<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Ketty, </div><div><br></div><div>There are a couple of issues here. The ontology did parse and can at least be viewed. In order to view the ontology, use the "Terms" option from the select menu (attached screenshot).  </div><div><br></div><div>Currently the "parsing error" status message is also displayed when there is an issue with the Metrics calculation or processing obsolete terms, therefore the link to view each version is not displayed. I've put in a tracker request to have the parsing error status displayed only when there is a parsing error. </div><div><br></div><div>There also appears to be an issue adding the ontology to the Search index. There is also a tracker item on this. Therefore, the "Jump To" will not work and the autocomplete in the Mappings window will not work. Mappings should be able to be created, however you will have to navigate to each term and then click on the "Term Mappings" tab. </div><div><br></div><div>Also, your term URIs are very strange as they reference a former Stanford project called Biostorm and also have other odd characters such as the "@" sign and another set of "//". Is this a result of using the DataMaster plugin? </div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><div><img height="46" width="98.3179" apple-width="yes" apple-height="yes" id="4727e84d-6b0b-4a4b-a8df-1be515242977" src="cid:A1B3CCA9-89D1-430B-9507-99B35327C5D2@Stanford.EDU"></div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On Jun 20, 2012, at 3:49 PM, Trish Whetzel wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><base href="x-msg://34/"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Ketty, </div><div><br></div><div>I'll check a few things, but may need to hand this over to Paul.</div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><br><div><div>On Jun 20, 2012, at 3:43 PM, Mobed, Ketty wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div ocsi="0" fpstyle="1"><div style="direction: ltr; font-family: Arial; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 12pt; ">Sorry to be so bothersome today, but the following ontology (3086) sends a parsing error message (attached), even though for version 1.0 we were able to view the terms,  but in this new version I cannot pull up the terms anymore.<br><br>We did receive the BP parsing failed message too.<br><div><br><div style="font-family: Tahoma; font-size: 13px; "><span style="color: rgb(0, 0, 255); "><font size="3"><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Arial; ">Ketty</span></font><br><font size="3"><br><span style="font-family: Helvetica; color: rgb(128, 0, 128); "></span></font></span><br></div></div></div><span><profectus.test.installation - Terms | NCBO BioPortal 2012-06-20 15-38-16.png></span></div></blockquote></div><br>
<br></div>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote></div><br>
<br></body></html>