<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.apple-style-span
        {mso-style-name:apple-style-span;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple style='word-wrap: break-word;
-webkit-nbsp-mode: space;-webkit-line-break: after-white-space'>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Hi James,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Sorry to continue confusing things, but since both ontologies
(EFO and SWO) are residing within the same repository branch, there is no need
for a separate descriptor file.  It CAN work, of course, but a cleaner
alternative would be to have a single metadata descriptor for both ontologies. 
I’ve attached a file that lists both ontologies. You can simply copy it
into some location within the branch (perhaps in some neutral location, like: “/efo/trunk/src/metadata/EFO_ontologies.txt”,
but this is entirely up to you).<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>If this works for you, copy the file into the repository and send
us back the path information.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Thanks,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Misha<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Trish Whetzel
[mailto:whetzel@stanford.edu] <br>
<b>Sent:</b> Tuesday, December 15, 2009 2:12 PM<br>
<b>To:</b> Michael Dorf<br>
<b>Subject:</b> Fwd: [bioontology-support] Software Ontology (SVN pull)<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoNormal>Info on the EFO ontology. <o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>Begin forwarded message:<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>From: </span></b><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>James
Malone <<a href="mailto:malone@ebi.ac.uk">malone@ebi.ac.uk</a>></span><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>Date: </span></b><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>December
15, 2009 7:16:05 AM PST</span><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>To: </span></b><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>Trish
Whetzel <<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>></span><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>Subject: </span></b><b><span style='font-size:9.0pt;font-family:
"Helvetica","sans-serif"'>Re: [bioontology-support] Software Ontology (SVN
pull)</span></b><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Hi Trish,<br>
<br>
I've checked in a similar file for EFO now.<br>
<br>
Details for EFO, again anonymous checkout is enabled:<br>
<br>
<a
href="https://efo.svn.sourceforge.net/svnroot/efo/trunk/src/efoinowl/InferredEFOOWLview/EFO_Bioportal/EFO_Bioportal_details.txt">https://efo.svn.sourceforge.net/svnroot/efo/trunk/src/efoinowl/InferredEFOOWLview/EFO_Bioportal/EFO_Bioportal_details.txt</a><br>
The EFO OWL file is at URL:<br>
https://efo.svn.sourceforge.net/svnroot/efo/trunk/src/efoinowl/InferredEFOOWLview/EFO_inferred.owl<br>
<br>
Hopefully this should be ok.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
James<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Trish Whetzel wrote:<br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi James,<o:p></o:p></p>

<blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</blockquote>

<blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'>

<p class=MsoNormal>Do you have a similar file with information for EFO?<o:p></o:p></p>

</blockquote>

<blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</blockquote>

<blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'>

<p class=MsoNormal>Trish<o:p></o:p></p>

</blockquote>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
-- <br>
European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton,
Cambridge, CB10 1SD, United Kingdom<br>
Tel: + 44 (0) 1223 494 676<br>
Fax: + 44 (0) 1223 492 468 <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>Trish Whetzel, PhD<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>Outreach Coordinator<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>The National Center for Biomedical Ontology<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'>Ph: 650-721-2378<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><a href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'><o:p> </o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif";
color:black'> <o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</body>

</html>