Thanks Trish. I will check this out and let you know if I have any questions or comments.<br><br>Dennis<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 14, 2010 at 12:49 AM, Trish Whetzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap: break-word;"><div>Hi Dennis, </div><div><br></div><div>I re-saved the only from Protege 4 as RDF/XML and was able to load the file into BioPortal. The ontology can now be visualized in BioPortal and results for the Resource Index can now be browsed in addition to being accessible directly from the Resource Index Web services. Note, the version of the ontology used to annotate the resources is 2010-01-29 (inferred).</div>
<div><br></div><font color="#888888"><div>Trish</div><div><br></div><br></font><div><div class="im"><div>On May 3, 2010, at 7:57 AM, Dennis Thomas wrote:</div><br></div><div><div></div><div class="h5"><blockquote type="cite">
Hi Trish,<br><br>I created the inferred version in Protege 4.0.  But, I am getting errors when I try to load the inferred version in Protege 3.2.1, and ends up not opening in 3.2.1. <br><br>There are several terms that have part_of or has_part.  For example,  the class "nanoparticle characterization" (NPO_1413) has "has_part" relations to its sibling classes, but these are not showing up in the asserted version at BioPortal.  <br>
 <br>Thanks,<br><br>Dennis<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 3, 2010 at 9:46 AM, Trish Whetzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:whetzel@stanford.edu" target="_blank">whetzel@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Hi Dennis and Nathan,<br> <br> Are you able to open the inferred version in Protege 3.4.4? What terms in the asserted version have the relationships part_of or has_part?<br>
<font color="#888888"> <br> Trish</font><div><div></div><div><br> <br> <br> On May 3, 2010, at 7:30 AM, Nathan Baker wrote:<br> <br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
 Hi Dennis --<br> <br> I'm not sure but will Cc Trish for her suggestions.<br> <br> Thanks,<br> <br> Nathan<br> <br> On Mon, May 3, 2010 at 9:23 AM, Dennis Thomas <<a href="mailto:dgthomas78@gmail.com" target="_blank">dgthomas78@gmail.com</a>> wrote:<br>
 <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Hi Nathan,<br> <br> I was just looking at the NPO on BioPortal.  It seems that the inferred NPO<br>
 is not showing up on the page.<br> However, I am able to view the asserted NPO.  But, in the asserted NPO, I am<br> not able to see term-to-term relationships (e.g., part_of, has_part, etc.)<br> which actually are present in the OWL file.<br>
 <br> I am thinking this could be a parsing problem and could be because we have<br> new OWL annotation properties added to support the use of NCI Protege<br> editor.<br> <br> Dennis<br> <br> <br> <br> On Sat, May 1, 2010 at 12:25 PM, Nathan Baker <<a href="mailto:baker@biochem.wustl.edu" target="_blank">baker@biochem.wustl.edu</a>><br>
 wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> <br> Uploaded -- thanks!<br> <br> On Apr 30, 2010, at 10:25 PM, Dennis Thomas wrote:<br>
 <br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"> Hi Nathan,<br> <br> I've attached the OWL files of the new NPO version (v. 2010-04-30) for<br>
 uploading into BioPortal.  The release notes are available at the project<br> website:  <a href="http://www.nano-ontology.org/documentation/version-release-notes" target="_blank">http://www.nano-ontology.org/documentation/version-release-notes</a> .<br>
 <br> Thank you,<br> Dennis<br> <br> --<br> Dennis G. Thomas, D. Sc.<br> Washington University in St. Louis<br> Phone (Office): 314-362-1938<br> <npo-04-30-2010_asserted.owl><npo-04-30-2010_inferred.owl><br> </blockquote>
 <br> --<br> Nathan Baker (<a href="http://www.nabgroup.org" target="_blank">http://www.nabgroup.org</a>)<br> Associate Professor, Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics<br> Director, Computational and Molecular Biophysics Graduate Program<br>
 Center for Computational Biology, Washington University in St. Louis<br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> <br> </blockquote> <br> <br> <br> --<br> Dennis G. Thomas, D. Sc.<br> Washington University in St. Louis<br>
 Phone (Office): 314-362-1938<br> <br> </blockquote> <br> <br> <br> -- <br> Nathan Baker (<a href="http://www.nabgroup.org" target="_blank">http://www.nabgroup.org</a>)<br> Associate Professor, Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics<br>
 Director, Computational and Molecular Biophysics Graduate Program<br> Center for Computational Biology, Washington University in St. Louis<br> </blockquote> <br> </div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>
Dennis G. Thomas, D. Sc.<br>Washington University in St. Louis<br>Phone (Office): 314-362-1938<br></blockquote></div></div></div><br></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Dennis G. Thomas, D. Sc.<br>Washington University in St. Louis<br>
Phone (Office): 314-362-1938<br>