<html dir="ltr"><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta content="MSHTML 6.00.6000.17023" name="GENERATOR">
<style id="owaTempEditStyle"></style><style title="owaParaStyle"><!--P {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px
}
--></style>
</head>
<body ocsi="x">
<div style="FONT-SIZE: 13px; COLOR: #000000; DIRECTION: ltr; FONT-FAMILY: Tahoma">
<div>Hi Trish,</div>
<div><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div><font face="tahoma" size="2">longestOnly isn't quite what I want - I would like a response only if there is an exact match e.g. 'river bank' should return a match but 'river bark' should return no matches. Using longestOnly in this case would return 'river'
 as a match. However, as I explained, I can get the functionality I need by looking at the indexes given in the response. I just thought it might be useful to provide such a parameter for users who want to check if a provided term is present in an ontology.</font></div>
<div><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div><font face="tahoma" size="2">Thanks for looking into the definition field. It would be very useful to allow our users to interactively disambiguate multiple matches by looking at the definitions.</font></div>
<div><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div><font face="tahoma" size="2">Mark.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"></font> </div>
<div id="divRpF222383" style="DIRECTION: ltr">
<hr tabindex="-1">
<font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> Trish Whetzel [whetzel@stanford.edu]<br>
<b>Sent:</b> 15 April 2010 16:52<br>
<b>To:</b> Woodbridge, Mark R<br>
<b>Cc:</b> Natasha Noy; bioontology-support@mailman.stanford.edu<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Feedback<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div>Hi Mark, </div>
<div><br>
</div>
<div>We'll check into why the definition field is empty. As for returning only the term 'river bank', that is possible by setting the parameter 'longestOnly' to true. More details on all parameters for the Annotator are described here: <a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Annotator_User_Guide" target="_blank">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Annotator_User_Guide</a>.</div>
<div><br>
</div>
<div>Trish</div>
<div><br>
</div>
<br>
<div>
<div>On Apr 15, 2010, at 6:56 AM, Woodbridge, Mark R wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div>Hi Natasha,<br>
<br>
Many thanks. It works perfectly now! There are a couple of extra features that would make the Annotator ideal for our usage scenario - I don't know if whether these are currently possible, or whether you have considered adding them:<br>
<br>
- Optionally including term definitions in the response alongside the fullId and synonyms. I noticed that you do have a <definitions> element but it seems to be empty.<br>
<br>
- Exact matches. In some cases I would like to submit a term (e.g. 'river bank') and only get a response if that terms exists in the specified ontology. (Though I can easily work round this by looking at the 'from' and 'to' indexes in the response and checking
 whether they span the whole input).<br>
<br>
Many thanks for your help,<br>
<br>
Mark<br>
<br>
-- <br>
Mark Woodbridge<br>
CISBIC Data Management<br>
Imperial College London<br>
<br>
________________________________________<br>
From: Natasha Noy [<a href="mailto:noy@stanford.edu">noy@stanford.edu</a>]<br>
Sent: 15 April 2010 00:02<br>
To: <a href="mailto:admin@bioontology.org">admin@bioontology.org</a><br>
Cc: <a href="mailto:bioontology-support@mailman.stanford.edu">bioontology-support@mailman.stanford.edu</a>; Woodbridge, Mark R<br>
Subject: Re: [bioontology-support] Feedback<br>
<br>
Thank you, Mark, for bringing this up to our attention. There were<br>
some problems on our server that we have now fixed.<br>
<br>
Please try it out and do not hesitate to let us know if you see more<br>
problems!<br>
<br>
Thank you for your feedback!<br>
<br>
Natasha<br>
<br>
<br>
On Apr 14, 2010, at 4:08 AM, <a href="mailto:admin@bioontology.org">admin@bioontology.org</a> wrote:<br>
<br>
<blockquote type="cite">Name : Mark Woodbridge<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Email : <a href="mailto:m.woodbridge@imperial.ac.uk">m.woodbridge@imperial.ac.uk</a><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Comment:<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Hi,<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">I'm trying to use the Annotator to identify ontology terms in free<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">text. I'm not sure whether it is suitable for this use case, but I<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">started with something simple:<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">curl -d "textToAnnotate=river<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">+<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">bank<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">&ontologiesToKeepInResult=42277&longestOnly=true&withSynonyms=false"<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">-s "<a href="http://rest.bioontology.org/obs/annotator" target="_blank">http://rest.bioontology.org/obs/annotator</a>"<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">i.e. I would like to search the Environment Ontology for "river<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">bank" (ENVO:00000143). This seems to return "bar" (a synonym which I<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">tried to exclude using the withSynonyms parameter) and "bank" but<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">not "river bank".<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Am I doing something wrong? Any help would be greatly appreciated.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">Mark.<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">_______________________________________________<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite">bioontology-support mailing list<br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
</blockquote>
<blockquote type="cite"><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
</blockquote>
_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<div><span class="Apple-style-span">
<div>
<div>
<div>Trish Whetzel, PhD</div>
<div>Outreach Coordinator</div>
<div>The National Center for Biomedical Ontology</div>
<div>Ph: 650-721-2378</div>
<div><a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a></div>
<div><a href="http://www.bioontology.org" target="_blank">http://www.bioontology.org</a></div>
<div><br>
</div>
<div> </div>
</div>
</div>
</span></div>
<br>
</div>
</div>
</body>
</html>