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<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
sure, 
<div><br>
</div>
<div>mine is in a slightly different place. </div>
<div><br>
</div>
<div>for ICD-9 is is located in: /srv/ncbo/bioportal_resources/uploads/1101/1</div>
<div><br>
</div>
<div>see below: </div>
<div><br>
</div>
<div>root@ncbo 1]# pwd</div>
<div>
<div>/srv/ncbo/bioportal_resources/uploads/1101/1</div>
<div>
<div>[root@ncbo 1]# ls -hal</div>
<div>total 25M</div>
<div>drwxr-xr-x 2 tomcat tomcat 4.0K Jan 18 13:30 .</div>
<div>drwxr-xr-x 3 tomcat tomcat 4.0K Jan 18 13:30 ..</div>
<div>-rw-r--r-- 1 tomcat tomcat  25M Jan 18 13:30 icd9cm.rrf</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><img id="2634bc3a-0b9a-4054-aedf-a536c08dfd53" height="647" width="1184" apple-width="yes" apple-height="yes" src="cid:31C65B36-BE9B-4FB2-BD3E-65A93EDF10B8@dhcp.mc.vanderbilt.edu"></div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>Jonathan </div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div apple-content-edited="true">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
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<div>.................................</div>
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<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div>Jonathan Holt, DO, MS</div>
<div><br>
</div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
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<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Assistant Professor of Biomedical Informatics and Medicine</span></font></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
<span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; color: rgb(127, 127, 127); font-family: Calibri, sans-serif; ">Departments of Biomedical Informatics & </span><span style="color: rgb(127, 127, 127); font-family: Calibri, sans-serif; ">Medicine, Division
 of Genetic Medicine<br>
</span>
<div><span style="color: rgb(127, 127, 127); font-family: Calibri, sans-serif; font-size: 12px; ">Vanderbilt University Medical Center</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" color="#7f7f7f" face="Calibri, sans-serif">2209 Garland Ave<br>
</font><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; ">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<span style="color: rgb(127, 127, 127); font-size: 12px; ">412 Eskind Biomedical Library</span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<span style="color: rgb(127, 127, 127); font-size: 9pt; ">Nashville, TN  37232-8340</span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Phone:  615-322-8683</span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ">Fax: 615-875-1424</span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br>
</span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><a href="mailto:jonathan.holt@vanderbilt.edu" style="color: purple; ">jonathan.holt@vanderbilt.edu</a></span></font></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<font class="Apple-style-span" color="#7F7F7F" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><a href="http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html" style="color: purple; ">http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html</a></span></font></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
</span></div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">
<br>
</div>
</div>
</span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
<div>
<div>On Jan 21, 2013, at 10:35 AM, "Lian, Zonghui" <<a href="mailto:Lian.Zonghui@mayo.edu">Lian.Zonghui@mayo.edu</a>></div>
<div> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple" style="font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; ">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; ">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Dr Holt,<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">The error may be caused by the file uploader. Can you check if the file was uploaded correctly? For example, for the below ontology, its ontology id is (1290).<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><image001.png></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">In the linux box, you can find its uploaded files are under<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><image006.png></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "><o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Please use this method to check the file for your case. As what I know, the file uploader is not stable when the file size is big. Once you find this file you can manually
 replace them with the right one.  (For rrf format, you need to unzip the zipped file) .<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Thanks,<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">-Lian<o:p></o:p></span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span></div>
<div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in; ">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; "><span class="Apple-converted-space"> </span>Holt, Jonathan [mailto:jonathan.holt@<a href="http://Vanderbilt.Edu" style="color: purple; text-decoration: underline; ">Vanderbilt.Edu</a>]<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Friday, January 18, 2013 4:09 PM<br>
<b>To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Lian, Zonghui<br>
<b>Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span><a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline; ">support@bioontology.org</a><span class="Apple-converted-space"> </span>Support<br>
<b>Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [bioontology-support] parsing error<o:p></o:p></span></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
Lian,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
After trying to up load the zipped file i get, <o:p></o:p></div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
"we are sorry, but something has gone wrong. We have been notified of this error."  (see below) <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span><image003.jpg></span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
if i try from the import_ontologies.rb script and point to Stanford's server with my apikey,  I get a parsing error as shown below. <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span><image005.jpg></span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
Of note, this does NOT happen when I import an ontology in a different format, such as OWL or OBO, as shown in my other ontologies that I have successfully imported using the script. <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
I've tried getting a new build using: <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="background-color: white; background-position: initial initial; background-repeat: initial initial; ">bpdeploy deployui</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
but that does help things either. <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
Thanks,<o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
Jonathan <o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">.................................<o:p></o:p></span></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">Jonathan Holt, DO, MS<o:p></o:p></span></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Assistant Professor of Biomedical Informatics and Medicine</span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Departments of Biomedical Informatics & </span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Medicine,
 Division of Genetic Medicine</span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "><o:p></o:p></span></span></div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Vanderbilt University Medical Center</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">2209 Garland Ave<br>
