Hello Trish,<br>     Please do allow searching and display of the obsolete terms. <br><br>Lynn<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 16, 2010 at 9:58 PM, Trish Whetzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div style=""><div>Hi Lynn, </div><div><br></div><div>Since DOID:9998 is an obsolete term and since OBO format ontologies do not include a parent node for obsolete terms, the obsolete terms are not displayed in the tree hierarchy view for OBO format ontologies. However obsolete terms can be accessed from the BioPortal Web services, including the Search web service and therefore details about the term can still be accessed. We plan to modify how obsolete terms are handled. What is your preference as to whether obsolete terms should be displayed in the search results and/or displayed in the tree hierarchy for terms from the Human disease ontology?</div>
<div><br></div><div>BioPortal loads new ontology versions daily. However, there appears to be a bug in pulling the most recent versions of the Human disease ontology the last few days.  I have reported this bug and loaded the Nov. 16 release of the Human disease ontology into BioPortal in the meantime. </div>
<div><br></div><div>Best regards, </div><div>Trish </div><div><div></div><div class="h5"><div><br></div><br><div><div>On Nov 16, 2010, at 11:40 AM, Lynn Schriml wrote:</div><br><blockquote type="cite">Hello Trish,<br>   Warren had noticed that an obsoleted term was the parent of the tree<br>
DOID 9998. <br><br>Are you also seeing this problem ? <br><br>Also: what is your cycle for updates, for the file ? <br><br>Would it be possible to update the file to the most recent DO file ? <br>
<br>Thank you Trish,<br>Lynn<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 16, 2010 at 2:16 PM, Trish Whetzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:whetzel@stanford.edu" target="_blank">whetzel@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div>Hi Lynn,<div><br></div><div>The last two versions of the Human Disease ontology with release dates listed for 11/04 and 11/05 are able to be browsed. Is there a specific problem that you have encountered?</div>


<div><br></div><font color="#888888"><div>Trish</div></font><div><div></div><div><div><br><div><div><br></div><div><br></div><blockquote type="cite"><div class="gmail_quote">Hello Trish,<br>    We just noticed that the file is having a problem,<br>


   with everything is under ID 9998<br><br>The date on the file is November 2nd.<br><br>Have you had any problems loading more recent files ? <br>
<br>
Thank you,<br><font color="#888888">Lynn<br><br></font><div class="gmail_quote"><div>On Thu, Nov 4, 2010 at 5:34 PM, Trish Whetzel <span dir="ltr"><<a href="mailto:plwhetzel@gmail.com" target="_blank">plwhetzel@gmail.com</a>></span> wrote:<br>



</div><div><div></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Lynn, <br><br>Are you moving to developing the Disease Ontology in OWL? Either format will be fine for BioPortal, however we'll need to update the format metadata if changing to OWL.<br><font color="#888888"><br>Trish</font><div>




<div></div><div><br><br><br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Nov 4, 2010 at 1:26 PM, Lynn Schriml <span dir="ltr"><<a href="mailto:lynn.schriml@gmail.com" target="_blank">lynn.schriml@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">





Hello Bjoern,<br>     we did have a problem with the file yesterday, it has been updated in SF, the OBO foundry file no longer has the parsing problem,<br><span></span><h3><a href="http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=7&sqi=2&ved=0CDsQFjAG&url=http%3A%2F%2Fieeexplore.ieee.org%2Fiel5%2F5312461%2F5332407%2F05333961.pdf%3Farnumber%3D5333961&rct=j&q=cytoscape%20social%20network&ei=Pw_TTIGGJsqr8Aad_PU_&usg=AFQjCNFHwfJWrMec7P0lmUsM0Cq1aYdbRg&sig2=9TycRz55Dp3krEMUrXSRJQ&cad=rja" target="_blank"><i>http://www.berkeleybop.org/ontologies/owl/DOID</i><i></i></a></h3>







The new file should be available at bioportal tomorrow, I would think.<br><br>Please also note, in our SF directory, we now have a logical definition file and a file with no xrefs.<br><br>Best,<br><font color="#888888">Lynn</font><div>





<div></div><div><br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Nov 4, 2010 at 2:41 PM, Bjoern Peters <span dir="ltr"><<a href="mailto:bpeters@liai.org" target="_blank">bpeters@liai.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">







<div><div style="font-family: Times New Roman; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">... seems broken (shows parsing error for the last two releases). Using one of the older releases unfortunately means the 'jump to' navigation doesn't work, so right now we are stuck. Can you please help? <br>







<br>Thanks, <br><br>Bjoern<br><span><br>-- <br><font color="#888888"><span name="x"></span>Bjoern Peters<br>Assistant Member<br>La Jolla Institute for Allergy and Immunology<br>9420 Athena Circle<br>La Jolla, CA 92037, USA<br>







Tel: 858/752-6914<br>Fax: 858/752-6987<br><a href="http://www.liai.org/pages/faculty-peters" target="_blank">http://www.liai.org/pages/faculty-peters</a><span name="x"></span><br></font></span></div></div></blockquote></div>







<br>
</div></div></blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div></div></div><br>
</div><br>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br>
</blockquote></div><br></div></div><div class="im"><div>
<span style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div>
<div>Trish Whetzel, PhD</div><div>Outreach Coordinator</div><div>The National Center for Biomedical Ontology</div><div>Ph: 650-721-2378</div><div><a href="mailto:whetzel@stanford.edu" target="_blank">whetzel@stanford.edu</a></div>
<div><a href="http://www.bioontology.org" target="_blank">http://www.bioontology.org</a></div><div><br></div><div> </div></div></span>
</div>
<br></div></div></blockquote></div><br>