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</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body bgcolor=white lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Nope, I just deleted all files, unzipped the tar file (using 7-zip), and re-ran the tool but got the same error. I am downloading the tar file again just in case it's related to download.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I attached my manifest and ovf file in case it helps to troubleshoot<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Paul R Alexander [mailto:palexander@stanford.edu] <br><b>Sent:</b> Wednesday, December 01, 2010 4:34 PM<br><b>To:</b> Madani,Sina<br><b>Cc:</b> support@bioontology.org<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] FW: BioPortal VM Image - access information<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Did you alter the ncbo-appliance.ovf file at all? This would result in the hash not matching what is in the manifest (a security precaution). You could try decompressing the archive from scratch to make sure nothing was modified.<br><br>Paul<br><br><br>On 12/1/10 2:31 PM, Madani,Sina wrote: <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Hi Paul,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>I wasn't running ovftool in the unzip directory. So I copied all the unzipped appliance zipped file in the ovf tool program folder and ran it again. This time I got below error. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>The second screenshot shows ovf tool directory with all 3 disk images, their sizes and the manifest file content. Is it an indication of a bad download? </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Thanks for the help</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Sina</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img width=951 height=81 id="Picture_x0020_4" src="cid:image001.png@01CB9176.70D448C0"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img width=714 height=654 id="Picture_x0020_11" src="cid:image002.jpg@01CB9176.70D448C0"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color -moz-use-text-color'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Paul R Alexander [<a href="mailto:palexander@stanford.edu">mailto:palexander@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, December 01, 2010 4:17 PM<br><b>To:</b> Madani,Sina<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] FW: BioPortal VM Image - access information</span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Sina,<br><br>The OVF file won't open directly in the VMWare Player (as you discovered) so the recommended route is to convert, just as you tried to do. I'm wondering if you can see the file (ncbo-appliance-disk3.vmx) in the same directory that you're running the ovftool? Also, there should be a manifest file (ncbo-appliance.mf) and it looks like that is missing too. You need to run ovftool in the same directory as all of the files that were in the archive that you downloaded.<br><br>Paul R Alexander<br>Web / UI Developer<br><a href="http://bioportal.bioontology.org">NCBO BioPortal</a><br>Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br><br><br>On 12/1/10 1:08 PM, Madani,Sina wrote: <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Hi Trish, </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>I downloaded and unzipped the appliance file. I tried to open the ncbo-appliance ovf file using vmware player but got the error shown below. Then I tried converting it into a vmx file using ovf tool but got error again (last screenshot). Any hint? </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Thanks</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Sina</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=649 height=363 id="Picture_x0020_1" src="cid:image003.jpg@01CB9176.70D448C0"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=500 height=120 id="Picture_x0020_2" src="cid:image004.png@01CB9176.70D448C0"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=880 height=115 id="Picture_x0020_3" src="cid:image005.png@01CB9176.70D448C0"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Tuesday, November 23, 2010 4:00 PM<br><b>To:</b> Madani,Sina<br><b>Subject:</b> BioPortal VM Image - access information </span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>Thank you for providing the user metrics information. T<span class=apple-style-span><span style='font-size:11.5pt'>he VM image can be downloaded from:  </span></span><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:11.5pt'><a href="http://www.bioontology.org/ncbo-appliance/ncbo-appliance-v0.1.tar">http://www.bioontology.org/ncbo-appliance/ncbo-appliance-v0.1.tar</a>  </span></span><span style='font-size:11.5pt'><br><span class=apple-style-span>and the documentation is at:</span><br><span class=apple-style-span><a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Category:NCBO_Virtual_Appliance">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Category:NCBO_Virtual_Appliance</a></span><br><span class=apple-style-span>If you have any questions with the installation, please email <a href="x-msg://7/support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>. </span><br><span class=apple-style-span> </span></span><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:11.5pt'>Trish  </span></span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Nov 22, 2010, at 12:22 PM, Madani,Sina wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><br><br><br><br><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi Trish,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>We previously tested MetaMap for analyzing our dictated notes but when Nigam presented his talk about Mgrep and the fact that it can process text files more accurately we decided to launch a local version of it because we didn't want to send our patient dictation files over the net to Bioportal text analysis services.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>The intended user at this moment is only I &  possibly Mike Riben. I anticipate to run the instance for text processing of at least 5 million clinical dictated notes.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>]<span class=apple-converted-space> </span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Monday, November 22, 2010 1:59 PM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>Madani,Sina<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space> </span>Ray Fergerson<br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>Re: AMIA workshop</span><o:p></o:p></p></div></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>Hi Sina, <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>The support forum that Ray mentioned is our mailing list:<span class=apple-converted-space> </span><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>.  Can you provide a short description on how you plan to use the VM image and the expected number of users? We are collecting additional user metrics in response to queries from our Advisory Board.<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Thanks!<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Trish <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal>On Nov 22, 2010, at 6:25 AM, Madani,Sina wrote:<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal><br><br><br><br><br><o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Thank you Ray.</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>What is the url for support forum?</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>]<span class=apple-converted-space> </span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Friday, November 19, 2010 4:16 PM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>'Nigam Shah'; Madani,Sina<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space> </span>'Trish Whetzel'<br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>RE: AMIA workshop</span><o:p></o:p></p></div></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina,</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Happy to hear you are interested in the VM instance. Trish (copied) is responsible for collecting the necessary information and providing you with the link. She also monitors the support mailing list where you should send any help requests.</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Nigam Shah [<a href="mailto:nigam@stanford.edu">mailto:nigam@stanford.edu</a>]<span class=apple-converted-space> </span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Friday, November 19, 2010 10:15 AM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>Madani,Sina<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space> </span>Ray Fergerson;<span class=apple-converted-space> </span><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>Re: AMIA workshop</span><o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Hi Sina,<o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>It was good to meet you as well. I am copying Ray Fergerson, our project manager, who can direct you to getting a VM instance. <o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>Regards,<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>Nigam.<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>ps: I will be leaving for a month long trip to my home country, from Nov 26 - Dec 29 so might be unresponsive on email.<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>On Fri, Nov 19, 2010 at 6:48 AM, Madani,Sina <<a href="mailto:AHMadani@mdanderson.org" target="_blank">AHMadani@mdanderson.org</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><div><p class=MsoNormal>Hi Nigam,<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>It was very nice meeting you at AMIA. I really enjoyed your workshop presentation. We talked briefly about the possibility of a VM instance that Bioportal can provide for our institution note analysis purposes. I appreciate your help on this.<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Thanks<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Sina<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>Sina Madani, MD MS</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>Data Integration & Modeling</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>MD Anderson Cancer Center</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>Phone : 713-563-1803</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>Trish Whetzel, PhD</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>Outreach Coordinator</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>The National Center for Biomedical Ontology</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>Ph: 650-721-2378</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'><a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a></span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'><a href="http://www.bioontology.org/">http://www.bioontology.org</a></span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div></div></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre><pre>bioontology-support mailing list<o:p></o:p></pre><pre><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><o:p></o:p></pre><pre><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></pre></div></body></html>