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ment design” is not.<br>If the Annotator is supposed to suggest terms you have to be able to find both “treatment” and “compound treatment design” and then you leave the user to choose which one is more relevant to their context.<br><br>My two cents,<br>Susanna<br><br><br><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>This seems reasonable and it is difficult to see how it could work differently. If the ontology contained the term “hay fever” and you supplied the text “hay” I don’t think that you should expect a match. The annotator is not a search system, it is a term matching system. “hay” is not the same term as “hay fever”.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>If “compound treatment” were a declared synonym of “compound treatment design” then it should be found. If it is really a synonym (unclear to me) but not declared to be one in the ontology that you are using then you could consider extending the ontology or contacting the authors and asking them to add a synonym.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Ray</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><br><br><br><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>] <b>On Behalf Of </b>Meng, Fan<br><b>Sent:</b> Wednesday, December 12, 2012 12:49 PM<br><b>To:</b> Eamonn Maguire; Trish Whetzel; Dai, Manhong<br><b>Cc:</b> ISA Team; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> Support<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Annotator query</span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Hi Eamonn and Trish:</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Thanks a lot for  your messages. If the terms “"compound treatment" and"compound treatment design" are both in an ontology, I believe mgrep will only give the longest match by default but list both terms as matches will be possible.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>However, mgrep will not find them if none of them are in the ontologies you selected. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Manhong wrote the mgrep program and I believe it is possible to include that option although we may need to generate more complex dictionaries. Manhong can certainly provide better insights on this issue.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Best,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Fan</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Eamonn Maguire [<a href="mailto:eamonnmag@gmail.com">mailto:eamonnmag@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, December 12, 2012 12:48 PM<br><b>To:</b> Trish Whetzel<br><b>Cc:</b> Meng, Fan; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> Support; ISA Team<br><b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Annotator query</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Hi Trish, <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Thanks for your reply. It would be great if this feature were integrated in to the annotator. Some users have been asking us why the annotator doesn't find things they expect it to, so it's good to have a response to this. I understand why you do it the way you do but I'd assume that an indexing system such as Lucene could help improve the speed for these types of lookups.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Thanks again,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Eamonn<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0 style='margin-left:1.0in;z-index:auto'><tr><td style='padding:0in 0in 0in 0in'><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>--</span></b><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Eamonn Maguire</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><br></span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Oxford e-Research Centre & Computer Science Department</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>University of Oxford</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>7 Keble Road, Oxford, OX1 3QG</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>T:</span></b><span style='font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'> 01865 (2) 610788 <b>M:</b> 07526 924483</span><o:p></o:p></p></div></td></tr></table></div><p style='margin-left:1.0in'><span style='color:#A0A0A8'>On Wednesday, 12 December 2012 at 17:45, Trish Whetzel wrote:</span><o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 0in 0in 8.0pt;margin-left:0in;margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Hi Eamonn, <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>I am not aware of any parameters that can be altered with the Annotator to get a match based on the scenario below. The dictionary that the Annotator uses is based on the preferred names and synonyms of ontology terms and there has to be an exact match in the input text to the dictionary term to return a match .. good for speed of annotation but does not handle term variations in the matching step unless the variation is included in the ontology itself.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Last I talked with the developers of the entity recognizer that the Annotator uses, called Mgrep, they have developed some methods to account for term permutations and there was an interest to collect use cases to test further. I have included Fan Meng in this response in case this is of interest to pursue further.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Best,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Trish <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>On Dec 12, 2012, at 4:17 AM, Eamonn Maguire wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:0in;margin-right:0in;margin-bottom:12.0pt;margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Hi all, <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>I have a query about the annotator. <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>It appears that if we search on something like "compound treatment", we don't get a hit for "compound treatment design" for instance from OBI/EFO. Do you have any idea about how we can get the search results to return a better match? Or if it's possible?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Many thanks,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>Eamonn<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><table class=MsoNormalTable border=0 cellspacing=0 cellpadding=0 style='margin-left:1.0in;z-index:auto'><tr><td style='padding:0in 0in 0in 0in'><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>--</span></b><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Eamonn Maguire</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'><br></span><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>Oxford e-Research Centre & Computer Science Department</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>University of Oxford</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'> </span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>7 Keble Road, Oxford, OX1 3QG</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'>T:</span></b><span style='font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"'> 01865 (2) 610788 <b>M:</b> 07526 924483</span><o:p></o:p></p></div></td></tr></table></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal style='margin-left:1.0in'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'>-- <br>ISA support team:<br>- Philippe Rocca-Serra<br>- Eamonn Maguire<br>- Alejandra Gonzalez-Beltran<br>- Susanna-Assunta Sansone<br>***<br><a href="http://www.isa-tools.org">www.isa-tools.org</a><br><a href="http://www.isacommons.org">www.isacommons.org</a><br> <br> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-left:.5in'><o:p> </o:p></p></div></body></html>