<html><body bgcolor="#FFFFFF"><div>Ok, I will try this and let you know how it does! :)</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Eamonn<br><br><div>--</div><div>Eamonn Maguire</div></div><div><br>On 9 Dec 2010, at 00:54, "Ray Fergerson" <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div><div class="WordSection1"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Eamonn,<o:p></o:p></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">We suggest that you use the “get term” rest API call rather than the get-children or get-parents call. The get-term call also returns the parents and children of a term.  This call should always work.<o:p></o:p></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p><div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu] <b>On Behalf Of </b>Eamonn Maguire<br><b>Sent:</b> Wednesday, December 08, 2010 6:09 AM<br><b>To:</b> Michael Dorf; Trish Whetzel; <a href="mailto:support@bioontology.org"><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a></a><br><b>Subject:</b> [bioontology-support] Fwd: How do I get the child nodes for the Meddra ontology<o:p></o:p></span></p></div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p><p class="MsoNormal">Hi Guys,<o:p></o:p></p><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">This is quite urgent, is there any way you can tell me how to get the children properly for Meddra and SNOMED?<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">many thanks as always!<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Eamonn<o:p></o:p></p><div><p class="MsoNormal">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b>Eamonn Maguire</b> <<a href="mailto:eamonnmag@gmail.com"><a href="mailto:eamonnmag@gmail.com">eamonnmag@gmail.com</a></a>><br>Date: 3 December 2010 16:01<br>Subject: How do I get the child nodes for the Meddra ontology<br>To: <a href="mailto:support@bioontology.org"><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a></a><br><br><br>Hello,<o:p></o:p></p><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">First of all, thanks for indexing the latest version of SnoMed!<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">So now I am able to get the hieracrchy services working for pretty much every ontology apart from Meddra & SnoMed. Although, I'm noticing that these are in a format called RRF, so perhaps this is where the problem is coming from. I can get the root terms in the ontology ok, but when I attempt to get the children for a node, I get nothing back, e.g.<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/42280/10005329?level=1" target="_blank"><a href="http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/42280/10005329?level=1">http://rest.bioontology.org/bioportal/concepts/children/42280/10005329?level=1</a></a><o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">I've attached screenshots showing how Every root node of the ontology is depicted as a leaf node (since it can't find any children under them).<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">If one of you could tell me how to properly query these ontologies using the hierarchy services, I'd be really grateful!<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p></div><div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div><div><p class="MsoNormal">Eamonn<br clear="all"><br>-- <o:p></o:p></p><div><div><div><pre style="white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">-------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">Eamonn Maguire                                             <o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">Lead Engineer - <a href="http://www.isa-tools.org" target="_blank">ISA tools</a>                                                                                                                                                  </span><o:p></o:p></pre><pre style="white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">University of Oxford                      Tel: +44(0)1865 610788<o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">Oxford e-Research Center  <o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">7 Keble Road, Oxford                    skype: maguire1986<o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">OX1 3QG, UK                               <o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">-------------------------------------------------------------</span><o:p></o:p></pre></div></div></div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div></div><p class="MsoNormal"><br><br clear="all"><br>-- <o:p></o:p></p><div><div><div><pre style="white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">-------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">Eamonn Maguire                                             <o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">Lead Engineer - <a href="http://www.isa-tools.org" target="_blank">ISA tools</a>                                                                                                                                                  </span><o:p></o:p></pre><pre style="white-space:pre-wrap"><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">University of Oxford                      Tel: +44(0)1865 610788<o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">Oxford e-Research Center  <o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">7 Keble Road, Oxford                    skype: maguire1986<o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">OX1 3QG, UK                               <o:p></o:p></span></pre><pre><span style="font-family:"Verdana","sans-serif"">-------------------------------------------------------------</span><o:p></o:p></pre></div></div></div><p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p></div></div></div></blockquote></body></html>