<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>Okay. That is a pity. But thanks for your quick response.</div><div><br></div><div>Please ignore my previous email.</div><div><br></div><span id="OLK_SRC_BODY_SECTION"><div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt"><span style="font-weight:bold">From: </span> manuelso <<a href="mailto:manuelso@stanford.edu">manuelso@stanford.edu</a>><br><span style="font-weight:bold">Date: </span> Mon, 17 Dec 2012 20:59:24 +0100<br><span style="font-weight:bold">To: </span> Trish Whetzel <<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>><br><span style="font-weight:bold">Cc: </span> Andra Waagmeester <<a href="mailto:andra.waagmeester@maastrichtuniversity.nl">andra.waagmeester@maastrichtuniversity.nl</a>>, "<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a> Support" <<a href="mailto:support@bioontology.org">support@bioontology.org</a>><br><span style="font-weight:bold">Subject: </span> Re: [bioontology-support] Combining a sparql endpoint to bioontology with one to the sparql endpoint of wikipathways<br></div><div><br></div><div><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Trish is right. At the moment we do not support SPARQL query federation.<div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Manuel<br><div><br><div><div><div>On Dec 17, 2012, at 11:17 AM, Trish Whetzel <<a href="mailto:whetzel@stanford.edu">whetzel@stanford.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear Andra, </div><div><br></div><div>I believe the issue is that the RDF backend we are using does not support SERVICE.</div><div><br></div><div>Trish </div><div><br></div><br><div><div>On Dec 17, 2012, at 9:42 AM, Waagmeester Andra (BIGCAT) wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif; "><div>Hi,</div><div>   We are working towards exposing wikipathways (<a href="http://www.wikipathways.org/">http://www.wikipathways.org</a>) content through a Sparql endpoint. Different pathways within WikiPathways are classified according to the Pathway ontology. The following sparql query list the different pathways and their pathway ontology term:</div><div><br></div><div><div>SELECT ?title ?ontology ?species</div><div>WHERE {</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>?pathway dc:title ?title .</div><div>        ?pathway wp:organism ?species .</div><div>        ?pathway wp:pathwayOntology ?ontology .</div><div>}</div></div><div><br></div><div>(For the complete results see: <a href="http://sparqlbin.com/#f8c0a108ac733acc0ce10d109a137196">http://sparqlbin.com/#f8c0a108ac733acc0ce10d109a137196</a> and press Execute). </div><div><br></div><div>I would very much like to integrate those results with the following sparql query sent to your endpoint:</div><div><div><br></div><div>PREFIX omv: <<a href="http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#">http://omv.ontoware.org/2005/05/ontology#</a>></div><div>PREFIX rdfs:    <<a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#">http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#</a>> </div><div>SELECT DISTINCT *</div><div>WHERE { </div><div>    <<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100">http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100</a>> rdfs:label ?ontologyLabel .</div><div>    <<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100">http://purl.obolibrary.org/obo/PW_0000100</a>> rdfs:subClassOf ?superClassOntology .</div><div>    ?superClassOntology rdfs:label ?superClassLabel                                        </div><div>}</div><div>  </div></div><div>I have integrated both queries into the following query:</div><div><div>SELECT ?title ?ontology ?species</div><div>WHERE {</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>?pathway dc:title ?title .</div><div>        ?pathway wp:organism ?species .</div><div>        ?pathway wp:pathwayOntology ?ontology .</div><div>       </div><div>        SERVICE <<a href="http://sparql.bioontology.org/">http://sparql.bioontology.org</a>> {</div><div>           ?ontology rdfs:label ?ontologyLabel .</div><div>           ?ontology rdfs:subClassOf ?superClassOntology .</div><div>           ?superClassOntology rdfs:label ?superClassLabel . </div><div>       }</div><div>}</div></div><div><br></div><div>This query does not return the expected results. According to your documentation, automatic querying could be done with an API key and through different code examples (Java, etc). </div><div><br></div><div>Does this imply that sending direct queries to your sparql endpoint, without doing this through a programming language, is not supported? </div><div><br></div><div>Any help here would be appreciated.</div><div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div><br></div><div>Andra Waagmeester</div><div>Maastricht University.</div><div><br></div><div><br></div></div>
_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></blockquote></div><br></div>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></span></body></html>