<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-family: Cambria, serif; ">We are pleased to announce the release of <b>BioPortal 3.8</b>. The major new feature in this release is the regeneration of various automated mappings:<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0.25in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; "><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0.25in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; text-indent: -0.25in; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 11pt; font-family: Symbol; "><span><span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">         </span></span></span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; ">We have <b>regenerated</b> all <b>mappings</b> based on <b>UMLS CUI</b>s. Thus terms in different UMLS ontologies which share the same CUI are now mapped to each other.  The mapping created is of type skos:closeMatch. There are now 3,000,000 of these UMLS CUI mappings in the system. <b><span style="color: red; ">*</span></b><o:p></o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-family: Cambria, serif; "><o:p> </o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0.25in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; text-indent: -0.25in; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 11pt; font-family: Symbol; "><span><span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">         </span></span></span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; ">We have <b>regenerated</b> all <b>mappings</b> based on <b>xrefs</b> (OBO cross-reference) in OBO ontologies.  A mapping is now generated when a term in an OBO ontology has an xref to a term in another ontology. The mapping created is of type skos:relatedMatch. There are 35,000 of these xref mappings in the system. <b><span style="color: red; ">*</span></b><o:p></o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-family: Cambria, serif; "><o:p> </o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0.25in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; text-indent: -0.25in; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 11pt; font-family: Symbol; "><span><span style="font: normal normal normal 7pt/normal 'Times New Roman'; ">         </span></span></span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; ">We have <b>regenerated</b> all <b>mappings</b> based on terms which have <b>identical unique identifiers</b> (IRIs).  A mapping is now generated when term in an ontology has a unique identifier that is identical to the identifier of a term in another ontology. The mapping created is of type skos:exactMatch. There are 700,000 of these identical IRI mappings in the system. <b><span style="color: red; ">*</span></b><o:p></o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0.5in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 11pt; font-family: Cambria, serif; "><o:p> </o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span class="apple-style-span"><span style="font-family: Cambria, serif; ">We also fixed a number of bugs which were causing performance, stability, and ontology upload problems.<o:p></o:p></span></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-family: Cambria, serif; "><br></span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Cambria, serif; "><b><span style="color: red; ">*</span></b></span><span style="font-family: Cambria, serif; ">This item was requested via the <a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: blue; text-decoration: underline; ">User Support mailing list</a> and the <a href="http://www.bioontology.org/BioPortal-user-group" style="color: blue; text-decoration: underline; ">NCBO User Group</a>. Thank you for your comments and suggestions!</span></div></div><div><br></div><br>
<br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Trish Whetzel, PhD</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Outreach Coordinator</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">The National Center for Biomedical Ontology</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Ph: 650-721-2378</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><a href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a></div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><br></div><div><div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">"Like" NCBO on Facebook: <a href="http://on.fb.me/bioontology">http://on.fb.me/bioontology</a></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Follow NCBO on Twitter: <a href="http://twitter.com/#!/bioontology">http://twitter.com/#!/bioontology</a></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Join in Discussions on LinkedIn: <a href="http://linkd.in/ncbo-group">http://linkd.in/ncbo-group</a></span></div></div></div></div></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>