<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><font class="Apple-style-span" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;">Thanks Chris. <span class="Apple-style-span" style="white-space: pre; ">It looks like the inverse relations were loaded and therefore are also being displayed. In the case of part_of/part of the arrows are also in the same direction.  </span></span></font></div><div><pre><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px;">I'll assign this to Pradip to check how the ontology is loaded.

Trish</span></font></pre></div><br><div><div>On Nov 10, 2009, at 11:37 AM, Chris Callendar wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"> <div style="WORD-WRAP: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space"> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial">Hi Doug and Trish,</font></span></div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial"></font></span> </div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial">I've comented on the bug report that is entered in our system (see the link below), but to summarize what I said:</font></span></div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial"></font></span> </div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial">The error is in the rest services, not in FlexViz.  <br>The relationship from central nervous system to motor axons peripheral is "part_of", see this XML:<br><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40797/ZFA%3A0000012">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40797/ZFA%3A0000012</a></font></span></div> <div><font color="#000080" size="2" face="Arial"></font> </div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial">And the relationship from motor axons peripheral to central nervous system is "part of", see this XML:<br><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40797/ZFA%3A0001002">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40797/ZFA%3A0001002</a></font></span></div> <div><font color="#000080" size="2" face="Arial"></font> </div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial">FlexViz will only show one relationship if they are the same type, but in this case it is not smart enough to realize that there is an error in the ontology and "part of" and "part_of" are actually the same thing.</font></span></div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial"></font></span> </div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial">Chris</font></span></div> <div dir="ltr" align="left"><span class="312293619-10112009"><font color="#000080" size="2" face="Arial"></font></span> </div><br> <blockquote style="BORDER-LEFT: #000080 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px" dir="ltr">  <div dir="ltr" lang="en-us" class="OutlookMessageHeader" align="left">  <hr tabindex="-1">  <font size="2" face="Tahoma"><b>From:</b> Trish Whetzel   [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> November 10, 2009 6:29   AM<br><b>To:</b> Chris Callendar<br><b>Cc:</b>   <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b> Fwd: [bioontology-support]   duplicate relations showing in FlexoViz.html graph viewer<br></font><br></div>  <div></div>  <div>Hi Chris, </div>  <div><br></div>  <div>Can you take a look at this one? </div>  <div><a href="https://bmir-gforge.stanford.edu/gf/project/bioportal_core/tracker/?action=TrackerItemEdit&tracker_item_id=1687">https://bmir-gforge.stanford.edu/gf/project/bioportal_core/tracker/?action=TrackerItemEdit&tracker_item_id=1687</a></div>  <div><br></div>  <div>Thanks, </div>  <div>Trish</div>  <div><br></div>  <div><br></div>  <div>  <div>Begin forwarded message:</div></div>  <div><br class="Apple-interchange-newline">  <blockquote type="cite">    <div>    <div style="MARGIN: 0px"><font style="FONT: 12px Helvetica; COLOR: #000000" color="#000000" size="3" face="Helvetica"><b>From: </b></font><font style="FONT: 12px Helvetica" size="3" face="Helvetica">Doug Howe <<a href="mailto:dhowe@zfin.org">dhowe@zfin.org</a>></font></div>    <div style="MARGIN: 0px"><font style="FONT: 12px Helvetica; COLOR: #000000" color="#000000" size="3" face="Helvetica"><b>Date: </b></font><font style="FONT: 12px Helvetica" size="3" face="Helvetica">November 9, 2009 4:47:52     PM PST</font></div>    <div style="MARGIN: 0px"><font style="FONT: 12px Helvetica; COLOR: #000000" color="#000000" size="3" face="Helvetica"><b>To: </b></font><font style="FONT: 12px Helvetica" size="3" face="Helvetica"><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a></font></div>    <div style="MARGIN: 0px"><font style="FONT: 12px Helvetica; COLOR: #000000" color="#000000" size="3" face="Helvetica"><b>Subject: </b></font><font style="FONT: 12px Helvetica" size="3" face="Helvetica"><b>[bioontology-support]     duplicate relations showing in FlexoViz.html graph viewer</b></font></div>    <div style="MARGIN: 0px; MIN-HEIGHT: 14px"><br></div></div>    <div>Version:          v2.1.8,     October 23rd, 2009<br>Operating System: Mac OS 10.5.8<br>Flash Version:        MAC 10,0,32,18<br>Flash Parameters:     ontology=40580&v=2.1.8&log=true&nodeid=&server=<br>Browser     URL:      <a href="http://keg.cs.uvic.ca/ncbo/flexviz/FlexoViz.html#">http://keg.cs.uvic.ca/ncbo/flexviz/FlexoViz.html#</a><br><br>I'm     using the FlexoViz.html to view the zebrafish anatomy ontology.       Looking at the term 'motor axons peripheral' (which has it's own     problems!), the graph seems to show two 'part of' relations.  One is     labeled 'part of' and one 'part_of'.  Ditto for 'develops_from' and     'develops from'.<br><br>Is this a bug in the FlexoViz.html or maybe     something strange in our ontology     format?<br><br>-Doug<br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>Doug Howe,     Ph.D.<br>Scientific Curator<br>Zebrafish Information Network<br>5291     University of Oregon<br>Eugene, OR     97401-5291<br>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~<br>541-346-0120<br><a href="mailto:dhowe@zfin.org">dhowe@zfin.org</a><br>skype:     doug.howe<br><br><br><br><br>_______________________________________________<br>bioontology-support     mailing     list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></div></blockquote></div><br><p><font size="2" face="Arial">No virus found in this incoming message.<br>Checked   by AVG - <a href="http://www.avg.com">www.avg.com</a><br>Version: 9.0.704 / Virus Database: 270.14.57/2492 -   Release Date: 11/09/09 04:11:00<br></font></p></blockquote></div></blockquote></div><br></body></html>