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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Dear Sir/Madam,<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Is there a way to download the whole disease or compound category
by just one command?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>The example said in the email needs to specify the concept id.
However, under disease category, for example, it has more than 10 top-level concepts.
So I need to call more than 10 times. Then I need to merge those 10+ files into
one file. It is not pretty straightforward.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Thanks<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Eugene<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> drnigam@gmail.com
[mailto:drnigam@gmail.com] <b>On Behalf Of </b>Nigam Shah<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 16, 2010 3:46 PM<br>
<b>To:</b> Eugene; Satnam Alag<br>
<b>Subject:</b> Re: Introductions<o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoNormal>BTW, for questions like this emailing <a
href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> is best. It
will go to people who respond to users regularly. I merely end up reading the
documentation and replying to you.<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Regards,<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Nigam.<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>On Tue, Mar 16, 2010 at 3:36 PM, Nigam Shah <<a
href="mailto:nigam@stanford.edu">nigam@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Yes it is. You are not using a conceptid
("Peptides" is not a concept id in MSH). See: <a
href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/42142" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/42142</a> to
find a valid ID for "Peptides" .. use the search box above the tree
view.<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>For example, for "Melanoma", the ID is D008545.
And if I use that, I will get an OWL file from: <a
href="http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/42142/?conceptid=D008545&ontologyname=testing.owl&delay=2000"
target="_blank">http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/42142/?conceptid=D008545&ontologyname=testing.owl&delay=2000</a>.
I just tested it. So the URL is correct, you need to use the right parameters.<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='color:#888888'>--Nigam.<o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>On Tue, Mar 16, 2010 at 3:29 PM, Eugene <<a
href="mailto:eugene@nextbio.com" target="_blank">eugene@nextbio.com</a>>
wrote:<o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Nigam,</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Is the URL right?</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'><a
href="http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/42142/?conceptid=Peptides&ontologyname=testing.owl&delay=2000"
target="_blank">http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/42142/?conceptid=Peptides&ontologyname=testing.owl&delay=2000</a></span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Should ontology name have prefix
“http”? I use above URL, but I cannot get it.</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>42142 is MeSH ID (according to the link <a
href="http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/download/42142?email=example@example.org"
target="_blank">http://rest.bioontology.org/bioportal/ontologies/download/42142?email=example@example.org</a>
). </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>I have followed the instruction: <a
href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction" target="_blank">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction</a></span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Any idea?</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Thanks</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Eugene</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span
style='font-size:10.0pt'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt'> <a
href="mailto:drnigam@gmail.com" target="_blank">drnigam@gmail.com</a> [mailto:<a
href="mailto:drnigam@gmail.com" target="_blank">drnigam@gmail.com</a>] <b>On
Behalf Of </b>Nigam Shah<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, March 16, 2010 2:31 PM<br>
<b>To:</b> Eugene<br>
<b>Subject:</b> Fwd: Introductions</span><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Might
be useful for you to know the options too .. sorry for the short onliners ..
trying to multi task at a meeting.<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Cheers!<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Nigam.<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>----------
Forwarded message ----------<br>
From: <b>Nigam Shah</b> <<a href="mailto:nigam@stanford.edu" target="_blank">nigam@stanford.edu</a>><br>
Date: Tue, Mar 16, 2010 at 2:27 PM<br>
Subject: Re: Introductions<br>
To: Satnam Alag <<a href="mailto:satnam@nextbio.com" target="_blank">satnam@nextbio.com</a>><br>
<br>
<br>
I am in Seattle right now at a meeting .. so can't get on the phone. Overall,
here are the options:<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>1)
The simple, extraction of a sub-tree of an ontology (say the 'disease branch'
or MeSH .. or the subtree under 'Melanoma'). That can be done using our production
services .. for example the one at: <a
href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction" target="_blank">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction</a><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>2)
A bit detailed extraction that give more "knobs" beyond just the the
sub-tree .. i.e. allow you to 'exclude' terms that are not the right semantic
type, that have a high freq in medline, that have the wrong syntactic type on
average (say not noun-phrase). That can be done using our prototype Lexicon
Builder .. the one at: <a
href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Lexicon_Builder" target="_blank">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Lexicon_Builder</a><o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>3)
Getting the compound and diseases sections of multiple (or all) UMLS
ontologies; the 13% actually used in medline (per Rong Xu's paper). This data
is in mysql tables that are not open to the public. Someone (i.e. me or my
student) would have to work with you to figure out the exact query you want to
run and then run it.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>My
guess is the number (2) WILL get you what you are after. However, in order to
do that, you (or probably Eugene) need to:<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>-
identify what UMLS ontologies you want (MSH, SNOMEDCT, NCIT, ICD9 .. what
else?). You can't do all "UMLS" in the Lexicon Builder.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>-
make a few trial runs (say with MSH) ... trying different parameters for the
semantic types, the syntactic types and the frequency cutoffs; try
including, excluding synoyms, using or not using "mappings" to terms
from other ontologies. Basically read the Lexicon Builder paper and try out
different parameter combinations<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>-
if it gets you what you need, great .. if not, we can iterate to define the
right parameter set for you.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>If
you are convinced that (2) will not work, or you don't want to (or can't) spend
time digging into this, we can explore option (3). But that requires my time,
which I don't have much right now.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Regards,<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Nigam.<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On
Tue, Mar 16, 2010 at 1:51 PM, Satnam Alag <<a
href="mailto:satnam@nextbio.com" target="_blank">satnam@nextbio.com</a>>
wrote:<o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Is there an easy way for us to get the
compound and diseases sections of the UMLS ontology that has been processed by
you. We are particularly interested in the 13% of the ontology that is actually
used in medline. Is there a good phone number I can call you at? Thx</span><o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Satnam Alag</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>V.P. of Engineering</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>NextBio</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Ph: 408 582 4160 (C)</span><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span
style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'><a href="http://www.nextbio.com"
target="_blank">www.nextbio.com</a></span><o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</div>

</body>

</html>