<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>Hi,</div><div>   We are working towards exposing wikipathways (http://www.wikipathways.org) content through a Sparql endpoint. Different pathways within WikiPathways are classified according to the Pathway ontology. The following sparql query list the different pathways and their pathway ontology term:</div><div><br></div><div><div>SELECT ?title ?ontology ?species</div><div>WHERE {</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>?pathway dc:title ?title .</div><div>        ?pathway wp:organism ?species .</div><div>        ?pathway wp:pathwayOntology ?ontology .</div><div>}</div></div><div><br></div><div>(For the complete results see: <a href="http://sparqlbin.com/#f8c0a108ac733acc0ce10d109a137196">http://sparqlbin.com/#f8c0a108ac733acc0ce10d109a137196</a> and press Execute). </div><div><br></div><div>I would very much like to integrate those results with the following sparql query sent to your endpoint:</div><div><div><br></div><div>PREFIX omv: <http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#></div><div>PREFIX rdfs:    <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> </div><div>SELECT DISTINCT *</div><div>WHERE { </div><div>    <http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100> rdfs:label ?ontologyLabel .</div><div>    <http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100> rdfs:subClassOf ?superClassOntology .</div><div>    ?superClassOntology rdfs:label ?superClassLabel                                        </div><div>}</div><div>  </div></div><div>I have integrated both queries into the following query:</div><div><div>SELECT ?title ?ontology ?species</div><div>WHERE {</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>?pathway dc:title ?title .</div><div>        ?pathway wp:organism ?species .</div><div>        ?pathway wp:pathwayOntology ?ontology .</div><div>       </div><div>        SERVICE <http://sparql.bioontology.org> {</div><div>           ?ontology rdfs:label ?ontologyLabel .</div><div>           ?ontology rdfs:subClassOf ?superClassOntology .</div><div>           ?superClassOntology rdfs:label ?superClassLabel . </div><div>       }</div><div>}</div></div><div><br></div><div>This query does not return the expected results. According to your documentation, automatic querying could be done with an API key and through different code examples (Java, etc). </div><div><br></div><div>Does this imply that sending direct queries to your sparql endpoint, without doing this through a programming language, is not supported? </div><div><br></div><div>Any help here would be appreciated.</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div><br></div><div>Andra Waagmeester</div><div>Maastricht University.</div><div><br></div><div><br></div></body></html>