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f";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:blue'>The difficulty loading ICD10CM is caused by a missing OID in the lexbig.jar file. A new lexbig.jar file has been checked into the BioPortal SVN trunk that could be checked out and used instead of the lexbig.jar file you have in your BioPortal instance<span style='background:yellow;mso-highlight:yellow'>. The other option would be to add the missing OID like you did with the lbRuntime.jar file.</span></span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'> <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:blue'>For RRF SNOMED, I would suggest you use a small zipped RRF file to make the initial submission and then transfer the correct set of RRF files into the appropriate file location. Reparse the ontology and and load should work fine.</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'> <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:blue'>The LexEVS_UMLS_Mapper was a program that we used to create inter-cui mappings between different RRF ontologies. The idea is that if concepts in the two ontologies share a common UMLS CUI, they would be mapped together.</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'> <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:blue'>Regards,</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:blue'>Pradip</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><o:p> </o:p></span></p><div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><hr size=2 width="100%" align=center></span></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Madani,Sina [mailto:AHMadani@mdanderson.org] <br><b>Sent:</b> Thursday, December 09, 2010 1:20 PM<br><b>To:</b> Kanjamala, Pradip P.<br><b>Subject:</b> FW: SNOMED and ICD10</span><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>Hi Pradip,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>in addition to that, can you also tell me what LexEVS_UMLS_Mapper does? Is it a module (in LexEVS? NCBO?) that automatically provides mapping based on CUI in terminologies extracted (subset) from UMLS?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><img width=742 height=94 id="Picture_x0020_1" src="cid:image002.png@01CB987C.7DAE1B40"><o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Paul R Alexander [mailto:palexander@stanford.edu] <br><b>Sent:</b> Wednesday, December 08, 2010 5:05 PM<br><b>To:</b> 'Kanjamala, Pradip P.'; Madani,Sina<br><b>Subject:</b> Fwd: SNOMED and ICD10<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Pradip,<br><br>Can you comment on Sina's issues with loading below? This is a group running our virtual appliance, not trying to get it to work at bioportal.bioontology.org.<br><br>Thanks!<br><br>Paul<br><br>-------- Original Message -------- <o:p></o:p></span></p><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0><tr><td nowrap valign=top style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal align=right style='text-align:right'><b><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Subject: <o:p></o:p></span></b></p></td><td style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>SNOMED and ICD10<o:p></o:p></span></p></td></tr><tr><td nowrap valign=top style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal align=right style='text-align:right'><b><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Date: <o:p></o:p></span></b></p></td><td style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Wed, 8 Dec 2010 09:32:25 -0600<o:p></o:p></span></p></td></tr><tr><td nowrap valign=top style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal align=right style='text-align:right'><b><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>From: <o:p></o:p></span></b></p></td><td style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Madani,Sina <a href="mailto:AHMadani@mdanderson.org"><AHMadani@mdanderson.org></a><o:p></o:p></span></p></td></tr><tr><td nowrap valign=top style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal align=right style='text-align:right'><b><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>To: <o:p></o:p></span></b></p></td><td style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'><a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> <a href="mailto:support@bioontology.org"><support@bioontology.org></a><o:p></o:p></span></p></td></tr><tr><td nowrap valign=top style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal align=right style='text-align:right'><b><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>CC: <o:p></o:p></span></b></p></td><td style='padding:0in 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'>Paul R Alexander <a href="mailto:palexander@stanford.edu"><palexander@stanford.edu></a><o:p></o:p></span></p></td></tr></table><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><span style='font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal>Good morning, <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>is there any specific instruction for uploading and parsing SNOMED OWL/ RRF and ICD10CM RRF formats? <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>I am getting:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>parsing error on SNOMED OWL , and  ICD10CM RRF <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>uploading error on SNOMED RRF<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>I generated SNOWMED owl with the perl script that shipped with the July 2010 version. RRF ontologies are subsets from UMLS2010 AB. For ICD10CM apparently there is a problem with urn that I fixed in our LexEVS instance by manually inserting and OID inside mapping file within the runtime jar file but I don't know how to do/fix this in NCBO appliance.<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Thanks<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Sina<o:p></o:p></p></div></body></html>