<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>I was able to open the file in Protege 4 and see that there are some extra XML tags that we may want to parse out before loading. Natasha runs a pre-processing step on the NCIt before uploading and can provide comments on this.</div><div><br></div><div>I saved the file as RDF/XML from Protege 4 and was able to load this file to the Stage server, however I do not see the "has_part" relationships and will need to review further.</div><div><br></div><div>Trish</div><div><br></div><br><div><div>On May 3, 2010, at 7:57 AM, Dennis Thomas wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Trish,<br><br>I created the inferred version in Protege 4.0.  But, I am getting errors when I try to load the inferred version in Protege 3.2.1, and ends up not opening in 3.2.1. <br><br>There are several terms that have part_of or has_part.  For example,  the class "nanoparticle characterization" (NPO_1413) has "has_part" relations to its sibling classes, but these are not showing up in the asserted version at BioPortal.  <br> <br>Thanks,<br><br>Dennis<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 3, 2010 at 9:46 AM, Trish Whetzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Hi Dennis and Nathan,<br> <br> Are you able to open the inferred version in Protege 3.4.4? What terms in the asserted version have the relationships part_of or has_part?<br><font color="#888888"> <br> Trish</font><div><div></div><div class="h5"><br> <br> <br> On May 3, 2010, at 7:30 AM, Nathan Baker wrote:<br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Hi Dennis --<br> <br> I'm not sure but will Cc Trish for her suggestions.<br> <br> Thanks,<br> <br> Nathan<br> <br> On Mon, May 3, 2010 at 9:23 AM, Dennis Thomas <<a href="mailto:dgthomas78@gmail.com" target="_blank">dgthomas78@gmail.com</a>> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Hi Nathan,<br> <br> I was just looking at the NPO on BioPortal.  It seems that the inferred NPO<br> is not showing up on the page.<br> However, I am able to view the asserted NPO.  But, in the asserted NPO, I am<br> not able to see term-to-term relationships (e.g., part_of, has_part, etc.)<br> which actually are present in the OWL file.<br> <br> I am thinking this could be a parsing problem and could be because we have<br> new OWL annotation properties added to support the use of NCI Protege<br> editor.<br> <br> Dennis<br> <br> <br> <br> On Sat, May 1, 2010 at 12:25 PM, Nathan Baker <<a href="mailto:baker@biochem.wustl.edu" target="_blank">baker@biochem.wustl.edu</a>><br> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> <br> Uploaded -- thanks!<br> <br> On Apr 30, 2010, at 10:25 PM, Dennis Thomas wrote:<br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Hi Nathan,<br> <br> I've attached the OWL files of the new NPO version (v. 2010-04-30) for<br> uploading into BioPortal.  The release notes are available at the project<br> website:  <a href="http://www.nano-ontology.org/documentation/version-release-notes" target="_blank">http://www.nano-ontology.org/documentation/version-release-notes</a> .<br> <br> Thank you,<br> Dennis<br> <br> --<br> Dennis G. Thomas, D. Sc.<br> Washington University in St. Louis<br> Phone (Office): 314-362-1938<br> <npo-04-30-2010_asserted.owl><npo-04-30-2010_inferred.owl><br> </blockquote> <br> --<br> Nathan Baker (<a href="http://www.nabgroup.org" target="_blank">http://www.nabgroup.org</a>)<br> Associate Professor, Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics<br> Director, Computational and Molecular Biophysics Graduate Program<br> Center for Computational Biology, Washington University in St. Louis<br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> </blockquote> <br> <br> <br> --<br> Dennis G. Thomas, D. Sc.<br> Washington University in St. Louis<br> Phone (Office): 314-362-1938<br> <br> </blockquote> <br> <br> <br> -- <br> Nathan Baker (<a href="http://www.nabgroup.org" target="_blank">http://www.nabgroup.org</a>)<br> Associate Professor, Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics<br> Director, Computational and Molecular Biophysics Graduate Program<br> Center for Computational Biology, Washington University in St. Louis<br> </blockquote> <br> </div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Dennis G. Thomas, D. Sc.<br>Washington University in St. Louis<br>Phone (Office): 314-362-1938<br></blockquote></div><br></body></html>