<html><head></head><body bgcolor="#FFFFFF"><div>Hi Paul, </div><div><br></div><div>Few hours (at least 8) The ontology is very small (<400 terms).</div><div>The appliance 0.4 version finished both concept and path processes and changed status in half an hour.</div><div><br></div><div><br></div><div>Sina<br><br><br></div><div><br>On Jun 18, 2012, at 4:35 PM, "Paul R Alexander" <<a href="mailto:palexander@stanford.edu">palexander@stanford.edu</a>> wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>
  
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  
  
    Sina,<br>
    <br>
    This step can take a very long time to complete depending on the
    size of the ontology. How long have you let it run at this stage?<br>
    <br>
    Paul R Alexander<br>
    Senior Software Engineer<br>
    NCBO BioPortal<br>
    Stanford Center for Biomedical Informatics Research<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 6/14/12 8:40 AM, Madani,Sina wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:B1DCEE4A2E8F0246A95B9542153F988D06BF5A57AB@DCPWVMBXC1VS1.mdanderson.edu" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered
        medium)">
      <style><!--
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        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
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        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
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      <div class="WordSection1">
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Hi, <o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I just added a small ontology to the
          Annotation services in our local 0.5 instance. At the
          "loaderBigConepts" step, the status starts from 11 (after
          successful check of initial status of 3) but remains at status
          12.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">The last three lines of catalina log is
          pasted below. After "pagenum 5"  I am getting a strange
          "Roots...." message<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">I was able to add the same ontology into
          0.4 annotation instance though. The loaderBigConcepts
          successfully finishes with status 14 and then loaderBigpaths
          works it to status 28.<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">This could be a possible bug in version
          0.5?<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Thanks<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal">Sina<o:p></o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New"">INFO:
            2012-06-14     03:09:01      127.0.0.1     -     
            127.0.0.1     8080   GET      
            /bioportal/concepts/10001/all     
            pagenum=4&pagesize=500&apikey=11111111-9dd1-11e0-a996-115056bd0024 
            200    5677709       0      1748  
            <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://localhost:8080">http://localhost:8080</a>       BioPortal-OBS -<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New"">Jun
            14, 2012 3:09:04 AM org.restlet.engine.log.LogFilter
            afterHandle<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New"">INFO:
            2012-06-14     03:09:04      127.0.0.1     -     
            127.0.0.1     8080   GET      
            /bioportal/concepts/10001/all     
            pagenum=5&pagesize=500&apikey=11111111-9dd1-11e0-a996-115056bd0024 
            200    517999 0      117    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://localhost:8080">http://localhost:8080</a>      
            BioPortal-OBS -<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New"">Jun
            14, 2012 3:09:07 AM org.restlet.engine.log.LogFilter
            afterHandle<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New"">INFO:
            2012-06-14     03:09:07      127.0.0.1     -     
            127.0.0.1     8080   GET      
            /bioportal/concepts/10001/root    
            apikey=11111111-9dd1-11e0-a996-115056bd0024      200   
            14445  0       56     <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://localhost:8080">http://localhost:8080</a>      
            BioPortal-OBS -<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New""><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New""><o:p> </o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Courier New"">      
            Roots ..<o:p></o:p></span></p>
        <p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
bioontology-support mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  

</div></blockquote></body></html>