<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style><![endif]--><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.5pt;
        font-family:Consolas;}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:Consolas;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="2050" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Barry,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Kinetoplast  appears twice in the tree because it has two asserted parents: genome and sequence_collection. The latter is logically redundant since genome is already a subclass of sequence_collection.  Nevertheless since this relation is asserted we show it.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>BioPortal does have a bug that causes UI hangs with two terms with the same id are visible in the tree. We are working on this and it should be fixed in the next release (roughly end of month). <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoPlainText><span style='font-family:"Courier New"'>name: kinetoplast<br>alt_id: SO:0000826<br>def: "A kinetoplast is an interlocked network of thousands of minicircles and tens of maxi circles, located near the base of the flagellum of some protozoan species." [PMID:8395055]<br>synonym: "kinetoplast_chromosome" EXACT []<br>xref: <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Kinetoplast">http://en.wikipedia.org/wiki/Kinetoplast</a> "wiki"<br>is_a: SO:0001026 ! implied link automatically realized ! genome<br>is_a: SO:0001260 ! sequence_collection<br>intersection_of: SO:0001260 ! sequence_collection<br>intersection_of: has_part SO:0000742 ! maxicircle<br>intersection_of: has_part SO:0000980 ! minicircle</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray<o:p></o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Barry Smith <a href="mailto:[mailto:phismith@buffalo.edu]">[mailto:phismith@buffalo.edu]</a> <br><b>Sent:</b> Tuesday, June 14, 2011 4:45 PM<br><b>To:</b> Ray Fergerson<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Feedback<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><span style='font-size:10.0pt'><img border=0 width=1280 height=768 id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01CC2AB5.19042150" alt=image.png></span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>Ray<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>There are still bugs here.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>1. When I try to open kinetoplast (for the fourth time now) it freezes my browser (see above)<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>2. Since there is only one SO term kinetoplast, two such terms should not appear when SO is opened in bioportal.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I think.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Barry<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>On Tue, Jun 14, 2011 at 5:11 PM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Barry,<br><br>The NIFSTD owl ontology imports owl versions of both GO and SO (along with<br>a large number of other ontologies). The SO ontology version being<br>imported does have a unique term defined for kinetoplast which is distinct<br>from the one in GO. The details from the original files are given below.<br><br>(Big thanks to Tania for digging this out of the files.)<br><br>Ray<br><br>------------------<br><br>ID: <a href="http://purl.org/obo/owl/GO#GO_0020023" target="_blank">http://purl.org/obo/owl/GO#GO_0020023</a><br>Location:<br><a href="http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/cellular_component.owl" target="_blank">http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/cellular_component.owl</a><br><br>Declaration:<br><br><owl:Class rdf:about="<a href="http://purl.org/obo/owl/GO#GO_0020023" target="_blank">http://purl.org/obo/owl/GO#GO_0020023</a>"><br><rdfs:label rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string" target="_blank">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</a>"<br> >kinetoplast</rdfs:label><br>....<br><br>--------------------<br><br>ID: <a href="http://purl.org/obo/owl/SO#SO_0000741" target="_blank">http://purl.org/obo/owl/SO#SO_0000741</a><br>Location: <a href="http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/sequence.owl" target="_blank">http://ontology.neuinfo.org/NIF/BiomaterialEntities/sequence.owl</a><br><br>Declaration:<br><br><owl:Class rdf:about="<a href="http://purl.org/obo/owl/SO#SO_0000741" target="_blank">http://purl.org/obo/owl/SO#SO_0000741</a>"><br><oboInOwl:hasAlternativeId<br>rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string" target="_blank">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</a>"<br> >SO:0000826</oboInOwl:hasAlternativeId><br><oboInOwl:hasExactSynonym><br><oboInOwl:Synonym><br><rdfs:label rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string" target="_blank">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</a>"<br> >kinetoplast_chromosome</rdfs:label><br></oboInOwl:Synonym><br></oboInOwl:hasExactSynonym><br><rdfs:label rdf:datatype="<a href="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string" target="_blank">http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string</a>"<br> >kinetoplast</rdfs:label><br>....<br><br><br>> -----Original Message-----<br>> From: Barry Smith [mailto:<a href="mailto:phismith@buffalo.edu">phismith@buffalo.edu</a>]<br>> Sent: Saturday, June 04, 2011 5:20 AM<br>> To: Ray Fergerson<br>> Cc: <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>; <a href="mailto:karen.eilbeck@genetics.utah.edu">karen.eilbeck@genetics.utah.edu</a><br>> Subject: Re: [bioontology-support] Feedback<br>><br>> Ray<br>> It seems that there is something wrong with the way SO is being<br>> imported into Bioportal. There are no SO terms with GO ideas.<br>><br>> >> Name : Barry Smith<br>> >> Comment:<br>> >> In Sequence Types and Features the term 'kinetoplast' occurs twice;<br>> ><br>><br>> On Fri, Jun 3, 2011 at 7:58 PM, Ray Fergerson<br>> <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<br>> > Barry,<br>> ><br>> > The duplicate terms show up because there are in fact two terms with<br>> > distinct identifiers with the same label in NIFSTD. One has id:<br>> > so:SO_0000741 and the other go:GO_0020023.<br>> ><br>> > Ray<br>> ><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>