<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Trish and thanks for your support so far.</div></div></span></div></span>I was having a look at the owl file I've downloaded using your URL and I  have noticed that no definition for term is available, while i can see those in bioportal  (for instance for the term </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/44776/?conceptid=D001423">http://bioportal.bioontology.org/visualize/44776/?conceptid=D001423</a>) and also when accessing the rest service for that (<a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/rdf/44776/D001423%5D">http://rest.bioontology.org/bioportal/rdf/44776/D001423</a>)</div></span></span></div><div>There is any way that you know to have definitions included in the generated file?</div>
Thanks<div>Carlo</div><div><br><div><div>On Dec 5, 2010, at 5:46 PM, Trish Whetzel wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>For the URIs, they should be in the form: <a href="http://purl.bioontology.org/ontology/MSH/" target="_blank">http://purl.bioontology.org/ontology/MSH/</a>{conceptid}.  There is also the parameter "filterrelations" you can try. </div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On Dec 5, 2010, at 5:00 PM, Carlo Torniai wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Great Trish, thanks.<div>I've just downloaded the file and it look good.</div><div>Few questions:</div><div>what URI should we used to have each term resolved by bioportal (or at least pointing on the correspondent bioportal page)?</div><div>There is any parameter to have just specific annotation properties extracted?</div><div>Thanks</div><div>Carlo</div><div> </div><div><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-family: Helvetica; "><br class="Apple-interchange-newline"></div>
</div>
<br><div><div>On Dec 5, 2010, at 4:46 PM, Trish Whetzel wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Thanks Carlo. To build-up the proper URL, here are the pieces to use with the View Extraction web service:</div><div><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/">http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/</a>  --> web service signature</div><div>44776/  --> ontology version identifier</div><div><div>?conceptid=U000006  --> concept identifier for parent term </div></div><div>&ontologyname=http://example.org/testing.owl&delay=10  --> name of resulting ontology and timing parameter.</div><div><br></div><div>Therefore, the full URL is:</div><div><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/44776/?conceptid=U000006&ontologyname=http://purl.biooontology.org/ontology/MSH/testing.owl&delay=10">http://rest.bioontology.org/bioportal/viewextractor/44776/?conceptid=U000006&ontologyname=http://purl.biooontology.org/ontology/MSH/testing.owl&delay=10</a></div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><br><div><div>On Dec 2, 2010, at 9:40 AM, Carlo Torniai wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-family: Helvetica; ">Hi Trish,<br class="Apple-interchange-newline"></div>
</div><div>please let me know if this helped or if you need more info.</div><div>Carlo</div><div><br></div>
<br><div><div>On Dec 1, 2010, at 5:28 PM, <a href="mailto:torniai@ohsu.edu">torniai@ohsu.edu</a> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div bgcolor="#FFFFFF"><div>I don't think so. It's the one with all disease subcategories. If you look for disease in the extractor is this one </div><div><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/rdf/44776/U000006">http://rest.bioontology.org/bioportal/rdf/44776/U000006</a></div><div>Carlo<br><br></div><div><br>On Dec 1, 2010, at 5:08 PM, "Trish Whetzel" <<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>> wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div><div>Hi Carlo, </div><div><br></div><div>Is this the 'Disease' term you refer to in MeSH:</div><div><a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/44776/?conceptid=D004194"></a><a href="http://bioportal.bioontology.org/visualize/44776/?conceptid=D004194">http://bioportal.bioontology.org/visualize/44776/?conceptid=D004194</a></div><div><br></div><div>Trish</div><div><br></div><br><div><div>On Dec 2, 2010, at 1:49 AM, Carlo Torniai wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Trish,<div>yesterday I've played around a bit with the Extraction tool (very nice).</div><div>As you know we are trying to extract all the mesh disease branch.</div><div>You've pointed us to the documentation to use a rest service to have a whole branch extracted (<a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction"></a><a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/View_Extraction</a>). </div><div>I am trying to figure out what parameters to use (i.e. what the URL of the rest service would look like) in order to get   all the subclasses of Disease (Mesh category)  [see the superclass information here <a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/rdf/44776/U000006"></a><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/rdf/44776/U000006">http://rest.bioontology.org/bioportal/rdf/44776/U000006</a>]</div><div>It would be probably easier for you to send us the correct URL than me to figure out the correct  values of the parameters :-)</div><div>We can get in touch anytime if you need more info.</div><div>Thanks</div><div>Carlo</div><div><br></div><div><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-family: Helvetica; "><div><br></div></div><br class="Apple-interchange-newline"></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline"></div>
</div>
<br></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></blockquote></div><br></div></body></html>