<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Andra,<div><br></div><div>Yes you can. Please have a look here:</div><div><br></div><div><a href="https://github.com/ncbo/sparql-code-examples">https://github.com/ncbo/sparql-code-examples</a></div><div><br></div><div>This repo contains code examples in Java, Python,  to send SPARQL queries programmatically to <a href="http://sparql.bioontology.org">sparql.bioontology.org</a></div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Manuel</div><div><br><div><div>On Dec 17, 2012, at 12:08 PM, Waagmeester Andra (BIGCAT) <<a href="mailto:andra.waagmeester@maastrichtuniversity.nl">andra.waagmeester@maastrichtuniversity.nl</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>Hi Trish,</div><div><br></div><div>      I am assuming that your triple store doesn't need to support SERVICE. The query is sent to our own internal triple store, which does support SERVICE and handles the outgoing query towards your triple store. We did similar queries to Genewiki for example: <a href="http://www.wikipathways.org/index.php/Help:WikiPathways_Sparql_queries#WikiPathways_with_GeneWiki">http://www.wikipathways.org/index.php/Help:WikiPathways_Sparql_queries#WikiPathways_with_GeneWiki</a></div><div><br></div><div>So far I only managed to send the query through the browser interface at <a href="http://sparql.bioontology.org">http://sparql.bioontology.org</a>. Would it be possible to sent the following query directly to your sparql endpoint without going through the website (and a programming language)?</div><div><div>PREFIX omv: <<a href="http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#">http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#</a>></div><div>prefix rdfs:    <<a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#">http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#</a>> </div><div><br></div><div>SELECT DISTINCT *</div><div>WHERE { </div><div>    <<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100">http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100</a>> rdfs:label ?ontologyLabel .</div><div>    <<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100">http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100</a>> rdfs:subClassOf ?superClassOntology .</div><div>    ?superClassOntology rdfs:label ?superClassLabel                                        </div><div>}</div></div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Andra</div><div><br></div><div><br></div><div>  </div><div><br></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION"><div style="font-family: Calibri; font-size: 11pt; text-align: left; border-width: 1pt medium medium; border-style: solid none none; padding: 3pt 0in 0in; border-top-color: rgb(181, 196, 223); "><span style="font-weight:bold">From: </span> Trish Whetzel <<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>><br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Mon, 17 Dec 2012 20:17:21 +0100<br><span style="font-weight:bold">To: </span> Andra Waagmeester <<a href="mailto:andra.waagmeester@maastrichtuniversity.nl">andra.waagmeester@maastrichtuniversity.nl</a>><br><span style="font-weight:bold">Cc: </span> "<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> Support" <<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>><br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> Re: [bioontology-support] Combining a sparql endpoint to bioontology with one to the sparql endpoint of wikipathways<br></div><div><br></div><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear Andra, </div><div><br></div><div>I believe the issue is that the RDF backend we are using does not support SERVICE.</div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><br><div><div>On Dec 17, 2012, at 9:42 AM, Waagmeester Andra (BIGCAT) wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>Hi,</div><div>   We are working towards exposing wikipathways (<a href="http://www.wikipathways.org/">http://www.wikipathways.org</a>) content through a Sparql endpoint. Different pathways within WikiPathways are classified according to the Pathway ontology. The following sparql query list the different pathways and their pathway ontology term:</div><div><br></div><div><div>SELECT ?title ?ontology ?species</div><div>WHERE {</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>?pathway dc:title ?title .</div><div>        ?pathway wp:organism ?species .</div><div>        ?pathway wp:pathwayOntology ?ontology .</div><div>}</div></div><div><br></div><div>(For the complete results see: <a href="http://sparqlbin.com/#f8c0a108ac733acc0ce10d109a137196">http://sparqlbin.com/#f8c0a108ac733acc0ce10d109a137196</a> and press Execute). </div><div><br></div><div>I would very much like to integrate those results with the following sparql query sent to your endpoint:</div><div><div><br></div><div>PREFIX omv: <<a href="http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#">http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#</a>></div><div>PREFIX rdfs:    <<a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#">http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#</a>> </div><div>SELECT DISTINCT *</div><div>WHERE { </div><div>    <<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100">http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100</a>> rdfs:label ?ontologyLabel .</div><div>    <<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100">http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100</a>> rdfs:subClassOf ?superClassOntology .</div><div>    ?superClassOntology rdfs:label ?superClassLabel                                        </div><div>}</div><div>  </div></div><div>I have integrated both queries into the following query:</div><div><div>SELECT ?title ?ontology ?species</div><div>WHERE {</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>?pathway dc:title ?title .</div><div>        ?pathway wp:organism ?species .</div><div>        ?pathway wp:pathwayOntology ?ontology .</div><div>       </div><div>        SERVICE <<a href="http://sparql.bioontology.org/">http://sparql.bioontology.org</a>> {</div><div>           ?ontology rdfs:label ?ontologyLabel .</div><div>           ?ontology rdfs:subClassOf ?superClassOntology .</div><div>           ?superClassOntology rdfs:label ?superClassLabel . </div><div>       }</div><div>}</div></div><div><br></div><div>This query does not return the expected results. According to your documentation, automatic querying could be done with an API key and through different code examples (Java, etc). </div><div><br></div><div>Does this imply that sending direct queries to your sparql endpoint, without doing this through a programming language, is not supported? </div><div><br></div><div>Any help here would be appreciated.</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div><br></div><div>Andra Waagmeester</div><div>Maastricht University.</div><div><br></div><div><br></div></div>
_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></blockquote></div><br></div></div></span></div>
_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support<br></blockquote></div><br></div></body></html>