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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<title>Re: [bioontology-support] Support request for the Cardiovascular Research Grid project</title>
</head>
<body>
<font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Hi Paul,<br>
<br>
So I tried doing this and was able to at least get some of the classes loaded, but when I go to Calculate Metrics, I get this error: “</span></font><font size="1"><font face="Trebuchet MS"><span style="font-size:9pt">BioPortal returned an error: The method
 specified in the request is not allowed for the resource identified by the request URI”.<br>
<br>
Do you know how to resolve this issue?<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Sanjay<br>
</span></font></font><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"><br>
<br>
On 5/7/12 2:44 PM, "Paul R Alexander" <<a href="palexander@stanford.edu">palexander@stanford.edu</a>> wrote:<br>
<br>
</span></font>
<blockquote><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"> Unfortunately, we don't support loading ontologies from a Protege database. You can attempt to swap a Protege database back-end table with the one used in BioPortal, but
 it's not a straightforward process. However, if you want to give it a shot, you would need to:<br>
 <br>
</span></font>
<ol>
<li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Submit a dummy ontology file with all of the information for the real ontology. This file should be something small that will parse properly
</span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Parse the dummy ontology
</span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"></span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Find the version number for the dummy ontology
</span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Go to the database on the Virtual Appliance and find the table that corresponds to the dummy version in the 'bioportal_protege' database
</span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Note the table name (should be something like 'tbl_10000') and delete the table
</span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Import your parsed version of the real ontology and rename the imported table to match the old dummy table name (ex: 'tbl_10000')
</span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"></span></font></li><li><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">Using the BioPortal Admin tool: 1) calculate metrics and 2) index the ontology
<br>
</span></font></li></ol>
<font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"><br>
<br>
Give that a shot and let me know if you run into problems.<br>
 <br>
 <br>
<br>
Paul R Alexander<br>
 Web / UI Developer<br>
 NCBO BioPortal<br>
 Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
 <br>
 <br>
 <br>
On 5/7/12 10:35 AM, Trish Whetzel wrote:<br>
 <br>
 <br>
</span></font>
<blockquote><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"><br>
Hi Sanjay, <br>
 <br>
<br>
 <br>
 <br>
I believe there is a mechanism to swap in the Protege database table into the Protege backend for BioPortal.
<br>
 <br>
<br>
 <br>
 <br>
Paul, is this what you would recommend and/or can help Sanjay with this item?<br>
 <br>
<br>
 <br>
 <br>
Trish <br>
 <br>
<br>
 <br>
 <br>
<br>
 <br>
 <br>
 <br>
 <br>
On May 7, 2012, at 9:09 AM, Agravat, Sanjay wrote:<br>
 <br>
 <br>
</span></font>
<blockquote><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"> <br>
 Hi,<br>
 <br>
 I have a local instance of bioportal running  and I’m having a problem loading my ontology into bioportal.   The ontology is stored in the protégé database so I tried uploading the .pprj file with the database located on the same server as bioportal and that
 didn’t work.  I also tried converting the .pprj to use .pins and .ponts but that didn’t work because the upload form doesn’t take the classes or instances file as input.<br>
 <br>
 I am not able to export the ontology to .owl since the ontology is  very large and protégé doesn’t seem to be able to do it.  Do you have any suggestions?<br>
 <br>
 Thanks,<br>
 <br>
 Sanjay <br>
 <br>
<hr align="CENTER" size="3" width="100%">
<br>
</span></font><font color="#808080"><font size="2"><font face="Arial"><span style="font-size:10pt">This e-mail message (including any attachments) is for the sole use of<br>
 the intended recipient(s) and may contain confidential and privileged<br>
 information. If the reader of this message is not the intended<br>
 recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution<br>
 or copying of this message (including any attachments) is strictly<br>
 prohibited.<br>
 <br>
 If you have received this message in error, please contact<br>
 the sender by reply e-mail message and destroy all copies of the<br>
 original message (including attachments).<br>
 </span></font></font></font><font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt">
<br>
 _______________________________________________<br>
 bioontology-support mailing list<br>
 <a href="bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
 <br>
</span></font></blockquote>
<font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"><br>
 <br>
 <br>
 <br>
</span></font></blockquote>
<font face="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><span style="font-size:11pt"><br>
 <br>
 <br>
</span></font></blockquote>
</body>
</html>