<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">Thank you for the explanation. I apologize for my late response.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">On the same slide, MetaMap is shown near mgrep for annotation purposes. Can I download MetaMap and "switch" annotation services from mgrep to MetaMap? </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"></span></p></div></div></blockquote><div><br></div><div>Hi Sina,</div><div><br></div><div>Not easily .. we have a prototype underway where we are trying that out. See the November 2009 prototype at <a href="http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Annotator_Web_service#Prototype_releases">http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Annotator_Web_service#Prototype_releases</a>. The main bottleneck right now is getting MetaMap installed with the ~200 ontology dictionary we have at NCBO. For smaller dictionaries, the prototype does work.</div>
<div><br></div><div>We've stopped work on the prototype pending some upgrades to MetaMap coming from NLM .. we can consider picking up this work if there is enough user interest. We'd also welcome a user contribution along this line.</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D">Although Nigam told me in the workshop that he gets better results ( I read that paper as well) with mgrep compared to MetaMap, I was just curious to see if MetaMap is an option in ncbo-appliance. </span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;color:#1F497D"> </span></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" color="#1F497D"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 15px; "><br></span></font></p>
</div></div></blockquote><div><br></div><div>Given our need for speed and high precision, we went to mgrep ... at the expense of some recall. We have a number of projects underway to: 1) quantify the recall hit we are taking; 2) experiment with hybrid annotators (where the "easy" stuff gets done by mgrep and we use a smaller dictionary with MetaMap for complex phrases); and 3) Provide users with a service to create custom, "clean lexicons" which they can use with a concept recognizer of their choice.</div>
<div><br></div><div>We have papers out on (1) and (3) ... setting up a hybrid annotator is on hold (see above). We can share the prototype code we have with you if you want to try and embed metamap as a "switch". It would be a very valuable user contribution!</div>
<div><br></div><div>Regards,</div><div>Nigam.</div></div>