<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Eamonn, </div><div><br></div><div>I chatted with Nigam the other day about this and it was a design decision to have the Annotator recognize strings exactly as they are specified in the ontology, therefore an annotation problem. Where as partial string matching is a search problem and generally folks are used to seeing more than 1 result returned from a search versus having an exact match as the result of annotation. In this case, the methods being developed by the UMich folks may not be the appropriate solution but I wanted to loop them into the discussion in an attempt to collect additional use cases as relevant for their work. In general, when I work with research groups and they encounter this issue I suggest that text not matched to an ontology term via the Annotator be sent to the search web service to see if there are any partial matches. Nigam also suggested that this "two-step" feature may be able to be implemented as a parameter in the web service. However, any partial matches from search would need to be clearly flagged as such and these results most likely would need more human review to select an appropriate matching ontology term. </div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><br><div><div>On Dec 14, 2012, at 4:41 AM, Eamonn Maguire wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
                <div>
                    Hi all,
                </div><div><br></div><div>So, I'm a bit more informed about how the algorithm works, however adding synonyms to me doesn't sound like a full solution to the issue. To me, making "hay fever" a synonym of "hay" or vice versa is incorrect. Similarly, "compound treatment design" is not the same as "compound treatment", I'm sure that some of the ontologists out there would have a fit of some sort if ontologies were to have such generalisations just for this use-case. </div><div><br></div><div>The issue here is that between BioPortal and the Annotator, you'd expect the same  behaviour. So BioPortal works on partial string matches, whereas the Annotator does not.  The inconsistency is confusing our users. </div><div><br></div><div>If this was solved, and the content in Annotator and BioPortal search was more harmonised, we'd be very grateful and are privy to giving out hugs. </div><div><br></div><div>Eamonn</div>
                <div><div><br></div><table class="MsoNormalTable" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="position: static; z-index: auto; "><tbody><tr><td style="padding: 0cm; "><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; ">--</span></b></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><b><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; ">Eamonn Maguire</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial, sans-serif; "><br></span><span style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 11px; ">Oxford e-Research Centre &</span><span style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 11px; "> Computer Science Department</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 11px; ">University of Oxford</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 8pt; "><br></span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-family: Arial, sans-serif; font-size: 8pt; ">7 Keble Road, Oxford, OX1 3QG</span></div><div style="margin: 0cm 0cm 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 8pt; font-family: Arial, sans-serif; "><b>T:</b> 01865 (2) 610788 <b>M:</b> 07526 924483</span></div></td></tr></tbody></table></div><p style="color: #A0A0A8;">On Thursday, 13 December 2012 at 19:14, Meng, Fan wrote:</p>
                <blockquote type="cite" style="border-left-style:solid;border-width:1px;margin-left:0px;padding-left:10px;">
                    <span><div><div>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->


