<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Julia, </div><div><br></div><div>One item that looks like it may be problematic with the OWL derivative from below <a href="http://www.berkeleybop.org/ontologies/">http://www.berkeleybop.org/ontologies/</a> is that there are multiple kinds of things in the property rdfs:label. For example, definition, Dbxrefs and are represented as subclasses versus values of properties. I believe that LOOM expects this content to be in different properties versus all being within one property with the same name. </div><div><br></div><div>Using Protege 4 to open the OBO format file and then saving as RDF/XML, I get the following for the same term as represented below:</div><div><div><!-- <a href="http://purl.org/obo/owl/pathway#PW_0000015">http://purl.org/obo/owl/pathway#PW_0000015</a> --></div><div>    <owl:Class rdf:about="#PW_0000015"></div><div>        <rdfs:label>Alzheimer disease pathway</rdfs:label></div><div>        <rdfs:subClassOf rdf:resource="#PW_0000014"/></div><div>        <oboInOwl:def>&quot;A mostly sporadic, late-onset condition affecting the central nervous system, is the most prevalent neurodegenerative disease and the most common form of dementia. It is characterized by the presence of amyloid plaques and fibril tangles. Possible pathways affected range from protein misfolding and aggregation, to oxidative stress and impaired metal homeostasis.&quot; [InHouse:InHouse PW dictionary &quot;Definition provided by the PW editorial team&quot;]</oboInOwl:def></div><div>    </owl:Class></div><div><br></div><div>I have not had a chance to check use of this file further following the instructions with LOOM. However, have you tried to generate an OWL version using Protege 4 and then using LOOM?</div><div><br></div><div>Trish</div><div><br></div></div><div><br></div><br><div><div>On Dec 15, 2009, at 8:46 AM, Julia Dmitrieva wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Dear Trish,<br>I was not succeed with mapping of OBO ontologies with LOOM.<br>I use the OWL variants from <a href="http://www.berkeleybop.org/ontologies/">http://www.berkeleybop.org/ontologies/</a>.<br><br>I think that the problem is that syntax of those ontologies after the convertion from OBO<br> to OWL is not OK, I was also not succeed with  preferred name configuration from Protege 3.<br><br>Further, I did the same as it was described at <a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/LOOM">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/LOOM</a>.<br> Here I show how the classes are looking out in OWL variant, may be you know how<br>the problem can be solved:<br><br> <owl:Class rdf:about="<a href="http://purl.org/obo/owl/PW#PW_0000015">http://purl.org/obo/owl/PW#PW_0000015</a>"><br>     <oboInOwl:hasOBONamespace rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</a>"<br>    >pathway</oboInOwl:hasOBONamespace><br>    <oboInOwl:hasDefinition><br>       <oboInOwl:Definition><br>        <rdfs:label xml:lang="en">A mostly sporadic, late-onset condition affecting the central nervous system, is the most prevalent neurodegenerative disease and the most common form of dementia. It is characterized by the presence of amyloid plaques and fibril tangles. Possible pathways affected range from protein misfolding and aggregation, to oxidative stress and impaired metal homeostasis.</rdfs:label><br>         <oboInOwl:hasDbXref><br>          <oboInOwl:DbXref><br>            <oboInOwl:hasURI rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI</a>"<br>             ><a href="http://purl.org/obo/owl/InHouse#InHouse_InHouse_PW_dictionary">http://purl.org/obo/owl/InHouse#InHouse_InHouse_PW_dictionary</a></oboInOwl:hasURI><br>            <rdfs:label rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</a>"<br>             >InHouse:InHouse_PW_dictionary</rdfs:label><br>          </oboInOwl:DbXref><br>        </oboInOwl:hasDbXref><br>        <oboInOwl:hasDbXref><br>          <oboInOwl:DbXref><br>            <rdfs:label rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</a>"<br>             >KEGG:map05010</rdfs:label><br>            <oboInOwl:hasURI rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI</a>"<br>            ><a href="http://purl.org/obo/owl/KEGG#KEGG_map05010">http://purl.org/obo/owl/KEGG#KEGG_map05010</a></oboInOwl:hasURI><br>           </oboInOwl:DbXref><br>        </oboInOwl:hasDbXref><br>      </oboInOwl:Definition><br>    </oboInOwl:hasDefinition><br>    <rdfs:subClassOf><br>      <owl:Class rdf:about="<a href="http://purl.org/obo/owl/PW#PW_0000014">http://purl.org/obo/owl/PW#PW_0000014</a>"/><br>     </rdfs:subClassOf><br>    <rdfs:label xml:lang="en">Alzheimer disease pathway</rdfs:label><br>  </owl:Class><br><br>Thank you<br>Julia<br><br><div class="gmail_quote">2009/12/8 Trish Whetzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>></span><br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div style=""><div>Hi Julia, </div><div><br></div><div>Just wanted to check back to see if you have any further questions on using LOOM to generate mappings. In addition, once the mappings are generated we can upload these to BioPortal if you like so that they can be accessible via the mapping web services.</div> <div><br></div><div>Trish</div><div><br></div><br><div><div><div></div><div class="h5"><div>On Nov 21, 2009, at 9:10 AM, Julia Dmitrieva wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div></div><div class="h5"> Dear BioPortal community.<br><br>I would like to create mappings in different ontologies with LOOM.<br>Is it possible to use OBO or OWL format (in description is written,<br>that I have to use .pprj file format).<br><br>My second question is:<br> In the case of OBO ontology what will be the TargetSynonymSlotURI:<br><br>for example,  what will be the TargetSynonymSlotURI in the following case:<br><br>format-version: 1.0<br>date: 27:04:2009 14:30<br>saved-by: VPetri<br> auto-generated-by: OBO-Edit 1.101<br>default-namespace: pathway<br>.<br>.<br>.<br>.<br>[Term]<br>id: PW:0000416<br>name: sentrinization pathway<br>def: "A pathway of protein modification via conjugation with sentrin - a family of ubiquitin-like protein. Sentrinization does not target proteins to the proteasome, rather it targets proteins to particular cellular compartments." [PubMed:PMID\: 10806345; 15808504 "Review articles in PubMed"]<br> related_synonym: "SUMO modification pathway" []<br>related_synonym: "sumoylation pathway" []<br>is_a: PW:0000433 ! protein modification pathway via conjugation with ubiquitin and ubiqutin-like molecules<br> <br>Is it pathway#related_synonym?<br><br>Thank you for your help,<br>with best regards,<br><br>Julia<br></div></div> _______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br> <a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></blockquote></div><font color="#888888"><br><div> <span style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div style=""> <div><div>Trish Whetzel, PhD</div><div>Outreach Coordinator</div><div>The National Center for Biomedical Ontology</div><div>Ph: 650-721-2378</div><div><a href="mailto:whetzel@stanford.edu" target="_blank">whetzel@stanford.edu</a></div> <div><a href="http://www.bioontology.org" target="_blank">http://www.bioontology.org</a></div><div><br></div><div> </div></div></div></span> </div><br></font></div></blockquote></div><br></blockquote></div><br><div> <span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>Trish Whetzel, PhD</div><div>Outreach Coordinator</div><div>The National Center for Biomedical Ontology</div><div>Ph: 650-721-2378</div><div><a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a></div><div><a href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a></div><div><br></div><div> </div></div></div></span> </div><br></body></html>