<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>The "Mapped to Heading" field in MeSH is represented by the tag "HM". This information is returned from the Term web service [1] for atorvastatin:  </div><div><relations></div><div>...</div><div><div><entry></div><div><string>HM</string></div><div>−</div><div><list></div><div><string>D011758</string></div><div><string>D006538</string></div><div></list></div><div></entry></div><div><br></div><div>I believe that "atorvastatin" is a Supplementary Concept Record (SCR) in MeSH and that the SCRs are a separate thesaurus from MeSH. </div><div> </div><div>Trish </div></div><div><br></div><br><div><div>On Oct 1, 2010, at 10:42 AM, Eugene wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div class="WordSection1"><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Trish,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Use the MeSH browser to search that term. The following page will show:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi</a><o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">The page says that it should map to<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><a href="http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi?mode=&term=Heptanoic+Acids" style="color: blue; text-decoration: underline; ">Heptanoic Acids</a><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><a href="http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi?mode=&term=Pyrroles" style="color: blue; text-decoration: underline; ">Pyrroles</a><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">But BioPortal doesn’t map. It becomes floating.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Eugene<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div><div style="border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding-top: 3pt; padding-right: 0in; padding-bottom: 0in; padding-left: 0in; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; "><span class="Apple-converted-space"> </span>Trish Whetzel [mailto:whetzel@stanford.edu]<span class="Apple-converted-space"> </span><br><b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Friday, October 01, 2010 10:14 AM<br><b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Eugene<br><b>Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] extract "description" in Bio Portal<o:p></o:p></span></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Dear Eugene, <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Can you provide more details on how you are getting the term "atorvastatin"?  For example, are you using the Get all terms web service, e.g.<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/ontology/1351/all?&pagesize=50&pagenum=1&email=example@example.org?" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/ontology/1351/all?&pagesize=50&pagenum=1&email=example@example.org?</a><span class="Apple-converted-space"> </span> The output of the Get all terms web service and the Term web service for atorvastin, e .g. <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/ontology/1351/C065179?email=example@example.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/ontology/1351/C065179?email=example@example.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span> indicate that this term does not have any children terms [1].  <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">Trish <o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">[1]<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><relations><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">...<o:p></o:p></div></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><entry><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><string>ChildCount</string><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><int>0</int><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "></entry><o:p></o:p></div></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">On Sep 22, 2010, at 2:17 PM, Eugene wrote:<o:p></o:p></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><br><br><o:p></o:p></div><div><div><div><div><div><div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Dear Sir or Madam,</span><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); ">One<span class="apple-converted-space"> </span>issue is some terms are floating, meaning the term has no parent. For example,<span class="apple-converted-space"> </span></span>atorvastatin<span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></span><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); ">has no parent --<a href="http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi" target="_blank" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi</a>.</span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); ">Currently, we use the url to download --<span class="apple-converted-space"> </span></span><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(42, 0, 255); "><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/ontology/%3conto" target="_blank" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://rest.bioontology.org/bioportal/virtual/ontology/<onto</a></span><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(31, 73, 125); ">logy</span><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(42, 0, 255); ">id>/<id><a href="mailto:?email=example@example.org" target="_blank" style="color: blue; text-decoration: underline; ">?email=example@example.org</a>.</span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(42, 0, 255); "> </span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(42, 0, 255); ">However, that URL requires the ID. But if a term has no parent, we don’t know what the id of the term is without first knowing its parent ID. On the other hands, we don’t know the name of the floating term. If we know, we can query by term to get the rest of info. But we don’t know the name of the term.</span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(42, 0, 255); "> </span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(42, 0, 255); ">Do you have idea how we can handle the case? We compared two MeSH versions which were all downloaded through BioPortal API, there are 5 times of size difference. In current version,</span>atorvastatin has no parent, so all its children cannot be found.<o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; color: rgb(42, 0, 255); "> </span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); ">Thanks</span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); ">Eugene</span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div></div></div></div></div><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "> <o:p></o:p></div></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: blue; text-decoration: underline; ">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: blue; text-decoration: underline; ">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><o:p> </o:p></div></div></div></blockquote></div><br></body></html>