<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Nikolina,<div><br></div><div>Thanks a lot for the detailed feedback. I have looked into some the ontologies you just mentioned and it seems that they have been updated very recently. We have a bug in the process that syncs the triple store so the data you are querying is out of date. We are fixing this today. I will contact you later today or tomorrow to ask you to rerun your experiments with the most updated data.</div><div><br></div><div>Apologies for the inconvenience.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Manuel</div><div><br><div><div>On Dec 15, 2012, at 1:46 AM, Nikolina Koleva <<a href="mailto:nikolina.koleva19@yahoo.de">nikolina.koleva19@yahoo.de</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Manuel,<div><br></div><div>thank you very much for the quick and helpful response!</div><div><br></div><div>I tried this query and it works. Capitalizing the ontology abbreviations reduced the number of "no results" from 27 to 15 which is almost 50% and that is great.</div><div><br></div><div>However, for the following examples "no results" are returned, although the ontology abbreviation is actually capitalized:</div><div><br></div><div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">PR<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/snap#_MaterialEntity">http://purl.obolibrary.org/obo/snap#_MaterialEntity</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">BASIC-VERTEBRATE-GROSS-ANATOMY<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span><a href="http://www.co-ode.org/ontologies/basic-bio/top-self-standing.owl#Non_material_entity">http://www.co-ode.org/ontologies/basic-bio/top-self-standing.owl#Non_material_entity</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">SOPHARM<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span><a href="http://obi.sourceforge.net/ontology/OBI.owl#OBI_255">http://obi.sourceforge.net/ontology/OBI.owl#OBI_255</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">NMR<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span><a href="http://obi.sourceforge.net/ontology/OBI.owl#OBI_255">http://obi.sourceforge.net/ontology/OBI.owl#OBI_255</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">EMO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span><a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">NIF<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/snap_MaterialEntity">http://purl.obolibrary.org/obo/snap_MaterialEntity</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">OAE<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040">http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">OMIT<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span><a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">AERO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span><a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">CCO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004">http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">PCO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040">http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">GEXO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004">http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">REXO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004">http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">RETO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004">http://purl.obolibrary.org/obo/SIO_000004</a></div><div style="margin: 0px; font-size: 11px; font-family: Menlo; ">IDODEN<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040">http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040</a></div></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Nikolina</div><div> </div><div> <br><div><div>On Dec 14, 2012, at 7:09 PM, manuelso <<a href="mailto:manuelso@stanford.edu">manuelso@stanford.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi Nikolina,<br><br>The IRIs for graphs use acronyms capitalized. You need to ONTODM instead of OntoDM. The following query should give the results you expect:<br><br>PREFIX rdfs: <<a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#">http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#</a>><br><br>SELECT * WHERE {<br>GRAPH <<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONTODM">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ONTODM</a>> {<br><br>   <<a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a>> rdfs:subClassOf ?parent.<br>       OPTIONAL {?parent rdfs:label ?label}.<br>       } <br>   }<br><br>Best,<br><br>Manuel<br><br><br>On Dec 14, 2012, at 6:29 AM, Nikolina Koleva <<a href="mailto:nikolina.koleva19@yahoo.de">nikolina.koleva19@yahoo.de</a>> wrote:<br><br><blockquote type="cite">Dear all,<br><br>I have a question about the BioPortal sparql.  <br>For a list of hits found in the BioPortal by searching for the term "material entity", I try to get the parent concept and ask for its label (optionally). <br>I am running the following query in a loop as long as I get a parent and in each iteration I set the parent to the value of the term:<br><br>PREFIX rdfs: <<a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#">http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#</a>><br><br>   SELECT * WHERE {<br>   GRAPH <<a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/SWO">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/SWO</a>> {<br><br>       <<a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a>> rdfs:subClassOf ?parent.<br>           OPTIONAL {?parent rdfs:label ?label}.<br>           } <br>       }<br><br>thereby:<br><br>1. <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/SWO">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/SWO</a> is the ontology in which I found the term<br><br>2. <a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a> is the full id of the term <br><br>Well, this works and returns results but unfortunately not for every hit I got. I have tested it on 70 of the hits for the term "material entity" and in 27 of the cases I got no results.<br><br>For<br>1. <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OGMS">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OGMS</a><br>2. <a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a> <br><br>I do get results <br>but <br>for <br>1. <a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OntoDM">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OntoDM</a><br>2. <a href="http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity">http://www.ifomis.org/bfo/1.1/snap#MaterialEntity</a><br><br>no results are retrieved although the id of the term is the same.<br><br><br>When I checked both entries in BioPortal web interface they both have the subClassOf property ...<br><br>It would be great if you have any ideas why this happens. <br><br><br>Best regards,<br>Nikolina<br><br>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></blockquote><br></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div></body></html>