<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Cambria;
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoPlainText, li.MsoPlainText, div.MsoPlainText
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.5pt;
        font-family:Consolas;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
span.apple-style-span
        {mso-style-name:apple-style-span;}
span.HTMLPreformattedChar
        {mso-style-name:"HTML Preformatted Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted";
        font-family:Consolas;
        color:black;}
span.EmailStyle20
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.PlainTextChar
        {mso-style-name:"Plain Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Plain Text";
        font-family:Consolas;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body bgcolor=white lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Cambria","serif";color:windowtext'>Jie,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Cambria","serif";color:windowtext'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Cambria","serif";color:windowtext'>It took a while to track this down; the cause was quite obscure. Unfortunately the ontology has bugs in it that u</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Cambria","serif";color:windowtext'>nfortunately neither Protégé 4 nor the OWL api catch. The errors result in incorrect query-time behavior on Protégé.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Cambria","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Cambria","serif";color:windowtext'>The message below is from Tim Redmond (resident Protégé & OWL expert) that should explain how to fix the ontology.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Cambria","serif";color:windowtext'><o:p></o:p></span></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>Ray<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>----------------------------<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>Message for obi folk:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>The provided ontologies were not in OWL 2 because of their use of<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>reserved names.  While the deviation is not serious, it turns out -<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>unfortunately - that Protege 3 is sensitive to this deviation.  <o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>The reserved names in question are owl:DeprecatedClass and<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>owl:DeprecatedProperty.  These two terms can be used in the RDF/XML<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>serialization but should not appear in the OWL ontology itself.  These<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>terms can appear in the RDF/XML serialization in the following two<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>ways:<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>    *:x rdf:type owl:DeprecatedClass .<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>    *:x rdf:type owl:DeprecatedProperty .<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p><p class=MsoPlainText>In the provided ontlogies this usage pattern does not appear.  However<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>these names appear in disjoint classes axioms, SubClassOf axioms,<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>declaration axioms, SubObjectPropertyOf axioms and ObjectProperty<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText>domain and range axioms.<o:p></o:p></p><p class=MsoPlainText><o:p> </o:p></p></div></body></html>