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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi,
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I did add the URL for our ftp files in the ontology location but still the files are not pulled up to your website could you please look into this and let me
 know if I have to do something else to facilitate this.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Regards,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Rajni<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Nigam, Rajni
<br>
<b>Sent:</b> Friday, October 26, 2012 2:16 PM<br>
<b>To:</b> 'Trish Whetzel'<br>
<b>Subject:</b> RE: Updating Rat strain ontology<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ok Done, please let me know if it doesn’t work!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Rajni<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Trish Whetzel [<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">mailto:whetzel@stanford.edu</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, October 25, 2012 10:51 PM<br>
<b>To:</b> Nigam, Rajni<br>
<b>Subject:</b> Re: Updating Rat strain ontology<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Rajni, <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">They are automatically pulled nightly from a subdirectory within "<a href="http://rgd.mcw.edu">http://rgd.mcw.edu</a>". We are also able to pull from a FTP site as well. To change this for the Rat Strain Ontology, login and go to Rat Strain
 Ontology summary page (<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1150">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1150</a>). Presumably you have Admin rights to update the ontology metadata and therefore will see a drop-down menu titled "Admin".
 Click on "Edit Ontology Information" and then in the section "ontology Location" select "URL" and add the URL for the FTP location that the latest version of the RS ontology is found.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best, <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Trish <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">On Oct 24, 2012, at 12:20 PM, Nigam, Rajni wrote:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Hi Trish,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">I am looking at Clinical measurement Ontology<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1583">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1583</a><span class="apple-converted-space"> </span>Measurement
 Method Ontology<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1584">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1584</a><span class="apple-converted-space"> </span>and Experimental Condition Ontology<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1585">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1585</a><span class="apple-converted-space"> </span>that
 are housed and developed at RGD<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://rgd.mcw.edu/">http://rgd.mcw.edu/</a><span class="apple-converted-space"> </span>.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Could you please tell me how these ontologies are updated at NCBO? If you all directly download it from our  ftp files<a href="ftp://rgd.mcw.edu/pub/ontology/">ftp://rgd.mcw.edu/pub/ontology/</a><span class="apple-converted-space"> </span>then
 is it possible for you to please add Rat Strain Ontology<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1150">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/1150</a><span class="apple-converted-space"> </span>to that list too, as we have the latest version
 of it in our website.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Could you please tell me how frequently do you all take these from our website?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"">Rajni<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Rajni Nigam</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Scientific Curator</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Rat Genome Database</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">(<a href="http://www.rgd.mcw.edu">http://.rgd.mcw.edu</a>)</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Medical College of Wisconsin</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">8701 Watertown Plank Road</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Milwaukee, WI 53226</span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Phone: (414) 456 7508</span><span class="apple-converted-space"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">email:<span class="apple-converted-space"> </span><a href="mailto:rnigam@mcw.edu">rnigam@mcw.edu</a></span><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""><o:p> </o:p></span></p>
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