<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:x="urn:schemas-microsoft-com:office:excel" xmlns:p="urn:schemas-microsoft-com:office:powerpoint" xmlns:a="urn:schemas-microsoft-com:office:access" xmlns:dt="uuid:C2F41010-65B3-11d1-A29F-00AA00C14882" xmlns:s="uuid:BDC6E3F0-6DA3-11d1-A2A3-00AA00C14882" xmlns:rs="urn:schemas-microsoft-com:rowset" xmlns:z="#RowsetSchema" xmlns:b="urn:schemas-microsoft-com:office:publisher" xmlns:ss="urn:schemas-microsoft-com:office:spreadsheet" xmlns:c="urn:schemas-microsoft-com:office:component:spreadsheet" xmlns:odc="urn:schemas-microsoft-com:office:odc" xmlns:oa="urn:schemas-microsoft-com:office:activation" xmlns:html="http://www.w3.org/TR/REC-html40" xmlns:q="http://schemas.xmlsoap.org/soap/envelope/" xmlns:rtc="http://microsoft.com/officenet/conferencing" xmlns:D="DAV:" xmlns:Repl="http://schemas.microsoft.com/repl/" xmlns:mt="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/meetings/" xmlns:x2="http://schemas.microsoft.com/office/excel/2003/xml" xmlns:ppda="http://www.passport.com/NameSpace.xsd" xmlns:ois="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/ois/" xmlns:dir="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/directory/" xmlns:ds="http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#" xmlns:dsp="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/dsp" xmlns:udc="http://schemas.microsoft.com/data/udc" xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:sub="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/2002/1/alerts/" xmlns:ec="http://www.w3.org/2001/04/xmlenc#" xmlns:sp="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/" xmlns:sps="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:udcs="http://schemas.microsoft.com/data/udc/soap" xmlns:udcxf="http://schemas.microsoft.com/data/udc/xmlfile" xmlns:udcp2p="http://schemas.microsoft.com/data/udc/parttopart" xmlns:wf="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/workflow/" xmlns:dsss="http://schemas.microsoft.com/office/2006/digsig-setup" xmlns:dssi="http://schemas.microsoft.com/office/2006/digsig" xmlns:mdssi="http://schemas.openxmlformats.org/package/2006/digital-signature" xmlns:mver="http://schemas.openxmlformats.org/markup-compatibility/2006" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns:mrels="http://schemas.openxmlformats.org/package/2006/relationships" xmlns:spwp="http://microsoft.com/sharepoint/webpartpages" xmlns:ex12t="http://schemas.microsoft.com/exchange/services/2006/types" xmlns:ex12m="http://schemas.microsoft.com/exchange/services/2006/messages" xmlns:pptsl="http://schemas.microsoft.com/sharepoint/soap/SlideLibrary/" xmlns:spsl="http://microsoft.com/webservices/SharePointPortalServer/PublishedLinksService" xmlns:Z="urn:schemas-microsoft-com:" xmlns:st="" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";
        color:black;}
span.HTMLPreformattedChar
        {mso-style-name:"HTML Preformatted Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted";
        font-family:Consolas;
        color:black;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.apple-style-span
        {mso-style-name:apple-style-span;}
span.apple-converted-space
        {mso-style-name:apple-converted-space;}
span.EmailStyle23
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle24
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle25
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle26
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle27
        {mso-style-type:personal;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.EmailStyle28
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="4098" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body bgcolor=white lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>please ignore my question on "admin" page and page error. I figure out that the admin page is running under a different port, 8080"http://10.106.131.151:8080/bioportal_admin/", actually a separate war file. Perhaps the instruction on the wiki page needs updating :) <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I am now stuck on how to parse the requested ontologies,  what is this "Ontology Version Ids" refer to? I tried both version and ontology id but didn't work<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Thanks<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><img width=735 height=371 id="Picture_x0020_15" src="cid:image008.png@01CB92D8.88EFCFC0"></span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Madani,Sina <br><b>Sent:</b> Thursday, December 02, 2010 10:57 AM<br><b>To:</b> 'Paul R Alexander'<br><b>Cc:</b> 'support@bioontology.org'<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] FW: BioPortal VM Image - access information<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I forgot to ask whether "waiting to parse" means it's waiting for admin to trigger the parse or it will do it automatically. It's more than 2 hours that it shows this message<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>If the former is true, bioportal_admin page does not bring any page for manual start of parsing. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><img width=681 height=82 id="Picture_x0020_7" src="cid:image001.png@01CB92D7.EFB28870"><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Thanks<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Madani,Sina <br><b>Sent:</b> Thursday, December 02, 2010 9:12 AM<br><b>To:</b> 'Paul R Alexander'<br><b>Cc:</b> support@bioontology.org<br><b>Subject:</b> RE: [bioontology-support] FW: BioPortal VM Image - access information<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Thanks! changing the hash worked. The instance is running in VMPlayer in Windows 7 environment. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I have some questions for you:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>For RRF format terminologies, which RRF file I should use for upload (MRSAB, MRCONSO, or all of them)? For ICD9 below I just chose one and waiting for an error to happen.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>How can I monitor the process except the fact that when it's loaded I get a status change.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>How can I setup annotation services in admin GUI, if there is any, to process batch text file with no 300 words limit?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>How can I delete a terminology? <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Is the OWL loader a general owl loader that you wrote or you are using the owl loader that ships with LexEVS? I've heard that lexEVS owl loader is customized toward loading NCI Thesaurus OWL file and may not work on custom/local created OWL file that have restrictions within classes.