That is indeed wierd .. coz for me the link, <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/40397/?conceptid=T321#resource_index">http://bioportal.bioontology.org/visualize/40397/?conceptid=T321#resource_index</a> shows a page (see screenshot attached). <div>
<br></div><div>This one: <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/40392/?conceptid=68" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/40392/?conceptid=68</a> is malformed link. "68" is the wrong thing to link with I believe .. so a bug at our end.<div>
<br></div><div>The one where you see results only for NextBio is where we have not used that ontology at our end for indexing yet, we link out to nextbio (who do their own indexing) and they might have results.</div><div>
<br></div><div>Right now, there is no easy way of knowing which link has annotation before clicking .. precisely the reason for building a custom search API (the one in alpha).  I agree that right now, *accessing* the annotations we have in an easy manner (i.e. in a UI) is a problem. The API access works and we are building UIs on top of it.</div>
<div><br></div><div>Best regards,</div><div>Nigam</div><div><br></div><div><div class="gmail_quote">On Sat, Apr 24, 2010 at 10:09 AM, Bhagwat, Medha (NIH/OD/ORS) [E] <span dir="ltr"><<a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Nigam,<br>
<br>
Thanks.  I just tried your steps and clicked on first few melanoma terms in the results page<br>
<br>
I got<br>
<br>
 <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/40397/?conceptid=T321#resource_index" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/40397/?conceptid=T321#resource_index</a><br>
<br>
The resources tab is currently undergoing maintenance.<br>
<br>
<br>
<a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/40392/?conceptid=68" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/40392/?conceptid=68</a><br>
<br>
The page you are looking for wasn't found. Please try again.<br>
<br>
<br>
<a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/4525/?conceptid=Melanoma#resource_index" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/4525/?conceptid=Melanoma#resource_index</a><br>
<br>
I got results.<br>
<br>
<br>
<a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/40402/?conceptid=C4116#resource_index" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/40402/?conceptid=C4116#resource_index</a><br>
<br>
has annotations only in NextBio<br>
<br>
<br>
<br>
How do I know which links has annotations before clicking on each link?<br>
<br>
<br>
thanks,<br>
<div class="im"><br>
Medha<br>
<br>
_____________________________<br>
<br>
Medha Bhagwat, PhD<br>
Informationist<br>
NIH Library<br>
National Institutes of Health<br>
Building 10, Room 1L13F<br>
10 Center Drive<br>
Bethesda, Maryland 20892-1150<br>
T. 301-496-2185<br>
F. 301-402-0254<br>
E. <a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a><br>
<a href="http://nihlibrary.nih.gov" target="_blank">http://nihlibrary.nih.gov</a><br>
_____________________________<br>
Amazing Research. Amazing Help.<br>
<br>
<br>
________________________________________<br>
</div>From: <a href="mailto:drnigam@gmail.com">drnigam@gmail.com</a> [<a href="mailto:drnigam@gmail.com">drnigam@gmail.com</a>] On Behalf Of Nigam Shah [<a href="mailto:nigam@stanford.edu">nigam@stanford.edu</a>]<br>
Sent: Friday, April 23, 2010 11:18 PM<br>
To: Bhagwat, Medha (NIH/OD/ORS) [E]<br>
Cc: <a href="mailto:info@bioontology.org">info@bioontology.org</a>; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>; Mark Musen<br>
Subject: Re: [ncbo-execs] Fwd: [bioontology-info] bioportal<br>
<div class="im"><br>
Dear Medha,<br>
<br>
The error you are seeing is the result of an unfortunate situation of having 3 ways of accessing annotated resources (such as expression datasets)  at Bioportal. Below I explain the three mechanisms and which work and which don't. They are:<br>

<br>
(1) via the 'All Resources' UI at <a href="http://bioportal.bioontology.org/resources" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/resources</a> (which is in "alpha" status)<br>
<br>
(2) via the Resources tab (e.g. at <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/42693/?conceptid=Melanoma#resource_index" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/42693/?conceptid=Melanoma#resource_index</a> for 'Melanoma')<br>

