<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>

<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<!--[if !mso]>
<style>
v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.5pt;
        font-family:Consolas;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:Consolas;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="2050" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoPlainText>I followed what the instruction said.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Anyways, I tried to open it using Protégé 3.4.5. Here is
what I got: (just so you know. I’ll keep trying.)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText><img width=1016 height=258 id="Picture_x0020_1"
src="cid:image001.png@01CBF392.4DC19C60"><o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText>-----Original Message-----<br>
From: Natasha Noy [mailto:noy@stanford.edu] <br>
Sent: Tuesday, April 05, 2011 1:00 PM<br>
To: Ma, Guozhong (NIH/NHLBI) [C]<br>
Cc: NCBO support<br>
Subject: Re: [bioontology-support] FW: NCBO Appliance: problem submitting large
ontology<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText>I just looked at the code, and it takes the .pprj file,
not the owl file.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText>So you need to open this Thesaurus.owl file in Protege
and then save it -- the saving will create an additional file, Thesaurus.pprj
-- that's the one you pass to the Java code.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText>Natasha<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText>On Apr 5, 2011, at 9:57 AM, Ma, Guozhong (NIH/NHLBI) [C]
wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> The file downloaded: Thesaurus.owl<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> GM<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> -----Original Message-----<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> From: Natasha Noy [mailto:noy@stanford.edu] <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> Sent: Tuesday, April 05, 2011 12:54 PM<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> To: Ma, Guozhong (NIH/NHLBI) [C]<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> Cc: NCBO support<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> Subject: Re: [bioontology-support] FW: NCBO
Appliance: problem submitting large ontology<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> What are you passing in as your argument to the Java
program? <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> Natasha<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> On Apr 5, 2011, at 9:41 AM, Ma, Guozhong (NIH/NHLBI)
[C] wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Hi,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Please see what I just sent to Trish below.
Please get back to me if you are familiar with Trish's development work.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Thanks,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> GM<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> -----Original Message-----<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> From: Ma, Guozhong (NIH/NHLBI) [C] <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Sent: Tuesday, April 05, 2011 12:38 PM<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> To: 'Trish Whetzel'<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Subject: RE: [bioontology-support] NCBO
Appliance: problem submitting large ontology<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Hi Trish,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> I checked out your code and downloaded the latest
version of NCIt (3/15/2011).<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Below is the exception from running
"NCITVeryfy" in Eclipse. Could you adivise?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Thanks,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Start conversion at Tue Apr 05 12:33:38 EDT 2011<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> SEVERE: Error loading instances --
edu.stanford.smi.protege.storage.clips.ParseException: Encountered "
<SYMBOL_LITERAL> "<?xml "" at line 1, column 1.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Was expecting one of:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   <EOF> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   "(" ...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   ";+" ...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   ";+" ...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at edu.stanford.smi.protege.storage.clips.Parser.generateParseException(Unknown
Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.storage.clips.Parser.jj_consume_token(Unknown Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.storage.clips.Parser.parseKnowledgeBase(Unknown
Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at edu.stanford.smi.protege.storage.clips.Parser.loadInstances(Unknown
Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.storage.clips.ClipsKnowledgeBaseFactory.loadKnowledgeBase(Unknown
Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.model.Project.loadProjectKB(Unknown Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.model.Project.<init>(Unknown Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.model.Project.<init>(Unknown Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.model.Project.<init>(Unknown Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at
edu.stanford.smi.protege.model.Project.<init>(Unknown Source)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>    at NCITVerify.main(NCITVerify.java:23)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> SEVERE: no project instance --
Project.getProjectInstance()<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Error:
edu.stanford.smi.protege.storage.clips.ParseException: Encountered "
<SYMBOL_LITERAL> "<?xml "" at line 1, column 1.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Was expecting one of:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   <EOF> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   "(" ...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   ";+" ...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>   ";+" ...<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> -----Original Message-----<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> From: Trish Whetzel
[mailto:whetzel@stanford.edu] <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Sent: Thursday, February 17, 2011 11:49 AM<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> To: Ma, Guozhong (NIH/NHLBI) [C]<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Cc: support; Paul R Alexander; Galvez, Jose
(NIH/NHLBI) [C]; Kadalli, Shiv (NIH/NHLBI) [C]<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Subject: Re: [bioontology-support] NCBO
Appliance: problem submitting large ontology<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Importance: High<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Loading the NCI Thesaurus requires a few steps due
to the size of the file and since it is developed with a modified version of
Protege. If you plan to use the NCI Thesaurus in the Annotator workflow, then
the additional XML tags added into the synonym property values need to be
removed. Code to pre-process NCIt is located at:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>
https://bmir-gforge.stanford.edu/gf/project/bp_helper_tools/scmsvn/?action=browse&path=%2Ftrunk%2FNCItProcessor%2F<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> and can be checked out via anonymous SVN. This
information is now also in the VM Appliance documentation. <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> After the file is processed, due to the size of
the file the NCIt is usually not loaded via the BioPortal Submit New Ontology
form via the Web UI. Others on the support mailing list can expand on the
loading process. <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> Trish<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> On Feb 17, 2011, at 3:51 AM, Ma, Guozhong
(NIH/NHLBI) [C] wrote:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Hi Paul,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> I downloaded NCI Thesaurus from BioPortal.
Tried to upload to our local NCBO Appliance. Got an error message:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> "Errors On Form<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> File is too large"<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Question: Did this ontology go through web
form upload at BioPortal? Or, it was simply saved onto your server by admin?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> I am trying to see if this is resulted from
our end due to memory, timeout setting, etc.<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Thanks,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> --<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Guozhong Ma, PhD<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Senior Engineer (Contractor)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Software Engineering Branch (SEB)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Center for Biomedical Informatics (CBI)<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> National Heart Lung and Blood Institute, NIH<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> Telephone: 301-435-0425 | Email:
guozhong.ma@nih.gov<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> _______________________________________________<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> bioontology-support mailing list<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>> bioontology-support@lists.stanford.edu<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>>
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> _______________________________________________<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> bioontology-support mailing list<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>> bioontology-support@lists.stanford.edu<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>>>
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText>> <o:p></o:p></p>

<p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p>

</div>

</body>

</html>