<br>
</span><span class="apple-style-span"><o:p></o:p></span></div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">412 Eskind Biomedical Library</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Nashville, TN  37232-8340</span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Phone:  615-322-8683</span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Fax: 615-875-1424</span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); "><a href="mailto:jonathan.holt@vanderbilt.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">jonathan.holt@vanderbilt.edu</span></a></span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); "><a href="http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html</span></a></span></span><span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p></o:p></span></div>
</div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span></div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></p>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<o:p> </o:p></div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
On Jan 18, 2013, at 10:26 AM, "Lian, Zonghui" <<a href="mailto:Lian.Zonghui@mayo.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; ">Lian.Zonghui@mayo.edu</a>><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 wrote:<o:p></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<br>
<br>
<o:p></o:p></div>
<div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">Hi Dr Holt,</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">It looks like the rrf files you used may be not correct(in the figure 2, the icd9cm.rrf was incorrect). Can you download the rrf zip from<span class="apple-converted-space"> </span><a href="http://bioportal.bioontology.org/ontologies" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">http://bioportal.bioontology.org/ontologies</span></a>?
 After that, you can unzip them into the upload folder and overwrite the old one. Please let me know if it works. Thanks.</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); ">-Lian</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(31, 73, 125); "> </span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(181, 196, 223); padding: 3pt 0in 0in; ">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<b><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">From:</span></b><span class="apple-converted-space"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; "> </span></span><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma, sans-serif; ">Paul
 R Alexander [mailto:palexander@<a href="http://stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">stanford.edu</span></a>]<span class="apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Thursday, January 17, 2013 4:11 PM<br>
<b>To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Lian, Zonghui<br>
<b>Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Fwd: [bioontology-support] parsing error</span><o:p></o:p></div>
</div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
Begin forwarded message:<o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<b><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">From:<span class="apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">"Holt, Jonathan" <<a href="mailto:jonathan.holt@Vanderbilt.Edu" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">jonathan.holt@Vanderbilt.Edu</span></a>></span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<b><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">Subject: [bioontology-support] parsing error</span></b><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<b><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">Date:<span class="apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">January 9, 2013 3:04:05 PM PST</span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<b><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">To:<span class="apple-converted-space"> </span></span></b><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">"<a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">support@bioontology.org</span></a>"
 <<a href="mailto:support@bioontology.org" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">support@bioontology.org</span></a>></span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
I have recently tried to get my ncbo virtual appliance back up and running. <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
So, I tried to import some ontologies from the bioportal to my own hosted vm, but got a parsing error. <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
I also tried to manually and still got a java error. <o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
see attached.<o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
Any thoughts?<o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
Jonathan<o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<image002.jpg><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<image003.png><image005.jpg><o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">.................................</span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; ">Jonathan Holt, DO, MS</span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Assistant Professor of Biomedical Informatics and Medicine</span></span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Departments of Biomedical Informatics & </span></span><span class="apple-style-span"><span style="font-size: 13.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Medicine,
 Division of Genetic Medicine</span></span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Vanderbilt University Medical Center</span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">2209 Garland Ave<br>
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<br>
</span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">412 Eskind Biomedical Library</span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Nashville, TN  37232-8340</span><o:p></o:p></div>
</div>
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Phone:  615-322-8683</span></span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); ">Fax: 615-936-1427</span></span><o:p></o:p></div>
</div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); "><a href="mailto:jonathan.holt@vanderbilt.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">jonathan.holt@vanderbilt.edu</span></a></span></span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span class="apple-style-span"><span style="font-size: 9pt; font-family: Calibri, sans-serif; color: rgb(127, 127, 127); "><a href="http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">http://dbmi.mc.vanderbilt.edu/people/holt.html</span></a></span></span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
<span style="font-size: 13.5pt; font-family: Helvetica, sans-serif; "> </span><o:p></o:p></div>
</div>
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<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></p>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
 <o:p></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
_______________________________________________<br>
bioontology-support mailing list<br>
<a href="mailto:bioontology-support@lists.stanford.edu" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">bioontology-support@lists.stanford.edu</span></a><br>
<a href="https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support" style="color: purple; text-decoration: underline; "><span style="color: purple; ">https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/bioontology-support</span></a><o:p></o:p></div>
</div>
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<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 12pt; font-family: 'Times New Roman', serif; ">
</p>
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