<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Hi all:<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I completely agree with Ray’s explanations. If a word or phrase is part of a concept but itself is not defined as a synonym of the concept or a different concepts,
  Annotator will not identify that word or phrase as a match.  The only correct way for Annotator to find “compound treatment” is to define it as a synonym to “compound treatment design” in the ontology or define it as a new concept.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">While we can modify the program to do partial match and to indicate the full concept string associated with the partial match, the result will likely be very
 messy.  In the example we discussed, “compound treatment”, “treatment design”, “compound”, “treatment”, “design” can be different concepts as well as be associated with many different concepts. Even if we limit the length of the partial phrase to be at least
 two words, “compound treatment” and  “treatment design” in this example are likely represent different concepts.<b><o:p></o:p></b></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Best,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Fan<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext"> Ray Fergerson [<a href="mailto:ray.fergerson@stanford.edu">mailto:ray.fergerson@stanford.edu</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, December 13, 2012 1:56 PM<br>
<b>To:</b> 'Susanna-Assunta Sansone'<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:isatools@googlegroups.com">isatools@googlegroups.com</a>; Meng, Fan; 'Eamonn Maguire'; 'Trish Whetzel'; Dai, Manhong; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Subject:</b> RE: [ISAtools] RE: [bioontology-support] Annotator query<o:p></o:p></span></div>
</div>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><o:p> </o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Susanna,<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I think that my example text was too short to get the idea across.  Here is the situation. The ontology contains two distinct concepts (1) “treatment” and (2)
 “compound treatment design”. For the purposes of this discussion, assume that neither term has any synonyms. The user passes in to the Annotator some free text such as:
<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">“The patient was given a compound treatment: first we did treatment X and then we did treatment Y”.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">The question which the Annotator is trying to answer is which concepts from the ontology are present in this free text. The current answer, and I believe the
 correct answer, is that the concept “treatment” appears three times and the concept “compound treatment design” does not appear at all. The Annotator only does a string comparison to extract concept names and synonyms and the string “compound treatment design”
 does not appear in the text. The annotator is not doing a “starts with” match. It is an exact match only.<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">The only way that the free text above is going to produce an annotator match to the “compound treatment design” concept is for this concept to have  a synonym
 that appears exactly in the free text.   <o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray<o:p></o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext"> Susanna-Assunta Sansone [<a href="mailto:sa.sansone@gmail.com">mailto:sa.sansone@gmail.com</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Thursday, December 13, 2012 4:16 AM<br>
<b>To:</b> Ray Fergerson<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:isatools@googlegroups.com">isatools@googlegroups.com</a>; 'Meng, Fan'; 'Eamonn Maguire'; 'Trish Whetzel'; 'Dai, Manhong';
<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ISAtools] RE: [bioontology-support] Annotator query<o:p></o:p></span></div>
</div>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><o:p> </o:p></div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">
Hi Ray,<o:p></o:p></div>
<pre style="margin-left:.5in"><o:p> </o:p></pre>
<pre style="margin-left:.5in">--<o:p></o:p></pre><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">On 12/12/2012 21:55, Ray Fergerson wrote:<o:p></o:p></div>
</div><blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Eamonn,</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">In OBI there are two terms “treatment” and “compound treatment design”. If the text that you supply is “compound treatment” then this
 results in a match on the first term but not the second.</span><o:p></o:p></div>
</blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">
<br>
I do not get this sorry. If what you say below (about the term has to be a synonym to be found) is the case, then I do not believe that  “compound treatment” is a  synonym of "treatment" that is why this is found and  “compound treatment design” is not.<br>
If the Annotator is supposed to suggest terms you have to be able to find both “treatment” and “compound treatment design” and then you leave the user to choose which one is more relevant to their context.<br>
<br>
My two cents,<br>
Susanna<br>
<br>
<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">This seems reasonable and it is difficult to see how it could work differently. If the ontology contained the term “hay fever” and
 you supplied the text “hay” I don’t think that you should expect a match. The annotator is not a search system, it is a term matching system. “hay” is not the same term as “hay fever”.</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">If “compound treatment” were a declared synonym of “compound treatment design” then it should be found. If it is really a synonym (unclear
 to me) but not declared to be one in the ontology that you are using then you could consider extending the ontology or contacting the authors and asking them to add a synonym.</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Ray</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">
<br>
<br>
<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></div>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">
<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a> [<a href="mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu">mailto:bioontology-support-bounces@lists.stanford.edu</a>]
<b>On Behalf Of </b>Meng, Fan<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, December 12, 2012 12:49 PM<br>
<b>To:</b> Eamonn Maguire; Trish Whetzel; Dai, Manhong<br>
<b>Cc:</b> ISA Team; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> Support<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Annotator query</span><o:p></o:p></div>
