<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><font class="Apple-style-span" size="3">I'm done with my meeting and can dig into this further. Ketty, is <span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51); ">415-352-8815 the best number to reach you at?</span></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51); "><font class="Apple-style-span" size="3"><br></font></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51); "><font class="Apple-style-span" size="3">Trish </font></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: Helvetica; font-size: 13px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(51, 51, 51); font-family: Helvetica; font-size: 13px; "><br></span></div><br><div><div>On Jun 1, 2012, at 11:45 AM, Mobed, Ketty wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<div ocsi="0" fpstyle="1" bgcolor="#FFFFFF">
<div style="direction: ltr;font-family: Arial;color: #000000;font-size: 12pt;">I tried for the third time to upload the owl file (attached) to BP, with the same Bad Request error message and no upload.<br>
<span style="color:rgb(0,0,255)"><font size="3"><span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Arial"></span></font></span>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px"><span style="color:rgb(0,0,255)"><font size="3"><span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Arial">Ketty</span></font><br>
<font size="3"><br>
<span style="font-family:Helvetica; color:rgb(128,0,128)">'It's the little things that matter'</span></font><br>
<br>
<span style="font-family:Helvetica; color:rgb(51,51,51)">Ketty Mobed, PhD</span></span><br style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">
<span style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">UCSF-IHPS-Informatics Lab</span><br style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">
<span style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica"><a href="mailto:ketty.mobed@ucsf.edu">ketty.mobed@ucsf.edu</a></span><br style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">
<span style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">415-352-8815</span><br>
</div>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: #000000; font-size: 16px">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF553109"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> Wynden, Rob<br>
<b>Sent:</b> Friday, June 01, 2012 10:17 AM<br>
<b>To:</b> Csongor Nyulas<br>
<b>Cc:</b> Mobed, Ketty; Natasha Noy<br>
<b>Subject:</b> Re: Fwd: BioPortal question<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div><font face="Monaco">Okay,<br>
<br>
We are re-testing with Csongor's method.<br>
<br>
code and resulting OWL file are attached.<br>
<br>
Ketty, can you please post this?<br>
<br>
Thanks!<br>
Rob<br>
<br>
</font><br>
On 6/1/12 12:02 AM, Csongor Nyulas wrote:
<blockquote type="cite">Hi Ketty and Rob,<br>
<br>
I think I discovered what the problem was. <br>
Both <b>dbs:Table</b> and<b> dbs:Column</b> (where the 'dbs' prefix stands for the '<tt><a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.dbs.cs.uni-duesseldorf.de/RDF/relational.owl#" target="_blank">http://www.dbs.cs.uni-duesseldorf.de/RDF/relational.owl#</a></tt>'
 namespace) are subclasses of the <b>owl:Class</b> metaclass, hence (1) they are also both metaclasses, and (2) their instances should be (indirect) instances of owl:Class, which means that they should show up in the class hierarchy both in Protege and BioPortal.
<br>
However, apparently BioPortal shows in the class tree only direct instances of owl:Class, and not its indirect instances.
<br>
<br>
I may have had an issue with the indirect subclasses of owl:Class before (I don't remember exactly), which may have prompted me to make all instances of dbs:Table also instances of owl:Class (basically double typing it), so that is why they showed up in BioPortal.
 It seems, however, that the same was not happening for the instances of dbs:Column, i.e. they were only instances of dbs:Column but not also of owl:Class. To fix this, I have manually added owl:Class as a second type to all the instances of dbs:Column. I used
 this script in the ProtegeScript plugin to set the additional types:<br>
<br>
<tt>owlClass = kb.getCls(<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="http://www.w3.org/2002/07/owl#Class" target="_blank">"http://www.w3.org/2002/07/owl#Class"</a>);<br>
colClass = kb.getCls(<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="http://www.dbs.cs.uni-duesseldorf.de/RDF/relational.owl#Column" target="_blank">"http://www.dbs.cs.uni-duesseldorf.de/RDF/relational.owl#Column"</a>);<br>
for c in colClass.getInstances() : c.addDirectType(owlClass);</tt><br>
<br>
The result is in the attached OWL file, which you can upload to BioPortal, and you should be able to do the mappings.<br>
<br>
I have to mention, though, that I am not sure how you generated this ontology, since I am not able to regenerate similar ontologies with any of the DataMaster options.<br>
<br>
Csongor<br>
<br>
PS: Sorry for the delayed reply, but today I was helping out at the Protege short course the entire day, and I did not have enough time to investigate this issue in depth during the day.<br>
<br>
<br>
On 5/31/2012 10:57 AM, Mobed, Ketty wrote:
<blockquote type="cite">
<div style="direction:ltr; font-family:Arial; color:#000000; font-size:12pt">I have updated the permissions. Here is the ontology link<br>
