<html><head><base href="x-msg://3/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div></div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On May 10, 2012, at 11:06 AM, Madani,Sina wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Update:<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">I was able to bypass the mentioned MYSQL problem by loading SNOMED using LexEVS514 GUI within our local appliance (0.5) and using the included lbconfig.props file (instead of using the appliance Admin utility). I guess I need to update manually some tables for SNOMED meta data.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Sina<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div><div style="border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(181, 196, 223); border-top-width: 1pt; padding-top: 3pt; padding-right: 0in; padding-bottom: 0in; padding-left: 0in; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; color: windowtext; ">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; color: windowtext; "><span class="Apple-converted-space"> </span>Madani,Sina<span class="Apple-converted-space"> </span><br><b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Monday, April 30, 2012 10:28 AM<br><b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">support@bioontology.org</a><br><b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>0.5 appliance loading error for SNOMED<o:p></o:p></span></div></div></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Hi ,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Loading SNOMED into Bioportal V 0.5 went through until the end of indexing. But at the very last step I got below error and parsing failed (lexevs log file attached). Do you have any suggestion to fix this? I tried this twice and both times it failed at the very same step.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="font-size: 9pt; font-family: 'Courier New'; color: windowtext; "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="font-size: 9pt; font-family: 'Courier New'; color: windowtext; ">com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Googling the error points to the issue of "netTimeoutForStreamingResults" for very large datasets...<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Also, I am not sure if this is a related issue or not but I am getting the error shown in the screenshot below whenever I restart ncbo service.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Is any of the MySQL parameters have been changed in the 0.5 appliance?<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="font-size: 9pt; font-family: 'Courier New'; color: windowtext; "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><span><image001.png></span><o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Thanks!<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: rgb(31, 73, 125); ">Sina<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: black; "><span style="color: windowtext; "><o:p> </o:p></span></div></div>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: blue; text-decoration: underline; ">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: blue; text-decoration: underline; ">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></div></blockquote></div><br>
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