<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Joey, </div><div><br></div><div>I confirmed with Nigam that relations other than is_a are no longer returned from the closure. This change was implemented due to errors that occur when the closure was conflated with relations other than the is_a relations.  Since the closure was intended to only include is_a, can you expand on the need for including part_of?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Trish</div><div><br></div><div>PS - feel free to call if you prefer to discuss via phone</div><div><br></div><br><div><div>On Aug 4, 2010, at 12:50 PM, Joey Geiger wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><br>On Aug 4, 2010, at 2:08 PM, Trish Whetzel wrote:<br><br><blockquote type="cite">Hi Joey,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Is there a specific change with an is_a closure that you are getting?<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Trish<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><br><br>Based on previous runs, I have "adult mouse" as a closure annotation in my system.<br><br>When i look at this term in the visualized version of the ontology, it isn't part of any "is_a" connections. It seems that at one point there was a difference that let that term be considered an "is_a" closure for something.<br><br>adult mouse<br><a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/42571/?conceptid=MA%3A0000026#visualization">http://bioportal.bioontology.org/visualize/42571/?conceptid=MA%3A0000026#visualization</a><br><br>anatomic region<br>http://bioportal.bioontology.org/visualize/42571/?conceptid=MA%3A0002433#visualization<br><br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>Trish Whetzel, PhD</div><div>Outreach Coordinator</div><div>The National Center for Biomedical Ontology</div><div>Ph: 650-721-2378</div><div><a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a></div><div><a href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a></div><div><br></div><div> </div></div></div></span> </div><br></body></html>