<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"><base href="x-msg://588/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Xavier,<div><br></div><div>We've actually had trouble parsing this ontology ourselves. I believe in this instance we had to use a local copy of Protege to parse and dump the ontology to a database table, which we then used in BioPortal. I can supply that table to you and you could do some manual updates to get the ontology working in your AMI instance if that would work for you.</div><div><br></div><div>Paul</div><div><br></div><div><br><div><div>On Dec 18, 2012, at 4:23 PM, "Schildwachter, Xavier" <<a href="mailto:x.schildwachter@sagebase.org">x.schildwachter@sagebase.org</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Hello,<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I downloaded<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies/3022" style="color: purple; text-decoration: underline; ">http://bioportal.bioontology.org/ontologies/3022</a><span class="Apple-converted-space"> </span>and uploaded it<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">in my Bioportal instance. In Admin portal, selected ‘Parse Ontologies’, input id,<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">choose default parser nd clicked Run.<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Came back a while later to find the message below.<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Thanks - Xavier<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">The following error has occurred:<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">org.ncbo.stanford.admin.view.bean.response.HttpResponseSuccessBean cannot be cast to org.ncbo.stanford.admin.view.bean.response.HttpResponseErrorBean<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Please copy the information below and mail it to the BioPortal development team:<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p> </o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">java.lang.ClassCastException: org.ncbo.stanford.admin.view.bean.response.HttpResponseSuccessBean cannot be cast to org.ncbo.stanford.admin.view.bean.response.HttpResponseErrorBean<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.ncbo.stanford.admin.view.rest.RESTManager.populateErrorBean(RESTManager.java:493)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.ncbo.stanford.admin.view.rest.RESTManager.processPost(RESTManager.java:398)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.ncbo.stanford.admin.view.rest.RESTManager.parseOntologies(RESTManager.java:198)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.ncbo.stanford.admin.view.bean.ontology.ParseOntologiesManagerBean.parseOntologies(ParseOntologiesManagerBean.java:17)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:57)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:616)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.el.parser.AstValue.invoke(AstValue.java:191)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.el.MethodExpressionImpl.invoke(MethodExpressionImpl.java:276)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at com.sun.facelets.el.TagMethodExpression.invoke(TagMethodExpression.java:68)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at javax.faces.component._MethodExpressionToMethodBinding.invoke(_MethodExpressionToMethodBinding.java:88)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.myfaces.application.ActionListenerImpl.processAction(ActionListenerImpl.java:100)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at javax.faces.component.UICommand.broadcast(UICommand.java:120)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at javax.faces.component.UIViewRoot._broadcastAll(UIViewRoot.java:889)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at javax.faces.component.UIViewRoot.broadcastEvents(UIViewRoot.java:238)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at javax.faces.component.UIViewRoot._process(UIViewRoot.java:1201)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at javax.faces.component.UIViewRoot.processApplication(UIViewRoot.java:627<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.myfaces.lifecycle.InvokeApplicationExecutor.execute(InvokeApplicationExecutor.java:34)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.myfaces.lifecycle.LifecycleImpl.executePhase(LifecycleImpl.java:171)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.myfaces.lifecycle.LifecycleImpl.execute(LifecycleImpl.java:118)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at javax.faces.webapp.FacesServlet.service(FacesServlet.java:189)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:290)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:206)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.ncbo.stanford.admin.view.filter.AuthenticationCheckFilter.doFilter(AuthenticationCheckFilter.java:75)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:235)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:206)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.myfaces.webapp.filter.ExtensionsFilter.doFilter(ExtensionsFilter.java:341)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:235)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:206)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:233)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:191)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:127)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke(ErrorReportValve.java:102)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke(StandardEngineValve.java:109)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service(CoyoteAdapter.java:293)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.coyote.http11.Http11AprProcessor.process(Http11AprProcessor.java:877)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.coyote.http11.Http11AprProtocol$Http11ConnectionHandler.process(Http11AprProtocol.java:594)<o:p></o:p></div><div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">at org.apache.tomcat.util.net.AprEndpoint$Worker.run(AprEndpoint.java:1675) at java.lang.Thread.run(Thread.java:679)<o:p></o:p></div></div>_______________________________________________<br>bioontology-support mailing list<br><a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; ">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br><a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline; ">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br></div></blockquote></div><br></div></body></html>