<html dir="ltr"><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta content="MSHTML 6.00.2900.6036" name="GENERATOR">
<style title="owaParaStyle"><!--P {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px
}
--></style>
</head>
<body ocsi="x">
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2">Nigam,</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2">Your screen shot shows the children of "carcinoma, experimental". But the context information for that screen shot is probably under "disease" branch. Certainly, in that disease branch, BioPortal is matched with UMLS.
 However, if we look at the children of "carcinoma, experimental" under "analytical .. technique" branch in UMLS, we find that BioPortal is not matched with UMLS.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">Enclosed is the screen shot that I have captured from UMLS. The screen shot explains what I said above. Context 1 is for "analytical.. technique" branch. Context 2 is for disease branch. The children of "carcinoma,
 experimental" are different under different context.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">The screen shots attached in my previous email were captured from BioPortal (1st screen shot) and MeSH portal (2nd screen shot). Both were under "Analytical... technique" root concept, but the children of  "carcinoma,
 experimental" are different between BipoPortal and MeSH portal.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">Eugene</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div id="divRpF632934" style="DIRECTION: ltr">
<hr tabindex="-1">
<font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> Nigam Shah [nigam@stanford.edu]<br>
<b>Sent:</b> Friday, October 15, 2010 9:58 PM<br>
<b>To:</b> Eugene<br>
<b>Cc:</b> support@bioontology.org<br>
<b>Subject:</b> Re: inconsistent issues between BioPortal and MeSH<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>Hi Eugene,
<div><br>
</div>
<div>UMLS has the relations exactly the same way we have them. See attached screen shot from UMLSKS as of tonight. Where is the screenshot you provided from? Natasha and I will discuss this further Monday, but right now, we show exactly what the UMLSKS is showing. </div>
<div><br>
</div>
<div>--Nigam.<br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Oct 15, 2010 at 11:44 AM, Eugene <span dir="ltr">
<<a href="mailto:eugene@nextbio.com">eugene@nextbio.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div lang="EN-US">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">Dear Sir or Madam,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">Yesterday I have posted an inconsistency issue. Today we just found another similar issue described in the following after we download the ontology from BioPortal. There is inconsistency between
</span><span style="COLOR: #1f497d">BioPortal</span><span style="COLOR: #1f497d"> and official MeSH and UMLS portal</span><span style="COLOR: #1f497d">.
</span><span style="COLOR: #1f497d"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">In the following, those circled terms are diseases, but they are put under Technique/Procedure ontology.
</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"><img height="402" src="cid:image003.png@01CB6C5C.8E65FA30" width="670"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">I have checked MeSH and UMLS portals. The actual children of “Nepolasms, Experimental” is shown in the following:</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"><img height="357" src="cid:image002.png@01CB6C5B.AA395960" width="913"></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">Could you evaluate and fix if that’s a bug?</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">Please let us know what you want to do for this issue and yesterday’s (I posted similar issue yesterday).</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">Thanks</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d">Eugene</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="COLOR: #1f497d"></span> </p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</body>
</html>