Hi Eugene,<div><br></div><div>The context information is in the MRHIER tables from UMLS sources. We currently compute our hierarchy only from the MRREL tables (by a recursive 'get parent' call). MRREL does not distinguish b/w parent/child relationships based on context. (You can verify in UMLSKS by seeing the "Raw view" and then the mrhier and mrrel data). So for a term such as "Carcinoma, Ehrlich Tumor" you get a parent term <span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">"Neoplasms, Experimental', which has two parents</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; "><br></span></div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse; ">- Disease Model, Animal<br>
- Neoplasms</span><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">.. both of which get assigned as grand-parents of "Carcinoma, Ehrlich Tumor", causing it to show up under Disease Model, Animal. </span></font>We'll get back to you with a plan on how to handle this issue of differing parent nodes based on "context". My guesstimate is that this issue affects a small number of paths and would be localized to MeSH.<div>
<br></div><div>Regards,</div><div>Nigam.<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 15, 2010 at 10:15 PM, Eugene <span dir="ltr"><<a href="mailto:eugene@nextbio.com">eugene@nextbio.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">





<div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2">Nigam,</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2">Your screen shot shows the children of "carcinoma, experimental". But the context information for that screen shot is probably under "disease" branch. Certainly, in that disease branch, BioPortal is matched with UMLS.
 However, if we look at the children of "carcinoma, experimental" under "analytical .. technique" branch in UMLS, we find that BioPortal is not matched with UMLS.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">Enclosed is the screen shot that I have captured from UMLS. The screen shot explains what I said above. Context 1 is for "analytical.. technique" branch. Context 2 is for disease branch. The children of "carcinoma,
 experimental" are different under different context.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">The screen shots attached in my previous email were captured from BioPortal (1st screen shot) and MeSH portal (2nd screen shot). Both were under "Analytical... technique" root concept, but the children of  "carcinoma,
 experimental" are different between BipoPortal and MeSH portal.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2">Eugene</font></div>
<div dir="ltr"><font face="tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div>
<div style="direction:ltr">
<hr>
<font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> Nigam Shah [<a href="mailto:nigam@stanford.edu" target="_blank">nigam@stanford.edu</a>]<br>
<b>Sent:</b> Friday, October 15, 2010 9:58 PM<div class="im"><br>
<b>To:</b> Eugene<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a><br>
</div><b>Subject:</b> Re: inconsistent issues between BioPortal and MeSH<br>
</font><br>
</div><div><div></div><div class="h5">
<div></div>
<div>Hi Eugene,
<div><br>
</div>
<div>UMLS has the relations exactly the same way we have them. See attached screen shot from UMLSKS as of tonight. Where is the screenshot you provided from? Natasha and I will discuss this further Monday, but right now, we show exactly what the UMLSKS is showing. </div>

<div><br>
</div>
<div>--Nigam.</div></div></div></div></div></blockquote></div></div></div>