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<body lang=EN-US link=blue vlink=purple style='word-wrap: break-word;
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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Hi Trish –<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>That’s great news; thanks a lot!<br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>-- Nathan<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Trish Whetzel
[mailto:whetzel@stanford.edu] <br>
<b>Sent:</b> Friday, May 14, 2010 2:49 AM<br>
<b>To:</b> Dennis Thomas<br>
<b>Cc:</b> Nathan Baker; support<br>
<b>Subject:</b> Re: NPO v. 2010-04-30 for release<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>Hi Dennis, <o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>I re-saved the only from Protege 4 as RDF/XML and was able
to load the file into BioPortal. The ontology can now be visualized in
BioPortal and results for the Resource Index can now be browsed in addition to
being accessible directly from the Resource Index Web services. Note, the
version of the ontology used to annotate the resources is 2010-01-29
(inferred).<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal>Trish<o:p></o:p></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal>On May 3, 2010, at 7:57 AM, Dennis Thomas wrote:<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Hi Trish,<br>
<br>
I created the inferred version in Protege 4.0.  But, I am getting errors
when I try to load the inferred version in Protege 3.2.1, and ends up not
opening in 3.2.1. <br>
<br>
There are several terms that have part_of or has_part.  For example, 
the class "nanoparticle characterization" (NPO_1413) has
"has_part" relations to its sibling classes, but these are not
showing up in the asserted version at BioPortal.  <br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Dennis<o:p></o:p></p>

<div>

<p class=MsoNormal>On Mon, May 3, 2010 at 9:46 AM, Trish Whetzel <<a
href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi Dennis and Nathan,<br>
<br>
Are you able to open the inferred version in Protege 3.4.4? What terms in the
asserted version have the relationships part_of or has_part?<br>
<span style='color:#888888'><br>
Trish</span><o:p></o:p></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>
<br>
<br>
On May 3, 2010, at 7:30 AM, Nathan Baker wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi Dennis --<br>
<br>
I'm not sure but will Cc Trish for her suggestions.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Nathan<br>
<br>
On Mon, May 3, 2010 at 9:23 AM, Dennis Thomas <<a
href="mailto:dgthomas78@gmail.com" target="_blank">dgthomas78@gmail.com</a>>
wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi Nathan,<br>
<br>
I was just looking at the NPO on BioPortal.  It seems that the inferred
NPO<br>
is not showing up on the page.<br>
However, I am able to view the asserted NPO.  But, in the asserted NPO, I
am<br>
not able to see term-to-term relationships (e.g., part_of, has_part, etc.)<br>
which actually are present in the OWL file.<br>
<br>
I am thinking this could be a parsing problem and could be because we have<br>
new OWL annotation properties added to support the use of NCI Protege<br>
editor.<br>
<br>
Dennis<br>
<br>
<br>
<br>
On Sat, May 1, 2010 at 12:25 PM, Nathan Baker <<a
href="mailto:baker@biochem.wustl.edu" target="_blank">baker@biochem.wustl.edu</a>><br>
wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>
Uploaded -- thanks!<br>
<br>
On Apr 30, 2010, at 10:25 PM, Dennis Thomas wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Hi Nathan,<br>
<br>
I've attached the OWL files of the new NPO version (v. 2010-04-30) for<br>
uploading into BioPortal.  The release notes are available at the project<br>
website:  <a
href="http://www.nano-ontology.org/documentation/version-release-notes"
target="_blank">http://www.nano-ontology.org/documentation/version-release-notes</a>
.<br>
<br>
Thank you,<br>
Dennis<br>
<br>
--<br>
Dennis G. Thomas, D. Sc.<br>
Washington University in St. Louis<br>
Phone (Office): 314-362-1938<br>
<npo-04-30-2010_asserted.owl><npo-04-30-2010_inferred.owl><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>
--<br>
Nathan Baker (<a href="http://www.nabgroup.org" target="_blank">http://www.nabgroup.org</a>)<br>
Associate Professor, Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics<br>
Director, Computational and Molecular Biophysics Graduate Program<br>
Center for Computational Biology, Washington University in St. Louis<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>
<br>
<br>
--<br>
Dennis G. Thomas, D. Sc.<br>
Washington University in St. Louis<br>
Phone (Office): 314-362-1938<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><br>
<br>
<br>
-- <br>
Nathan Baker (<a href="http://www.nabgroup.org" target="_blank">http://www.nabgroup.org</a>)<br>
Associate Professor, Dept. of Biochemistry and Molecular Biophysics<br>
Director, Computational and Molecular Biophysics Graduate Program<br>
Center for Computational Biology, Washington University in St. Louis<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><br>
<br clear=all>
<br>
-- <br>
Dennis G. Thomas, D. Sc.<br>
Washington University in St. Louis<br>
Phone (Office): 314-362-1938<o:p></o:p></p>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p>

</div>

</div>

</body>

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