EFO_0000001</a> <o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">So using <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/children/1136/efo:EFO_0000352" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/children/1136/efo:EFO_0000352</a>, will get the child term of clinical history or <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/39885/efo:EFO_0000352" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/39885/efo:EFO_0000352</a><span class="Apple-converted-space"> </span>will work.<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">Trish<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">On Aug 19, 2009, at 6:16 AM, Eamonn Maguire wrote:<o:p></o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><br><br><o:p></o:p></span></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">Hi Trish,<o:p></o:p></span></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">Just a quick question.<o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; ">I'm having trouble getting the "<span class="apple-style-span">Get parents/children of a given concept in a specific ontology version" query to work properly. For instance, I thought that making the following queries should work, but they return a message saying that no children exist in the hierarchy when they clearly do.</span><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; "><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/40394/EFO_0000352" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/40394/EFO_0000352</a></span></span><span style="font-size: 16pt; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; ">i get the same message using the virual ontology equivalent of this method </span></span><span style="font-size: 16pt; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; "><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/children/1136/EFO_0000352" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/children/1136/EFO_0000352</a></span></span><span style="font-size: 16pt; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; ">any ideas?</span></span><span style="font-size: 16pt; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; ">thanks,</span></span><span style="font-size: 16pt; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; ">Eamonn</span></span><span style="font-size: 16pt; "><o:p></o:p></span></div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">--<o:p></o:p></span></div></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 14.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">*</span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> </span></span><span class="apple-tab-span"><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">  <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><a href="mailto:maguire@ebi.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline; ">maguire@ebi.ac.uk</a></span></span><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 14.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> <span class="apple-tab-span">   <span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="http://www.ebi.ac.uk/~maguire" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/~maguire</a><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 14.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">     <a href="http://www.ebi.ac.uk/net-project" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/net-project</a><o:p></o:p></span></div></div></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">--<o:p></o:p></span></div></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 14.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">*</span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> </span></span><span class="apple-tab-span"><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">  <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><a href="mailto:maguire@ebi.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline; ">maguire@ebi.ac.uk</a></span></span><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 14.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> <span class="apple-tab-span">   <span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="http://www.ebi.ac.uk/~maguire" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/~maguire</a><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 14.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">     <a href="http://www.ebi.ac.uk/net-project" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/net-project</a><o:p></o:p></span></div></div></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 16pt; "><o:p> </o:p></span></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">--<o:p></o:p></span></div></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">*</span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> </span></span><span class="apple-tab-span"><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">      <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><a href="mailto:maguire@ebi.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline; ">maguire@ebi.ac.uk</a></span></span><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> <span class="apple-tab-span">       <span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="http://www.ebi.ac.uk/~maguire" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/~maguire</a><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 10.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">     <a href="http://www.ebi.ac.uk/net-project" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/net-project</a><o:p></o:p></span></div></div></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">--<o:p></o:p></span></div></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">*</span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> </span></span><span class="apple-tab-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">          <span class="Apple-converted-space"> </span></span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><a href="mailto:maguire@ebi.ac.uk" style="color: blue; text-decoration: underline; ">maguire@ebi.ac.uk</a></span></span><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "> <span class="apple-tab-span">           <span class="Apple-converted-space"> </span></span><a href="http://www.ebi.ac.uk/~maguire" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/~maguire</a><o:p></o:p></span></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 7.5pt; font-family: Wingdings; color: black; ">:</span></span><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; ">     <a href="http://www.ebi.ac.uk/net-project" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ebi.ac.uk/net-project</a><o:p></o:p></span></div></div></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></span></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div></div></div></span></blockquote></div><br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-w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