</div>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Hi Eamonn and Trish:</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Thanks a lot for  your messages. If the terms “"compound treatment" and"compound treatment design" are both in an ontology, I believe mgrep will only
 give the longest match by default but list both terms as matches will be possible.</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">However, mgrep will not find them if none of them are in the ontologies you selected.
</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Manhong wrote the mgrep program and I believe it is possible to include that option although we may need to generate more complex dictionaries. Manhong
 can certainly provide better insights on this issue.</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Best,</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Fan</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Eamonn Maguire [<a href="mailto:eamonnmag@gmail.com">mailto:eamonnmag@gmail.com</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, December 12, 2012 12:48 PM<br>
<b>To:</b> Trish Whetzel<br>
<b>Cc:</b> Meng, Fan; <a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> Support; ISA Team<br>
<b>Subject:</b> Re: [bioontology-support] Annotator query</span><o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi Trish, <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Thanks for your reply. It would be great if this feature were integrated in to the annotator. Some users have been asking us why the annotator doesn't find things they expect it to, so it's good to have a response
 to this. I understand why you do it the way you do but I'd assume that an indexing system such as Lucene could help improve the speed for these types of lookups.<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Thanks again,<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Eamonn<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="margin-left:1.0in;z-index:auto">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:0in 0in 0in 0in">
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">--</span></b><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Eamonn Maguire</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><br>
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Oxford e-Research Centre & Computer Science Department</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"">University of Oxford</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">7 Keble Road, Oxford, OX1 3QG</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">T:</span></b><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""> 01865 (2) 610788 <b>M:</b> 07526 924483</span><o:p></o:p></div>
</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div><p style="margin-left:1.0in"><span style="color:#A0A0A8">On Wednesday, 12 December 2012 at 17:45, Trish Whetzel wrote:</span><o:p></o:p></p><blockquote style="border:none;border-left:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 0in 0in 8.0pt;margin-left:0in;margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi Eamonn, <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I am not aware of any parameters that can be altered with the Annotator to get a match based on the scenario below. The dictionary that the Annotator uses is based on the preferred names and synonyms of ontology
 terms and there has to be an exact match in the input text to the dictionary term to return a match .. good for speed of annotation but does not handle term variations in the matching step unless the variation is included in the ontology itself.<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Last I talked with the developers of the entity recognizer that the Annotator uses, called Mgrep, they have developed some methods to account for term permutations and there was an interest to collect use cases
 to test further. I have included Fan Meng in this response in case this is of interest to pursue further.<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Best,<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Trish <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
<div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">On Dec 12, 2012, at 4:17 AM, Eamonn Maguire wrote:<o:p></o:p></div>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">
 <o:p></o:p></div>
<div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi all, <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I have a query about the annotator. <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">It appears that if we search on something like "compound treatment", we don't get a hit for "compound treatment design" for instance from OBI/EFO. Do you have any idea about how we can get the search results to
 return a better match? Or if it's possible?<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Many thanks,<o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Eamonn<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
<table border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" style="margin-left:1.0in;z-index:auto">
<tbody>
<tr>
<td style="padding:0in 0in 0in 0in">
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">--</span></b><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Eamonn Maguire</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><br>
</span><span style="font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Oxford e-Research Centre & Computer Science Department</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:8.5pt;font-family:"Arial","sans-serif"">University of Oxford</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif""> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">7 Keble Road, Oxford, OX1 3QG</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">T:</span></b><span style="font-size:8.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""> 01865 (2) 610788 <b>M:</b> 07526 924483</span><o:p></o:p></div>
</div>
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><o:p></o:p></div>
</div>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div>
</div>
</blockquote><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "> <o:p></o:p></div>
</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">-- <br>
ISA support team:<br>
- Philippe Rocca-Serra<br>
- Eamonn Maguire<br>
- Alejandra Gonzalez-Beltran<br>
- Susanna-Assunta Sansone<br>
***<br>
<a href="http://www.isa-tools.org/">www.isa-tools.org</a><br>
<a href="http://www.isacommons.org/">www.isacommons.org</a><br>
 <br>
 <o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><o:p> </o:p></div>
</div>


</div></div></span>
                 
                 
                 
                 
                </blockquote>
                 
                <div>
                    <br>
                </div>
            </blockquote></div><br></body></html>