<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
 http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
OK, thank you for the suggestion. I will talk to Misha. Natasha
suggested that I should use the Autocomplete widget from BP, and that
will give a partial solution. So, I will look into that.<br>
<br>
Tania<br>
<br>
On 03/19/2010 10:01 AM, Trish Whetzel wrote:
<blockquote cite="mid:2F267B31-DA0E-4F04-AC1A-DE73AE9E6289@stanford.edu"
 type="cite">
  <div><font class="Apple-style-span" size="4"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">The search web
service supports search from partial words, difference in parameter
between contains and exact match. However if the search string contains
two partial words "</span></font><span class="Apple-style-span"
 style="white-space: pre;"><font class="Apple-style-span" size="4"><span
 class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">cand vul" that does
not work. </span></font></span></div>
  <div><span class="Apple-style-span" style="white-space: pre;"><font
 class="Apple-style-span" size="4"><span class="Apple-style-span"
 style="font-size: 14px;"><br>
  </span></font></span></div>
  <div><span class="Apple-style-span" style="white-space: pre;"><font
 class="Apple-style-span" size="4"><span class="Apple-style-span"
 style="font-size: 14px;">Misha, is this something that Lucene can
accommodate, returning results from input of "cand vul"? Also, there
seems to be a problemin that using the input term "candidias of vul"
does not return results even though only the last term is not complete.
A search using "candidias of" will return "Candidiasis of vulva" as one
of the results. </span></font></span></div>
  <div><br>
  </div>
  <div>Perhaps it would be worthwhile to talk in person with Misha
about how the Lucene index is set-up? </div>
  <div><br>
  </div>
  <div>Trish</div>
  <div><br>
  </div>
  <br>
  <div>
  <div>On Mar 19, 2010, at 8:43 AM, Tania Tudorache wrote:</div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  <blockquote type="cite">
    <div text="#000000" bgcolor="#ffffff"> I don't know if BioPortal
plans to support partial word queries, or if you have suggestions how
we can simulate them... Please see below what WHO needs.<br>
    <br>
Unfortunately, Alan Rector has already concluded that we cannot use
BioPortal for the Snomed search because of this missing feature, which
is not good for any of the teams..<br>
    <br>
Thanks!<br>
Tania<br>
    <br>
    <br>
    <br>
-------- Original Message --------
    <table class="moz-email-headers-table" cellpadding="0"
 cellspacing="0" border="0">
      <tbody>
        <tr>
          <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">Subject: </th>
          <td>[icat-users] Re: SNOMED CT concept search and
representation problems</td>
        </tr>
        <tr>
          <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">Date: </th>
          <td>Fri, 19 Mar 2010 03:25:22 -0700 (PDT)</td>
        </tr>
        <tr>
          <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">From: </th>
          <td>Robert Chalmers <a moz-do-not-send="true"
 class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:r.chalmers@man.ac.uk"><r.chalmers@man.ac.uk></a></td>
        </tr>
        <tr>
          <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">Reply-To:
          </th>
          <td><a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
 href="mailto:icat-users@googlegroups.com">icat-users@googlegroups.com</a></td>
        </tr>
        <tr>
          <th nowrap="nowrap" valign="BASELINE" align="RIGHT">To: </th>
          <td>iCat Users Group <a moz-do-not-send="true"
 class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:icat-users@googlegroups.com"><icat-users@googlegroups.com></a></td>
        </tr>
      </tbody>
    </table>
    <br>
    <br>
    <pre>Dear Tania

Thank you for this.   I should just like to emphasize a suggestion
made in my comments above.  Most of the SNOMED lookups I was
discussing were in the SNOMED references tab.

As I previously wrote:

CliniClue very rapidly finds terms by allowing partial word searches
in any order.   Thus the search string "ep bu ac" rapidly identifies
the correct term by interpreting the query as "string [includes word
"ep*"]
AND [includes word "bu*"] AND [includes word "ac*"].  I wonder how
easy it would
be to incorporate that into the iCAT SNOMED CT search. Otherwise I
think a lot of cross-mappings will be missed.

Alternatively one will have to wade through hundreds of irrelevant
terms.

I should like to give another example of where my suggestion would
have been helpful.

B37.3 Candidiasis of vulva and vagina

Searching for "Candidiasis of vulva and vagina" brings up a blank
Searching for "Candidiasis" brings up 64 results including
"Candidiasis of Vulva" and "Candidiasis of Vagina"

IN CliniClue a search string "cand vul" and "cand vag" would have
immediately identified the two relevant entries.

I think it would be immensely helpful to have this implemented in
iCAT.

One other small point here relates to the display of tabs in the
content area. If you open iCAT in a normal (not maximised) window then
drag the right edge of the window to enlarge the window, the tab box
does not enlarge with it.  There is up to 8 cm of blank screen between
the tabs and the right arrow.   I imagine that there is a property
that could be changed easily to rectify this.   I unfortunately can't
do a screen dump here to illustrate this.