<br>
<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/47565" target="_blank">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/47565</a>
<br>
<div><br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px"><span style="color:rgb(0,0,255)"><font size="3"><span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Arial">Thanks,<br>
Ketty</span></font><br>
</span><br>
</div>
</div>
<div style="font-family:Times New Roman; color:#000000; font-size:16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF187255" style="direction:ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> Csongor Nyulas [<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:csongor.nyulas@stanford.edu" target="_blank">csongor.nyulas@stanford.edu</a>]<br>
<b>Sent:</b> Thursday, May 31, 2012 10:52 AM<br>
<b>To:</b> Mobed, Ketty<br>
<b>Cc:</b> Wynden, Rob; Natasha Noy<br>
<b>Subject:</b> Re: Fwd: BioPortal question<br>
</font><br>
</div>
<div>It is: csnyulas<br>
Thanks,<br>
Csongor<br>
<br>
On 5/31/2012 10:48 AM, Mobed, Ketty wrote:
<blockquote type="cite"><style id="owaParaStyle" type="text/css">
<!--
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
body
        {direction:ltr;
        font-family:Arial;
        color:#000000;
        font-size:12pt}
p
        {margin-top:0;
        margin-bottom:0}
-->
BODY {direction: ltr;font-family: Arial;color: #000000;font-size: 12pt;}P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
<div style="direction:ltr; font-family:Arial; color:#000000; font-size:12pt">Hi Csongor,<br>
<br>
can you give me your BioPortal username and I will add you to get access to this ontology.<br>
<div><br>
Thanks,<br>
<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px"><span style="color:rgb(0,0,255)"><font size="3"><span style="color:rgb(0,0,0); font-family:Arial">Ketty</span></font><br>
<font size="3"><br>
<span style="font-family:Helvetica; color:rgb(128,0,128)">'It's the little things that matter'</span></font><br>
<br>
<span style="font-family:Helvetica; color:rgb(51,51,51)">Ketty Mobed, PhD</span></span><br style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">
<span style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">UCSF-IHPS-Informatics Lab</span><br style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">
<span style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica"><a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:ketty.mobed@ucsf.edu" target="_blank">ketty.mobed@ucsf.edu</a></span><br style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">
<span style="color:rgb(51,51,51); font-family:Helvetica">415-352-8815</span><br>
</div>
</div>
<div style="font-family:Times New Roman; color:#000000; font-size:16px">
<hr tabindex="-1">
<div id="divRpF388549" style="direction:ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2"><b>From:</b> Csongor Nyulas [<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:csongor.nyulas@stanford.edu" target="_blank">csongor.nyulas@stanford.edu</a>]<br>
<b>Sent:</b> Thursday, May 31, 2012 10:06 AM<br>
<b>To:</b> Wynden, Rob<br>
<b>Cc:</b> Natasha Noy; Mobed, Ketty<br>
<b>Subject:</b> Re: Fwd: BioPortal question<br>
</font><br>
</div>
<div>Hi Rob,<br>
<br>
On 5/31/2012 12:03 AM, Wynden, Rob wrote:
<blockquote type="cite">Hi,<br>
<br>
The database is too large to send and comprised of very sensitive patient data.<br>
</blockquote>
<br>
I was thinking of a small sample, but I suppose that even just sending the structure of the tables (i.e. empty tables, or SQL statements that create the empty tables) would be sufficient. Only in the case that you think that the DataMaster plug-in does not
 work properly, and you would like me to debug it.<br>
<br>
<blockquote type="cite"><br>
The problem is that if the Owl file is uploaded to BioPortal then we cannot use Term Mapping on the column names.  The columns are classes but for some reason the Term Mapping tab doesn't work.<br>
</blockquote>
<br>
I think I understand. Can you send me a link to the ontology uploaded to BioPortal, to take a look at it? Is it a public ontology?<br>
<br>
Csongor<br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>

<span><UCSF_bpds-vdb_schema_1489431912481927878.owl></span></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; widows: 2; -webkit-text-decorations-in-effect: none; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Trish Whetzel, PhD</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Outreach Coordinator</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">The National Center for Biomedical Ontology</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">Ph: 650-721-2378</div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><a href="http://www.bioontology.org">http://www.bioontology.org</a></div><div style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><br></div><div><div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">"Like" NCBO on Facebook: <a href="http://on.fb.me/bioontology">http://on.fb.me/bioontology</a></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Follow NCBO on Twitter: <a href="http://twitter.com/#!/bioontology">http://twitter.com/#!/bioontology</a></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Join in Discussions on LinkedIn: <a href="http://linkd.in/ncbo-group">http://linkd.in/ncbo-group</a></span></div></div></div></div></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>