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/div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Hi Ray,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I had failures last night and this morning.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>The client source code that accesses the service can be found here:<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><a href="http://code.google.com/p/genewiki/source/browse/java/Miner/src/org/gnf/ncbo/web/AnnotatorClient.java" target="_blank">http://code.google.com/p/genewiki/source/browse/java/Miner/src/org/gnf/ncbo/web/AnnotatorClient.java</a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>If you want me to make you an executable for testing let me know.  (That code isn't really ready for primetime).. Since the problem was also observed by some one running a c# client I hope its not a problem with my implementation.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>If I repeatedly run the main method in that class (or execute the request from other resources that depend on it) sometimes it works and sometimes it doesn't (responding with a 500).  I'm sending pretty small chunks of text (typically less than a sentence) at irregular intervals.  If it fails, I wait 2 seconds and try it again.  If it fails 10 times the client quits.  That retry loop was sufficient to overcome similar behavior prior to this update for tens of thousands of requests sent right after each other.  <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>params:<o:p></o:p></p></div><div><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"isVirtualOntologyId"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"true"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif"'>params.put(<span style='color:#4239F5'>"rqnum"</span>, <span style='color:#4239F5'>"0"</span>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif"'>params.put(<span style='color:#4239F5'>"textToAnnotate"</span>, text2annotate);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"filterNumber"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"true"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif"'>params.put(<span style='color:#4239F5'>"minTermSize"</span>, <span style='color:#4239F5'>"3"</span>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"withSynonyms"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"false"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"longestOnly"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"true"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"wholeWordOnly"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"true"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>); </span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"stopWords"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"protein, gene"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"withDefaultStopWords"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"true"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif"'>params.put(<span style='color:#4239F5'>"scored"</span>, <span style='color:#4239F5'>"true"</span>);</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>params.put(</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"mappingTypes"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>, </span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>"null"</span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:black'>);</span><o:p></o:p></p></div><div><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'>ontologiesToKeepInResult (virtual ids for GO, DO, FMA, PRO, OMIM)</span><o:p></o:p></p><p style='margin:0in;margin-bottom:.0001pt'><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Monaco","serif";color:#4239F5'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Let me know if thats enough to get you going.  If not I will try to code something that consistently reproduces your error (difficult because, from my end, there is significant randomness on the server side).<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>thanks<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'>-Ben<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Thu, Jun 23, 2011 at 11:09 AM, Ray Fergerson <<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu" target="_blank">ray.fergerson@stanford.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Ben,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Do you have a reproducible test case for this? Certainly the entire system behavior was erratic before last week for several weeks. We believe that this problem has been fixed though. If you are still seeing failures then we would like to look into it. It will be difficult to do so though without a test showing failures. We haven’t had other complaints that I am aware of since we pushed out the patch last week.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Even if it is not a single call that fails, perhaps you have a script that we could execute that would reliably show failures. Also it would be very useful to know how many calls you are making in some unit of time. Also relevant are the parameters you are passing to the annotator and the type and size of text.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'>Ray</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:10.0pt'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt'> <a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [mailto:<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu" target="_blank">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>Benjamin Good<br><b>Sent:</b> Thursday, June 23, 2011 9:40 AM<br><b>To:</b> <a href="mailto:support@bioontology.org" target="_blank">support@bioontology.org</a><br><b>Cc:</b> <a href="mailto:annotator-discuss@googlegroups.com" target="_blank">annotator-discuss@googlegroups.com</a>; Taciana Gomes<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] [ncbo-annotator-users] 500 errors from the Annotator service</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>For the last three weeks or so, the Annotator has become very unreliable.  It is reporting HTTP 500 errors for a large proportion of requests.  Repeating identical requests sometimes succeeds and sometimes do not.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>These problems appear to coincide with the introduction of the new authentication policy.  <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Please let us know what is going on.  I have a live service that depends on the Annotator...<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>thanks<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>-Ben<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Fri, Jun 10, 2011 at 12:55 PM, Taciana Gomes <<a href="mailto:taciana.alessandra@gmail.com" target="_blank">taciana.alessandra@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I did make a client with c#<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>---------- Forwarded message ----------<br>From: <b>Taciana Gomes</b> <<a href="mailto:taciana.alessandra@gmail.com" target="_blank">taciana.alessandra@gmail.com</a>><br>Date: 10 June 2011 16:46<br>Subject: Re: [ncbo-annotator-users] 500 errors from the Annotator service<br>To: <a href="mailto:ben.mcgee.good@gmail.com" target="_blank">ben.mcgee.good@gmail.com</a><br><br><br>Hi, I have this problem too.<br>I dont know what can be.. <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On 8 June 2011 18:06, Benjamin Good <<a href="mailto:ben.mcgee.good@gmail.com" target="_blank">ben.mcgee.good@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I've been experiencing a large number of HTTP 500 errors from the Annotator service over the past few days.  <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Repeating exactly the same request sometimes produces an error and sometimes does not..  My client currently tries a request up to ten times before quitting - sometimes the first one works, sometimes the third, sometimes the 5th and sometimes never..<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>What going on?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>thanks<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>-Ben<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br><br clear=all><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'><span style='color:#888888'>-- <br>____________________________________________<br>Taciana Alessandra Gomes Cruz<br>MSc in Computer Science<br>Federal University of Pernambuco – UFPE/Brazil<br>Fone: (19) 8185-8516</span><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'><br><br clear=all><br>-- <br>____________________________________________<br>Taciana Alessandra Gomes Cruz<br>MSc in Computer Science<br>Federal University of Pernambuco – UFPE/Brazil<br>Fone: (19) 8185-8516<o:p></o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></div></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></div></body></html>