<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Fahim, </div><div><br></div><div>Can you send the URL you are using with the View Extraction web service?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Trish</div><div><br></div><br><div><div>On Dec 3, 2010, at 4:51 PM, Fahim Imam wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Paul,<br>Hope you are doing well. Seems like the extractor web service is not returning the list of synonyms from NCBI Taxonomy. I just extracted 'Breast Carcinoma' sub-tree and that is the case along with other subtrees from the Taxonomy. Can you take a look? <br>
<br>Thanks,<br>Fahim<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 17, 2010 at 4:14 PM, Fahim Imam <span dir="ltr"><<a href="mailto:smtifahim@gmail.com">smtifahim@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks so much Paul! That makes sense. None of us have 5GB of  free RAM. <br><br>Regards,<br><font color="#888888">Fahim</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 17, 2010 at 3:04 PM, Paul R Alexander <span dir="ltr"><<a href="mailto:palexander@stanford.edu" target="_blank">palexander@stanford.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

  
    
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    Fahim,<br>
    <br>
    I was able to open the ontology using Protege 4.1, but it took a
    little over 5GB of RAM to do so. You can definitely extract branches
    from ontologies using the BioPortal REST services. It will return an
    OWL file that contains the concepts in that branch. See here for
    more documentation:<br>
    <a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction" target="_blank">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction</a><br><font color="#888888">
    <br>
    Paul</font><div><div></div><div><br>
    <br>
    On 8/17/10 12:13 PM, Fahim Imam wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div>Hi Trish,</div>
      <div>We were wondering if there is any way to extract a subclass
        of certain class e.g., Primate from NCBI Taxonomy (in any format
        like csv/spredsheet). I remember you told me about a way to
        extract certain view from an ontology within Bioportal. Jonathan
        Cachat, our summer intern in NIF is working on Organisms and we
        failed to load the taxonomy file through ptotege due to some
        memory issue. Increasing the heap space did not help.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Paul, are you able to load the ncbi taxonomy owl file in
        protege? Here is the owl link  <span style="font-family: verdana,arial,helvetica,sans-serif; font-size: 12px;"><a href="http://purl.org/obo/owl/NCBITaxon" style="padding: 1px; text-decoration: underline; color: rgb(0, 38, 153);" target="_blank">http://purl.org/obo/owl/NCBITaxon</a></span></div>


      
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks,</div>
      <div>Fahim</div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      -- <br>
      __________________________________<br>
      Fahim T. Imam<br>
      NIF Ontological Engineer & Programmer Analyst<br>
      Neuroscience Information Framework      <br>
      University of California, San Diego<br>
      9500 Gilman Drive, M/C 0446<br>
      La Jolla, CA 92093-0446<br>
      <br>
      work: (858) 534-5356<br>
      web: <a href="http://neuinfo.org/" target="_blank">http://neuinfo.org</a><br>
    </blockquote>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>__________________________________<br>Fahim T. Imam<br>NIF Ontological Engineer & Programmer Analyst<br>Neuroscience Information Framework      <br>University of California, San Diego<br>
9500 Gilman Drive, M/C 0446<br>La Jolla, CA 92093-0446<br><br>work: (858) 534-5356<br>web: <a href="http://neuinfo.org/">http://neuinfo.org</a><br>
</blockquote></div><br></body></html>