<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Lena,<br>
    <br>
    Just FYI, the json service is not intended for use outside of the
    context of the widgets. It essentially wraps the RESTful search
    service provided by BioPortal, which is intended for use by clients.
    The fix that Trish mentioned will apply to the search service as
    well (but it does sound like you will want the term service that
    outputs RDF, which is coming).<br>
    <br>
    More info on the search service is available here:<br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/BioPortal_REST_services#Search_services">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/BioPortal_REST_services#Search_services</a><br>
    <br>
    Paul Alexander<br>
    Web / UI Developer<br>
    NCBO BioPortal<br>
    <br>
    On 5/18/10 9:02 AM, Helena Deus wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTinUnP4Fq7QtR9s-V0WLQP-6_4COD8zvcGn4iuy7@mail.gmail.com"
      type="cite">Hello,
      <div><br>
      </div>
      <div>When trying to obtain a full URI for certain terms using the
        ontology widgets, I came acrros many terms that do not have a
        full ID in the format of a URI. For example, the term "MRSA", in
        ontology id 40397 (concept id is T4539). I have been trying to
        discover, using the same json service that bioportal widgets use
        (ex: <a moz-do-not-send="true"
href="http://bioportal.bioontology.org/search/json_search/?q=T4539&response=json&callback=jsondata">http://bioportal.bioontology.org/search/json_search/?q=T4539&response=json&callback=jsondata</a>),
        but even there no full ID in the format of a URI exists.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Alternativelly, I tried to get the full URI using the
        "concepts" REST service (<a moz-do-not-send="true"
          href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40397/T4539">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40397/T4539</a>),
        but this leads me to a list of terms formatted as XML. Ideally,
        to be SPARQL compatible, I would meed this URI (or the full UID
        within it) to return data in RDF format, is it possible? Maybe
        with a small addition of syntax this could be achieved (ex: <a
          moz-do-not-send="true"
href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40397/T4539?format=rdf">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/40397/T4539?format=rdf</a>)
        ?? I may be missing something but was unable to find in the
        documentation how to obtain the necessary RDF representation to
        integrate in SPARQL queries.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks</div>
      <div>Lena</div>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
bioontology-support mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a>
</pre>
    </blockquote>
  </body>
</html>