<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Unfortunately, we don't support loading ontologies from a Protege
    database. You can attempt to swap a Protege database back-end table
    with the one used in BioPortal, but it's not a straightforward
    process. However, if you want to give it a shot, you would need to:<br>
    <ol>
      <li>Submit a dummy ontology file with all of the information for
        the real ontology. This file should be something small that will
        parse properly</li>
      <li>Parse the dummy ontology<br>
      </li>
      <li>Find the version number for the dummy ontology</li>
      <li>Go to the database on the Virtual Appliance and find the table
        that corresponds to the dummy version in the 'bioportal_protege'
        database</li>
      <li>Note the table name (should be something like 'tbl_10000') and
        delete the table</li>
      <li>Import your parsed version of the real ontology and rename the
        imported table to match the old dummy table name (ex:
        'tbl_10000')<br>
      </li>
      <li>Using the BioPortal Admin tool: 1) calculate metrics and 2)
        index the ontology</li>
    </ol>
    <p>Give that a shot and let me know if you run into problems.<br>
    </p>
    <p>Paul R Alexander<br>
      Web / UI Developer<br>
      NCBO BioPortal<br>
      Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 5/7/12 10:35 AM, Trish Whetzel
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:4FE199B7-419B-48D2-B810-94DA7461311A@stanford.edu"
      type="cite">
      <div>Hi Sanjay, </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I believe there is a mechanism to swap in the Protege
        database table into the Protege backend for BioPortal. </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Paul, is this what you would recommend and/or can help Sanjay
        with this item?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Trish </div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <div>
        <div>On May 7, 2012, at 9:09 AM, Agravat, Sanjay wrote:</div>
        <br class="Apple-interchange-newline">
        <blockquote type="cite">
          <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
            charset=ISO-8859-1">
          <div>
            <font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span
                style="font-size:11pt">Hi,<br>
                <br>
                I have a local instance of bioportal running  and I’m
                having a problem loading my ontology into bioportal.
                  The ontology is stored in the protégé database so I
                tried uploading the .pprj file with the database located
                on the same server as bioportal and that didn’t work.  I
                also tried converting the .pprj to use .pins and .ponts
                but that didn’t work because the upload form doesn’t
                take the classes or instances file as input.<br>
                <br>
                I am not able to export the ontology to .owl since the
                ontology is  very large and protégé doesn’t seem to be
                able to do it.  Do you have any suggestions?<br>
                <br>
                Thanks,<br>
                <br>
                Sanjay</span></font> <br>
            <hr>
            <font color="Gray" face="Arial" size="1"><br>
              This e-mail message (including any attachments) is for the
              sole use of<br>
              the intended recipient(s) and may contain confidential and
              privileged<br>
              information. If the reader of this message is not the
              intended<br>
              recipient, you are hereby notified that any dissemination,
              distribution<br>
              or copying of this message (including any attachments) is
              strictly<br>
              prohibited.<br>
              <br>
              If you have received this message in error, please contact<br>
              the sender by reply e-mail message and destroy all copies
              of the<br>
              original message (including attachments).<br>
            </font>
          </div>
          _______________________________________________<br>
          bioontology-support mailing list<br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </body>
</html>