<br>
(3) via the Resource index REST API (e.g. at <a href="http://rest.bioontology.org/resource_index/byconcept/virtual/1032/false/true/0/10?conceptID=Melanoma" target="_blank">http://rest.bioontology.org/resource_index/byconcept/virtual/1032/false/true/0/10?conceptID=Melanoma</a> for 'Melanoma).<br>

<br>
So, the content is there .. and (2) is just a nice way of seeing the same information as in (3). In order to see the desired search result in the resources tab (option 2, above), right now the steps are as follows:<br>
<br>
- search for your desired term at: <a href="http://bioportal.bioontology.org/search" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/search</a><br>
- click on the term (column 1)  in the ontology of your choice .. e.g. Melanoma in NCIT is the 12th one down.<br>
</div>- that will get you to: <a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/42693/?conceptid=Melanoma" target="_blank">bioportal.bioontology.org/visualize/42693/?conceptid=Melanoma</a><<a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/42693/?conceptid=Melanoma" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/visualize/42693/?conceptid=Melanoma</a>><br>

<div class="im">- then click on the resource index (4 tabs to the left of the 'details').<br>
- that shows you public datasets annotated with 'Melanoma'.<br>
<br>
</div>The UI at <a href="http://bioportal.bioontology.org/resource" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/resource</a><<a href="http://bioportal.bioontology.org/resources" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/resources</a>> -- the one that didn't work -- is being prototyped to avoid this circuitous route of searching for annotated resources such as GEO datasets. Unfortunately, when you tried it the alpha version (true to its status) didn't work.<br>

<div class="im"><br>
We will announce on the bioportal list when that UI is in production. Meanwhile, the steps above will allow you to search bioportal for annotated resources.<br>
<br>
Best regards,<br>
Nigam.<br>
<br>
</div>From: "Bhagwat, Medha (NIH/OD/ORS) [E]" <<a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a><mailto:<a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a>>><br>
<div class="im">Date: April 23, 2010 12:06:38 PM PDT<br>
</div>To: "<a href="mailto:info@bioontology.org">info@bioontology.org</a><mailto:<a href="mailto:info@bioontology.org">info@bioontology.org</a>>" <<a href="mailto:info@bioontology.org">info@bioontology.org</a><mailto:<a href="mailto:info@bioontology.org">info@bioontology.org</a>>><br>

Cc: "Bhagwat, Medha \(NIH/OD/ORS\) \[E\]" <<a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a><mailto:<a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a>>><br>
<div class="im">Subject: [bioontology-info] bioportal<br>
<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I recently heard Mark Musen's talk and learnt that Bioportal can be used to search various resources such as expression datasets.  I tried using<br>
<br>
<a href="http://bioportal.bioontology.org/resources" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/resources</a><br>
<br>
Today, I get request timed out message in the beginning even before typing any query.<br>
earlier, I had searched with term melanoma.  I don't get any results and but get the timed out message.<br>
<br>
Can you help?<br>
<br>
Medha<br>
<br>
_____________________________<br>
<br>
Medha Bhagwat, PhD<br>
Informationist<br>
NIH Library<br>
National Institutes of Health<br>
Building 10, Room 1L13F<br>
10 Center Drive<br>
Bethesda, Maryland 20892-1150<br>
T. 301-496-2185<br>
F. 301-402-0254<br>
</div>E. <a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a><mailto:<a href="mailto:bhagwat@mail.nih.gov">bhagwat@mail.nih.gov</a>><br>
<div class="im"><a href="http://nihlibrary.nih.gov" target="_blank">http://nihlibrary.nih.gov</a><br>
_____________________________<br>
Amazing Research. Amazing Help.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
bioontology-info mailing list<br>
</div><a href="mailto:bioontology-info@lists.stanford.edu">bioontology-info@lists.stanford.edu</a><mailto:<a href="mailto:bioontology-info@lists.stanford.edu">bioontology-info@lists.stanford.edu</a>><br>
<div class="im"><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-info" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-info</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
ncbo-execs mailing list<br>
</div><a href="mailto:ncbo-execs@lists.stanford.edu">ncbo-execs@lists.stanford.edu</a><mailto:<a href="mailto:ncbo-execs@lists.stanford.edu">ncbo-execs@lists.stanford.edu</a>><br>
<div><div></div><div class="h5"><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/ncbo-execs" target="_blank">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/ncbo-execs</a><br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>