<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
</head>
<body dir="auto">
<div>I tried to do the ruby import script with my apikey.  That didn't work so I tried downloading it directly from bio portal and uploading the zip folder . Same result .</div>
<div><br>
</div>
<div>Jonathan<br>
<br>
Sent from my iPhone.</div>
<div><br>
On Jan 9, 2013, at 5:15 PM, "Paul R Alexander" <<a href="mailto:palexander@stanford.edu">palexander@stanford.edu</a>> wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>Jonathan,
<div><br>
</div>
<div>Can you tell me what file you uploaded for IC9CM? Was it a zip file containing multiple RRF files?</div>
<div><br>
</div>
<div>Paul</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div>
<div>On Jan 9, 2013, at 3:04 PM, "Holt, Jonathan" <<a href="mailto:jonathan.holt@Vanderbilt.Edu">jonathan.holt@Vanderbilt.Edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div>I have recently tried to get my ncbo virtual appliance back up and running. </div>
<div><br>
</div>
<div>So, I tried to import some ontologies from the bioportal to my own hosted vm, but got a parsing error. </div>
<div><br>
</div>
<div>I also tried to manually and still got a java error. </div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>see attached.</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Any thoughts?</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Jonathan</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><span><Screen Shot 2013-01-09 at 4.59.24 PM.png></span></div>
<div><br>
</div>
<div><span><Screen Shot 2013-01-09 at 2.18.41 PM.png></span><span><Screen Shot 2013-01-09 at 4.59.08 PM.png></span></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<br>
<div apple-content-edited="true">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<div style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div>.................................</div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div>Jonathan Holt, DO, MS</div>
<div><br>
</div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Assistant Professor of Biomedical Informatics and Medicine</span></font></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
<span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; color: rgb(127, 127, 127); font-family: Calibri, sans-serif; ">Departments of Biomedical Informatics & </span><span style="color: rgb(127, 127, 127); font-family: Calibri, sans-serif; ">Medicine, Division
 of Genetic Medicine<br>
</span>
<div><span style="color: rgb(127, 127, 127); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12px; ">Vanderbilt University Medical Center</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" color="#7f7f7f" face="Calibri, sans-serif">2209 Garland Ave<br>
</font><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<span style="color: rgb(127, 127, 127); font-size: 12px; ">412 Eskind Biomedical Library</span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<span style="color: rgb(127, 127, 127); font-size: 9pt; ">Nashville, TN  37232-8340</span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Phone:  615-322-8683</span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Fax: 615-936-1427</span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br>
</span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><a href="mailto:jonathan.holt@vanderbilt.edu" style="color: purple; ">jonathan.holt@vanderbilt.edu</a></span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><a href="http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html" style="color: purple; ">http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html</a></span></font></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<br>
</div>
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
</div>
_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu">bioontology-support@lists.stanford.edu</a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</blockquote>
</body>
</html>