Best wishes

Robert




On Mar 18, 2:49 am, Tania Tudorache <a moz-do-not-send="true"
 class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:tudora...@stanford.edu"><tudora...@stanford.edu></a> wrote:
> Search on synonyms should work now.
>
> Tania
>
> On 03/16/2010 09:16 PM, Tania Tudorache wrote:
>
>
>
> > Hi Robert,
>
> > Thank you for the comments on the search functionality. It seems that
> > the search on synonyms does not work in the specific values sets (e.g.
> > SNOMED Anatomy that is linked from Body Part), and it should. We are
> > working with the BioPortal people to see why it doesn't.
>
> > The search is already made in the preferred term, and that seems to work.
>
> > We could have the search by SNOMED ID working. Several fields in iCAT
> > are linked to specific value sets in SNOMED (e.g. body part -> Snomed
> > Anatomy branch, Investigations -> Snomed Test Findings, etc.). So,
> > when you search for a body part, the search is restricted to a
> > specific value set in Snomed. It seems that there is a problem with
> > searching by Snomed ID and synonym in the specific values sets.
>
> > There are some fields for which the search is not restricted, e.g.
> > Severity. If you use the "Find term" link from Severity, it will
> > search in the entire Snomed, and in that field, the search by id and
> > synonym work fine.
>
> > So a very quick work around until we figure out the search in value
> > sets problem, is to remove the search in value sets for body part,
> > investigations, etc. and instead search in the entire Snomed.
>
> > Tania
>
> > On 03/13/2010 03:08 AM, Robert Chalmers wrote:
> >> I have been doing some cross-mapping to SNOMED CT (mainly in section
> >> LB of Chapter 12).  I realise that it is very easy to miss SNOMED CT
> >> concepts in the way that the search is set up and have had to resort
> >> to searching in CliniClue.
>
> >> Take the example of epidermolysis bullosa acquisita (LB44) or EBA.
> >> This is present "as is" in SNOMED CT as a synonym to "acquired
> >> epidermolysis bullosa" of which it is essentially a lexical variant.
> >> A search of "epidermolysis bullosa acquisita"  does produce a range of
> >> entries in SNOMED CT, all of which are children of EBA, but does not
> >> find not the parent term.
>
> >> Drug-induced epidermolysis bullosa acquisita
> >> Epidermolysis bullosa acquisita, Brunsting-Perry type
> >> Epidermolysis bullosa acquisita, bullous pemphigoid-like
> >> Epidermolysis bullosa acquisita, cicatricial pemphigoid-like
> >> Epidermolysis bullosa acquisita, classical acral type
> >> Epidermolysis bullosa acquisita, oral mucosal involvement
>
> >> In order to find EBA you need to know that SNOMED CT's preferred
> >> descriptor is "acquired epidermolysis bullosa"
>
> >> If I had just put in "epidermolysis" then I would have found the
> >> correct term amongst 47 others.   With other elements which are more
> >> commonly used, such as "erythema" or "dermatitis", I should have had
> >> to wade through 246 and 328 terms respectively to see if the specific
> >> term I was looking for was present.
>
> >> CliniClue very rapidly finds terms by allowing partial word searches
> >> in any order.   Thus the search string "ep bu ac" rapidly identifies
> >> the correct term by interpreting the query as "string [includes "ep*"]
> >> AND [includes"bu*"] AND [includes "ac*"].  I wonder how easy it would
> >> be to incorporate that into the iCAT SNOMED CT search. Otherwise I
> >> think a lot of cross-mappings will be missed.
>
> >> The same will obviously apply to all other elements of the content
> >> model where SNOMED CT is it will be even more important to ensure that
> >> the most appropriate term is found.  In these cases it is not just a
> >> matter of finding the same disease descriptor as is being used for
> >> ICD.   The editor will not be likely to know exactly how the concept
> >> he or she is looking for is represented in SNOMED CT.  Thus under Body
> >> Part a search for "toe web" would bring a blank but "toe" alone would
> >> bring up 563 entries from SNOMED ANATOMY including "toe of hoof".
> >> "Toe web" is in SNOMED CT as a synonym to "structure of interdigital
> >> space of foot", a further synonym of which is "web space of toe".  Had
> >> I searched for "web", I should have found 32 concepts but again not
> >> the one I was looking for.   The CliniClue search of "toe web" would
> >> have identified both "toe web" and "web space of toe".   I would then
> >> have decided that the latter was a preferable descriptor and opted for
> >> that.
>
> >> I think that my experience so far brings up a number of issues.
>
> >> 1.  A search of SNOMED CT synonyms as well as preferred terms is
> >> essential.
> >> 2.  Ideally a search query should replicate that provided in CliniClue
> >> 3.  Should iCAT permit synonym descriptors to be displayed (e.g. "web
> >> space of toe") rather automatically select the SNOMED CT preferred
> >> term (in this instance "structure of interdigital space of foot")?
> >> For clarity I think it should be possible to override use of the
> >> preferred descriptor if necessary.
> >> 4.  If none of these is going to be possible then should it be
> >> possible to search by SNOMED CT Concept ID or Description ID copied
> >> and pasted from CliniClue or other SNOMED browser.  (It would perhaps
> >> be possible for an integer to be recognised in the search box as
> >> either a concept ID or a description ID rather than be treated as a
> >> text string).
> >> 5.  As 80% of concepts from our principal source terminology are
> >> already cross-mapped to SNOMED CT and as the majority of concepts
> >> which will be entered into the ICD-11 foundation layer will also be
> >> represented in that source terminology, it would be very useful to
> >> have feature 4 available.
>
> >> Thanks to all who have persevered and read to the end of this message.
>
> >> Robert

To unsubscribe from this group, send email to icat-users+unsubscribegooglegroups.com or reply to this email with the words "REMOVE ME" as the subject.
    </pre>
    </div>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>