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I tried using annotator user group to get my answers but it seems the group is not activated yet<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Thanks again for your help. This is really great. We are using LexEVS 5.1.4 with NCIT Browser for loading and visualizing our internal/external terminologies but I found your interface much user friendly. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><img width=1324 height=569 id="Picture_x0020_6" src="cid:image002.jpg@01CB92D7.EFB28870"><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Paul R Alexander [mailto:palexander@stanford.edu] <br><b>Sent:</b> Wednesday, December 01, 2010 5:30 PM<br><b>To:</b> Madani,Sina<br><b>Cc:</b> support@bioontology.org<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] FW: BioPortal VM Image - access information<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Sina,<br><br>The ncbo-appliance.ovf file does indeed have a different SHA1 hash than what is listed in the manifest. I'm not sure how this could be, but we haven't tested this on Windows so perhaps that is the cause.<br><br>Could you try replacing something in the manifest file for me? I've generated a new SHA1 hash based on the file you sent me, so switch:<br>SHA1(ncbo-appliance.ovf)= 63ff730146c82b6ad680e92e523b8c8d38bf298c<br>to<br>SHA1(ncbo-appliance.ovf)= db622f8777c9b0a0c458d78565baf5900f091fdc<br><br>And then run the utility again.<br><br>Sorry for the trouble.<br><br>Paul<br><br><br>On 12/1/10 2:40 PM, Madani,Sina wrote: <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Nope, I just deleted all files, unzipped the tar file (using 7-zip), and re-ran the tool but got the same error. I am downloading the tar file again just in case it's related to download.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>I attached my manifest and ovf file in case it helps to troubleshoot</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Sina</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color -moz-use-text-color'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Paul R Alexander [<a href="mailto:palexander@stanford.edu">mailto:palexander@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, December 01, 2010 4:34 PM<br><b>To:</b> Madani,Sina<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] FW: BioPortal VM Image - access information</span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Did you alter the ncbo-appliance.ovf file at all? This would result in the hash not matching what is in the manifest (a security precaution). You could try decompressing the archive from scratch to make sure nothing was modified.<br><br>Paul<br><br><br>On 12/1/10 2:31 PM, Madani,Sina wrote: <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Hi Paul,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>I wasn't running ovftool in the unzip directory. So I copied all the unzipped appliance zipped file in the ovf tool program folder and ran it again. This time I got below error. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>The second screenshot shows ovf tool directory with all 3 disk images, their sizes and the manifest file content. Is it an indication of a bad download? </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Thanks for the help</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Sina</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=951 height=81 id="Picture_x0020_4" src="cid:image003.png@01CB92D7.EFB28870"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=714 height=654 id="Picture_x0020_11" src="cid:image004.jpg@01CB92D7.EFB28870"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Paul R Alexander [<a href="mailto:palexander@stanford.edu">mailto:palexander@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, December 01, 2010 4:17 PM<br><b>To:</b> Madani,Sina<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] FW: BioPortal VM Image - access information</span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Sina,<br><br>The OVF file won't open directly in the VMWare Player (as you discovered) so the recommended route is to convert, just as you tried to do. I'm wondering if you can see the file (ncbo-appliance-disk3.vmx) in the same directory that you're running the ovftool? Also, there should be a manifest file (ncbo-appliance.mf) and it looks like that is missing too. You need to run ovftool in the same directory as all of the files that were in the archive that you downloaded.<br><br>Paul R Alexander<br>Web / UI Developer<br><a href="http://bioportal.bioontology.org">NCBO BioPortal</a><br>Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br><br><br>On 12/1/10 1:08 PM, Madani,Sina wrote: <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Hi Trish, </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>I downloaded and unzipped the appliance file. I tried to open the ncbo-appliance ovf file using vmware player but got the error shown below. Then I tried converting it into a vmx file using ovf tool but got error again (last screenshot). Any hint? </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Thanks</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Sina</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=649 height=363 id="Picture_x0020_1" src="cid:image005.jpg@01CB92D7.EFB28870"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=500 height=120 id="Picture_x0020_2" src="cid:image006.png@01CB92D7.EFB28870"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'><img border=0 width=880 height=115 id="Picture_x0020_3" src="cid:image007.png@01CB92D7.EFB28870"></span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>] <br><b>Sent:</b> Tuesday, November 23, 2010 4:00 PM<br><b>To:</b> Madani,Sina<br><b>Subject:</b> BioPortal VM Image - access information </span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>Thank you for providing the user metrics information. T<span class=apple-style-span><span style='font-size:11.5pt'>he VM image can be downloaded from:  </span></span><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:11.5pt'><a href="http://www.bioontology.org/ncbo-appliance/ncbo-appliance-v0.1.tar">http://www.bioontology.org/ncbo-appliance/ncbo-appliance-v0.1.tar</a>  </span></span><span style='font-size:11.5pt'><br><span class=apple-style-span>and the documentation is at:</span><br><span class=apple-style-span><a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Category:NCBO_Virtual_Appliance">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Category:NCBO_Virtual_Appliance</a></span><br><span class=apple-style-span>If you have any questions with the installation, please email <a href="x-msg://7/support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>. </span><br><span class=apple-style-span> </span></span><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><span class=apple-style-span><span style='font-size:11.5pt'>Trish  </span></span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Nov 22, 2010, at 12:22 PM, Madani,Sina wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br><br><br><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi Trish,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>We previously tested MetaMap for analyzing our dictated notes but when Nigam presented his talk about Mgrep and the fact that it can process text files more accurately we decided to launch a local version of it because we didn't want to send our patient dictation files over the net to Bioportal text analysis services.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>The intended user at this moment is only I &  possibly Mike Riben. I anticipate to run the instance for text processing of at least 5 million clinical dictated notes.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>]<span class=apple-converted-space> </span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Monday, November 22, 2010 1:59 PM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>Madani,Sina<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space> </span>Ray Fergerson<br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>Re: AMIA workshop</span><o:p></o:p></p></div></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>Hi Sina, <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>The support forum that Ray mentioned is our mailing list:<span class=apple-converted-space> </span><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>.  Can you provide a short description on how you plan to use the VM image and the expected number of users? We are collecting additional user metrics in response to queries from our Advisory Board.<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Thanks!<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Trish <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal>On Nov 22, 2010, at 6:25 AM, Madani,Sina wrote:<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br><br><br><br><o:p></o:p></p></div><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Thank you Ray.</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>What is the url for support forum?</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>]<span class=apple-converted-space> </span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Friday, November 19, 2010 4:16 PM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>'Nigam Shah'; Madani,Sina<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space> </span>'Trish Whetzel'<br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>RE: AMIA workshop</span><o:p></o:p></p></div></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Sina,</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Happy to hear you are interested in the VM instance. Trish (copied) is responsible for collecting the necessary information and providing you with the link. She also monitors the support mailing list where you should send any help requests.</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 3.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:-moz-use-text-color'><div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> </span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Nigam Shah [<a href="mailto:nigam@stanford.edu">mailto:nigam@stanford.edu</a>]<span class=apple-converted-space> </span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space> </span>Friday, November 19, 2010 10:15 AM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space> </span>Madani,Sina<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space> </span>Ray Fergerson;<span class=apple-converted-space> </span><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space> </span>Re: AMIA workshop</span><o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Hi Sina,<o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>It was good to meet you as well. I am copying Ray Fergerson, our project manager, who can direct you to getting a VM instance. <o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>Regards,<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>Nigam.<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>ps: I will be leaving for a month long trip to my home country, from Nov 26 - Dec 29 so might be unresponsive on email.<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal>On Fri, Nov 19, 2010 at 6:48 AM, Madani,Sina <<a href="mailto:AHMadani@mdanderson.org" target="_blank">AHMadani@mdanderson.org</a>> wrote:<o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><div><p class=MsoNormal>Hi Nigam,<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>It was very nice meeting you at AMIA. I really enjoyed your workshop presentation. We talked briefly about the possibility of a VM instance that Bioportal can provide for our institution note analysis purposes. I appreciate your help on this.<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Thanks<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Sina<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>Sina Madani, MD MS</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>Data Integration & Modeling</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>MD Anderson Cancer Center</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt'>Phone : 713-563-1803</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div><div><div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>Trish Whetzel, PhD</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>Outreach Coordinator</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>The National Center for Biomedical Ontology</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>Ph: 650-721-2378</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'><a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a></span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'><a href="http://www.bioontology.org/">http://www.bioontology.org</a></span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div></div></div></div><div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p></div></div><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre><pre>bioontology-support mailing list<o:p></o:p></pre><pre><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><o:p></o:p></pre><pre><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></pre></div></body></html>